但是云忍却贻误了战机，现在，月之国已经彻底失去了掌控，在那里，漩涡玖鸣率领的岩忍和木叶的忍者合流了。
不知不觉当中，他们云忍其实已经到了生死存亡的时刻了。
看完情报之后的云忍们一个个神色各异，有些惊怒，有些惶恐，他们都不是傻子，他们都知道木叶的大势已经成了，云忍要想翻盘，只有一个办法，那就是杀死漩涡玖鸣！
木叶能够形成大势，最关键的点就是漩涡玖鸣，只要能够杀死漩涡玖鸣，以木叶为首的忍者联军，不攻自破。
想到这，云忍的这些高层们开始各自召集自己的部下，而后奔赴前线，一时间，整个云忍村精锐齐出，就连留守的力量，都没有多少了，战局发展到了这个时候，云忍也要孤注一掷了。
与此同时，在边境线上的漩涡玖鸣也没有闲着，随着岩忍和木叶忍者合流，营地里这段时间爆发出了不少矛盾，总有一些木叶忍者认为岩忍是战败方，是俘虏，看待岩忍的眼神总归是不一样的。而岩忍之中的很多人也受不了这种气，营地之中的矛盾升起了一起又一起。
也好在漩涡玖鸣的威势深重，严惩了几个闹事的人之后，矛盾暂时被压了下去。能够管理这种混合军的，在如今的木叶之中，也只有漩涡玖鸣办得到了，哪怕是水门来这里，不服他的岩忍也大有人在。
为了转嫁矛盾，漩涡玖鸣开始了对雷之国的渗透计划，虽然雷之国是他给鸣人和佐助准备的历练场，但是现在鸣人和佐助两人下落不明，漩涡玖鸣也不打算拖了，以免夜长梦多。
在漩涡玖鸣的保驾护航下，一批又一批的忍者顺利进入到了雷之国，他们的目标不是为了和云忍的忍者作战，而是暗杀雷之国境内的贵族们！
漩涡玖鸣的计划中，对云忍只需要削弱，而不是死磕。真正要清理的，反而是雷之国之中的那些实际掌权者。雷影再强，也不过掌握了一村之地，漩涡玖鸣要的，可不只要云忍村而已。
随着暗杀行动的展开，整个雷之国开始风声鹤唳起来，前线对峙的云忍军心动荡。也就是在这个时候，雷影夜月霭赶到了前线，但是也就在雷影赶到前线的当夜，雷影的军帐之中，就来了一个不速之客。
没有任何人知道那天夜里在雷影的军帐里面发生了什么，但是在那晚之后，云忍突然彻底放开了边境线，岩忍和木叶的联军开赴进了雷之国。
木叶六十六年三月，漩涡玖鸣的计划终于是完成了大半，整个忍界，都落入了木叶的控制之中，之前统治忍界百年之久的大名体系，彻底被改写。
木叶六十六年四月，在木叶村之中召开了一个忍界上层会议，会议是漩涡玖鸣主导的，说白了，就是战后的利益分配以及忍者改制。
整个忍界彻底取消了所有不同国家的称呼，忍界统一为一个国家名“忍”，忍者们称为忍军，并且将所有的区域重新划分成了66个行省，木叶为首都，木叶忍者改制为中央忍军、云忍改制为东北忍军，岩忍改制西北忍军，砂忍改制西南忍军，雾忍改制为东南忍军。
原本的忍村变成了一个的军区，并在这些军区建立起来好几所军校，专门培养忍者。而且漩涡玖鸣建立了一个又一个的政治学院，专门培养管理人才。
同时在漩涡玖鸣的主导下，忍界开始了大规模的裁军，裁撤下来的一部分忍者变军为警，填充到了地方，负责维护治安、消防的工作，一部分有资质的经过政治学院的学习之后到地方任职，从事行政岗位。
而没了战事的忍军，漩涡玖鸣派去了原风之国和土之国的地界，用忍术，改善地理环境，使其宜居。
忍者世界本就是一个经过了工业话发展的世界，在漩涡玖鸣的主导下，战后的忍界民生恢复迅速。为了不阻断底层民众的上升路径，漩涡玖鸣将原本的三级忍者细分为了六等二十级，而生级的标准，则是根据功勋以及任务量。
没错，任务量。
在战争过后，世界上面的反抗武装层出不穷，漩涡玖鸣并没有取消“任务”这一模式。漩涡玖鸣在各个军区都设立的任务点，委托人可以去最近的任务点派遣任务。至于驻守各个军区的忍军，每隔三年进行一次换防。
忍国创立之初，事情相当的多，很多制度还没有建立，漩涡玖鸣一干人等基本都是忙到深夜，这些人里除了木叶原本的高层以外，原本的岩忍、砂忍、雾忍、云忍等等高层也有参与，漩涡玖鸣并没有将他们排除在权利中心之外。
大蛇丸也被漩涡玖鸣放了出来，看着如今这已经变了天的忍界，大蛇丸又重新担任起来科学院院长的职责，在他的带领下，忍界的科学技术日新月异。
在众人的齐心治理之下，忍界焕发出了全然不同的勃勃生机。
漩涡鸣人和宇智波佐助两人还在忍界游历的这一会儿功夫，整个忍界都已经变天了。原本打算回木叶的鸣人和佐助两人当然察觉到了这些变化，在六道仙人的建议下，又改变了方向，开始在忍界各处游历。
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