博多津的陷落与惨状，如同插上了翅膀的噩耗，以比明军舰队更快的速度，向着九州内陆、乃至更东方的倭国权力中心——大和国（奈良盆地） 蔓延。恐慌不再是局部，而是如同瘟疫般在整个倭国上层社会中扩散。
各地国造、县主、伴造等豪族首领，以及依附于他们的氏人阶层，第一次真切地感受到了灭顶之灾的寒意。这不再是以前那种边境摩擦或海盗袭扰，而是一种旨在彻底摧毁他们这个阶层的、有组织的、冷酷高效的灭绝战争。
然而，恐慌并未带来团结。倭国本身正处于所谓的“倭国大乱”后期，各地豪族割据，中央（大和朝廷，此时天皇更多是宗教象征，实权在大王及几大豪族如物部氏、苏我氏手中）权威有限。面对明军这前所未有的外部威胁，他们的反应不是联合抗敌，而是陷入了更深的猜忌、自保与内讧。
靠近九州的一些豪族开始向更东方的盟友或名义上的中央求援，而距离较远的则心存侥幸，甚至暗中盘算着如何利用这场危机削弱对手。
这正中了甘宁和张燕的下怀。明军并未急于向内陆纵深冒进，而是牢牢控制了博多津这个战略支点，并以此为基地，开始了有条不紊的、分区划片的“清洗”。
张燕的海军陆战队以博多津为中心，向南北两个方向沿海岸线展开扫荡。他们的战术明确而高效：舰队提供炮火支援和机动，陆战队负责登陆清剿。每到一个豪族聚居的沿海村落或小型港口，首先由舰炮进行一轮威慑性轰击，摧毁其简陋的防御工事和船只，制造恐慌。随后陆战队登陆，迅速控制局面。
执行吕布的“清洗令”被一丝不苟地贯彻。张燕建立了严格的甄别流程：所有俘虏被集中看管，由通晓倭语（通过先前俘虏或来自朝鲜半岛的向导）的人员进行初步审问和身份鉴别。普通渔民、农夫、工匠被单独分离，暂时羁押，部分强健者被充作搬运物资的劳力。
而凡是自称或经指认为氏人（武士）、伴造（小头目）、及其家族男性成员者，无论年龄，一律被拉到海边或空旷处，由专门的行刑队以刀斧或长矛处决，尸体或就地掩埋，或抛入海中。其宅邸、仓库被搜查，有价值的财物、粮食、武器被没收，房屋往往付之一炬。
对于敢于聚众抵抗的豪族武装，明军的打击更是毫不留情。在肥前国松浦郡，当地以擅长航海和劫掠闻名的松浦氏纠集了上千武装，试图依托山林地形抵抗。张燕并未强攻，而是命令舰队封锁海岸，断绝其补给，同时用小股精锐陆战队不断袭扰，将其逼出预设阵地。
待其士气低落、被迫向海岸转移企图乘船逃离时，早已等候多时的舰炮进行了覆盖射击，松浦氏主力在开阔地带被炸得血肉横飞，残余者被登陆的陆战队全歼，松浦氏一族男性几乎被斩杀殆尽。
与此同时，甘宁的海军舰队也没有闲着。他们分出一支快速舰艇分队，沿着九州西海岸和南海岸巡航，打击任何敢于出海的倭人船只，无论是渔船还是可能用于联络、求援的关船。海权被明军彻底掌控，九州与外界的联系被基本切断，成了孤岛。
更为深远的影响，是心理上的摧毁。侥幸从明军屠刀下逃脱的倭人上层分子，将明军描绘成来自海洋的、不可战胜的“赤魔”（因明军旗帜和部分铠甲缨饰为红色），他们发出的“雷鸣”能粉碎一切，他们的士兵刀枪不入（精良铠甲造成的错觉）。这些恐怖传说进一步瓦解了抵抗意志。
在初步肃清九州西部沿海地区后，张燕将目光投向了内陆那些更具影响力的国造领地。他选择了筑紫国（大致后来的筑前、筑后）的国造居城作为第一个内陆重点目标。这座依山而建的山城，在倭人看来颇为险要。
这一次，明军带来了秘密武器——数门拆卸后由运输船运来、在博多津重新组装的小型野战炮（可视为早期的“弗朗机”或轻便加农炮）。虽然威力远不及舰炮，但足以轰击山城的木石结构大门和栅栏。
攻城战依旧简单粗暴。野战炮在步兵盾阵掩护下推进到有效射程，对准山城大门和防御薄弱处猛轰。木制的大门和了望楼在炮击下不堪一击。炮火准备后，陆战队发起了冲锋。守城的氏人虽然勇悍，但在火炮造成的心理震撼和明军精良的装备、严密的战术配合面前，节节败退。
城破之后，便是例行的清洗。国造一族及其核心家臣团被全部处决，只有少数年轻女子和孩童（女性）被留下。
每攻破一处重要据点，张燕都会刻意让人将那些象征着家族传承和权力的物品——如氏姓谱系图卷、祖先传下的剑、镜、玉（倭人三种神器的地方仿制品或象征物）、祭祀用具等——在投降的普通倭人面前公开焚毁或砸碎。
同时，他会宣布，自此以后，这片土地归大明洪武皇帝所有，原有豪族特权、氏姓传承一律作废。愿意服从新秩序、放弃武士身份的普通倭人，可以登记为“新民”，为大明天子耕作、服役。
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