邓王王常投降，光武帝见到他非常高兴，说：“我见到王廷尉（王常曾任更始廷尉），就不担忧南方了！”任命他为左曹（官名），封山桑侯。
五月，庚辰（十九日）， 封族父刘歙为泗水王。
光武帝因为贵人阴丽华性情温柔宽厚，想立她为皇后。阴贵人因为郭贵人（郭圣通）生有儿子，始终不肯答应。六月，戊戌（初七）， 光武帝立贵人郭氏为皇后，立她生的儿子刘强为皇太子；大赦天下。
丙午（十五日）， 封泗水王刘歙的儿子刘终为淄川王。
秋季， 贾复南下攻打召陵县、新息县，平定了两地。贾复的部将在颍川杀人，颍川太守寇恂将其逮捕，关进监狱。当时国家初创，军营中人犯法，大多互相包容，寇恂却将这个部将在街市上处死。贾复认为这是耻辱，班师经过颍川时，对左右说：“我和寇恂同为将帅，却被他陷害，今天我见到寇恂，一定要亲手用剑杀了他！”寇恂得知他的计划，不想和他见面。寇恂姐姐的儿子谷崇说：“我是将领，可以带剑侍立在您身旁。万一有变故，足可以抵挡。”寇恂说：“不能这样。从前蔺相如不怕秦王却屈服于廉颇，是为了国家啊。”于是命令所属各县准备丰盛的食物，储备美酒，执金吾（贾复）的军队进入颍川境内，每人都得到两个人的酒食。寇恂出城在道上迎接，然后自称有病返回。贾复想率兵追赶，但将士们都喝醉了，只好过去。寇恂派谷崇将情况报告光武帝，光武帝于是征召寇恂。寇恂到达洛阳，被引见；当时贾复已在座，想起身回避。光武帝说：“天下尚未平定，两虎怎能私下相斗！今天我替你们调解。”于是两人坐在一起极尽欢乐，然后同乘一辆车出宫，结成好友才离开。
八月， 光武帝亲自率领众将征讨五校农民军。丙辰（二十七日）， 到达内黄县，在B111阳（疑为地名）大败五校军，收降其部众五万人。
光武帝派遣游击将军邓隆协助朱浮讨伐彭宠。邓隆驻军潞县南，朱浮驻军雍奴县，派官吏向朝廷奏报军情。光武帝看到文书后大怒，对那个官吏说：“两营相隔百里，这种形势怎么能相互救援！等你回去，北面的军队（邓隆军）必定已经败了。”彭宠果然派遣轻装部队袭击邓隆军，大败邓隆军；朱浮距离太远，无法救援。
盖延包围睢阳几个月后，攻克了它。刘永逃到虞县，虞县人反叛，杀了他的母亲、妻子；刘永与部下数十人逃奔谯县。苏茂、佼强、周建集结三万余人救援刘永；盖延与他们在沛县西交战，大败敌军。刘永、佼强、周建逃到湖陵据守，苏茂逃回广乐；盖延于是平定了沛、楚、临淮三郡。
光武帝派太中大夫伏隆持符节出使青州、徐州二州，招降各郡国。青州、徐州的各路盗贼听说刘永被打败，都惶恐不安，请求投降。张步派他的属官孙昱跟随伏隆到朝廷上书，进献鳆鱼（鲍鱼）。伏隆，是伏湛的儿子。
堵乡人董在宛城反叛，捉住南阳太守刘粦。扬化将军坚镡进攻宛城，攻克了它；董逃回堵乡。
吴汉巡行南阳各县，所过之处多有侵扰暴行。破虏将军邓奉请假回新野县探亲，对吴汉掠夺他的家乡十分愤怒，于是反叛，击败吴汉的军队，占据淯阳县，与各路贼寇联合。
九月，壬戌（初四）， 光武帝从内黄县返回洛阳。
陕县贼寇苏况攻破弘农郡，光武帝派景丹前去征讨。适逢景丹去世，改派征虏将军祭遵攻打弘农、柏华、蛮中等地贼寇，全部平定。
赤眉军打算西上陇地，隗嚣派将军杨广迎击，打败赤眉军；又追击到乌氏县、泾阳县之间，再次击败赤眉军。赤眉军到达阳城、番须地区时，遭遇大雪，山谷都被雪填满，士兵很多被冻死。于是又折返回来，挖掘西汉各皇帝的陵墓，盗取其中的珍宝。凡是用金缕玉衣装殓的，尸体大都还栩栩如生，贼兵于是侮辱了吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷县攻打赤眉军，反而被打败。邓禹于是撤出长安到达云阳县。赤眉军又进入长安。延岑驻扎在杜陵县，赤眉军将领逢安进攻他。邓禹趁逢安的精兵在外，率军袭击长安；恰逢谢禄的援军赶到，邓禹军战败逃走。延岑攻击逢安，大败逢安军，杀死十多万人。廖湛率领十八万赤眉军进攻汉中王刘嘉；刘嘉在谷口县与廖湛交战，大败赤眉军，刘嘉亲手杀死廖湛，于是到云阳县筹集粮食。刘嘉妻子的哥哥新野人来歙，是光武帝姑母的儿子。光武帝命邓禹招降刘嘉，刘嘉通过来歙到邓禹营中投降。李宝态度傲慢，邓禹将他斩杀。
冬季，十一月， 任命廷尉岑彭为征南大将军。光武帝在大会群臣时指着王常对大家说：“这个人率领下江诸将辅佐汉室，心志如金石般坚定，真是忠臣啊！”当天，任命王常为汉忠将军，派他和岑彭率领建义大将军朱祜等七位将军讨伐邓奉、董。岑彭等先攻打堵乡，邓奉率军救援。朱祜战败，被邓奉俘虏。
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