钟鼓楼分别位于山门内南北中轴线东侧和西侧。钟鼓楼同为方形角楼，高7米，重檐歇山式，上覆灰色筒瓦，额枋彩绘，同建于石砌台基之上。钟鼓楼的建成恢复了寺院晨钟暮鼓的礼佛仪式，恢复了历史悠久的洛阳八大景之一——“马寺钟声”。
法宝阁与藏经阁分别位于清凉台的东、西两侧，建于1995年，二阁大小形制一样，重檐歇山式，阁的台基高5米，东西长25.2米，南北宽22.5米，台基为钢筋水泥构架，形成阁的下室。台基上建五开间的重檐歇山式大殿，东西长18.5米，南北宽12.95米，朱漆圆柱，额枋彩绘，上覆灰色筒瓦。其中，藏经阁内正中供奉有“中华古佛”。藏经阁还收藏有《龙藏》、《中华大藏经》、《日本大正藏》、《西藏大藏经》、《敦煌大藏经》等十余种藏经，是白马寺僧人阅藏修学的地方；法宝阁内供奉着一尊铜佛像，并收藏有数十种“法宝”。
卧佛殿位于大佛殿东侧，原为斋堂，辟建后该殿为5开间硬山式建筑，南北长17.25米，东西宽5.4米，建于石砌台基之上，殿内供奉有身长5米，重八吨的缅甸卧玉佛一尊。
玉佛殿位于大佛殿西侧，原为禅堂，五开间硬山式建筑，南北长17.25米，东西宽5.4米，建于石砌台基之上，殿内供奉玉佛一尊。
六祖殿
六祖殿位于中轴线西侧，在大佛殿之西南。殿内供有佛教禅宗的六位祖师。中间的是初祖达摩，左右排列着二祖慧可、三祖僧璨、四祖道信、五祖弘忍、六祖惠能。
山门内大院东西两侧茂密的柏树丛中，各有一座弧形青石围砌起来的坟冢，就是“二僧墓”。东边的一个，墓碑上刻着“圣旨”“敕赐”“汉启道圆通摩腾大师墓”；西边的一座墓碑上刻着“圣旨”“敕赐”“汉开教总持竺法大师墓”。这两座墓冢的主人便是拜请来汉传经授法的高僧——迦什摩腾和竺法兰。石碑上的封号是宋徽宗赵佶追封的。墓碑立于明代崇祯七年，由“赐进士中宪大夫知河南府事尹明翼”重立。
齐云塔院位于白马寺山门外东南200米处，有洛阳东白马寺之称，是其唯一的一所比丘尼道场。院内主要建筑是金代重修的齐云塔和新建的斋堂、客堂、禅房等。其中，齐云塔始建于东汉明帝时，本称“释迦舍利塔”，后屡毁于战火，至金大定十五年（）得以重修。金修释迦舍利塔为四方形、叠涩密檐式砖塔，共13层，高约25米，是洛阳一带现存最早的金代地面建筑之一；清代，洛阳白马寺住持如琇依据东汉明帝创建齐云塔的记载改称“齐云塔”。为应对齐云塔实施保护，建成，占地15亩的齐云塔院。该院坐北朝南，平面为长方形。在由南到北的中轴线上分布着山门、放生池、石拱桥、齐云塔等建筑。在齐云塔的东西两侧分布着附属建筑：西侧修建有3间念佛堂、3间斋堂；东侧修建有3间客堂、3间培训班教室，另修建有禅房，所有建筑均为硬山式。在山门的两侧为大型佛教碑廊，西边为禅宗三十三祖画像及传法偈，东边为“释迦牟尼应化事迹”及高僧大德墨宝。白马寺寺院把白马寺镇政府所建的“狄公祠”收归寺院所有，并进行改建。此外，新建了假山、观赏亭、放生池等游览设施。
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