铜马、青犊、尤来等部的残部共同拥立孙登为天子。孙登的将领乐玄杀死孙登，率领部众五万余人投降。
邓禹自从冯愔叛变后，威名有所损害，又缺乏粮食，多次作战失利，归附他的人日益离散。赤眉军、延岑军在三辅地区暴乱，各郡县的世家大族各自拥兵自守，邓禹不能平定。光武帝于是派偏将军冯异代替邓禹讨伐他们，亲自送冯异到黄河南岸，告诫冯异说：“三辅地区遭受王莽、更始之乱，又加上赤眉、延岑的暴虐，百姓生灵涂炭，无处依靠倾诉。将军现在奉命讨伐叛逆，凡营堡投降的，将其首领送到京城洛阳；遣散小民，让他们回家耕田种桑；摧毁营垒，使他们不能再聚集起来。征伐不一定非要夺取土地、屠杀城池，关键在于平定叛乱、安抚百姓而已。将领们并非不善于战斗，但喜好掳掠。你本来就善于驾驭官吏将士，要常常告诫自己，不要给郡县百姓造成痛苦！”冯异叩头接受命令，率军西进，所到之处传播威望信誉，很多盗贼投降。
臣司马光评论说：从前周朝人歌颂周武王的恩德说：“铺时绎思，我徂惟求定。”（意谓宣扬文王之德，我前往伐纣只为求得安定）。是说王者的军队，其志向在于传播威望恩德安抚百姓而已。看光武帝之所以能夺取关中，用的就是这个原则。这难道不美好吗！
光武帝又下诏征召邓禹回洛阳，说：“千万不要同穷途末路的敌人争一时之高低！赤眉军没有粮食，自然会向东而来。我军以饱食等待饥饿，以安逸等待疲劳，折断马鞭就能抽打他们（形容轻易取胜），这不是各位将领忧虑的事。不得再轻率进军！”
光武帝任命伏隆为光禄大夫，再次出使张步那里，任命张步为东莱太守，并和新任命的青州牧、太守、都尉一同东行。诏令伏隆可以自行任命县令、县长以下的官吏。
十二月，戊午（初一）， 光武帝下诏，凡是被王莽废除的刘氏宗室列侯，都恢复原来的封国。
三辅地区发生严重饥荒，出现人吃人的现象，城郭空无一人，白骨覆盖田野，幸存下来的百姓往往聚集成营寨堡垒，各自坚壁清野。赤眉军掳掠不到东西，于是率军东归，部众还有二十多万，沿途又不断逃散。光武帝派遣破奸将军侯进等驻守新安县，建威大将军耿弇等驻守宜阳县，以拦截赤眉军的归路，命令将领们说：“贼寇如果向东逃跑，可率宜阳部队与新安部队会合；贼寇如果向南逃跑，可率新安部队与宜阳部队会合。”冯异在华阴县与赤眉军相遇，相持六十多天，交战数十次，收降赤眉军将领士兵五千多人。
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