马防进攻布桥，大获全胜，布桥率领一万多羌人投降。皇帝下诏，命马防班师回朝。耿恭留下来继续攻打尚未归降的部落，斩杀一千多人，勒姐、烧何等十三个部落，共计数万人，都向耿恭投降。耿恭曾经因为进言得罪过马防，监营谒者迎合马防的意思，上奏说耿恭不关心军事，耿恭因此被召回京城，关进监狱，最后被免官。
三月癸巳日，皇帝立贵人窦氏为皇后。
当初，汉明帝在位时，下令治理虖沱河、石臼河，想从都虑到羊肠仓开通漕运。太原的官吏和百姓深受劳役之苦，工程连年都没有完工，累死的人不计其数。皇帝任命郎中邓训为谒者，负责监督这项工程。邓训经过考察分析，认为工程难以完成，就将实际情况详细上奏。夏天四月己巳日，皇帝下诏停止这项工程，改用驴车运输，每年节省费用上亿，还让几千服役的人得以保全性命。邓训，是邓禹的儿子。
闰月，西域代理司马班超，率领疏勒、康居、于阗、拘弥的军队，共计一万人，进攻姑墨的石城，攻破城池，斩杀七百人。
冬天十二月丁酉日，朝廷任命马防为车骑将军。
武陵漊中地区的蛮人发动叛乱。
这一年，有关部门上奏，建议让广平王刘羡、巨鹿王刘恭、乐成王刘党前往封国就藩。皇帝生性重情，不忍心和诸王分离，就把他们都留在了京城。
建初四年（公元79年 己卯年）
春天二月庚寅日，太尉牟融去世。
夏天四月戊子日，皇帝立皇子刘庆为太子。
己丑日，皇帝将巨鹿王刘恭改封为江陵王，汝南王刘畅改封为梁王，常山王刘昞改封为淮阳王。
四月辛卯日，皇帝封皇子刘伉为千乘王，刘全为平春王。
官员们接连依据旧例，请求给皇帝的几位舅舅封爵。当时天下粮食丰收，边境太平，没什么大事。癸卯日，皇帝就封卫尉马廖为顺阳侯，车骑将军马防为颍阳侯，执金吾马光为许侯。太后听说后，感慨道：“我年轻的时候，一心只想读书学习，连性命都不顾。如今虽然老了，仍然告诫自己不要贪得无厌，所以日夜警惕，想着要自我约束、减少欲望，希望能一直坚守这种态度，不辜负先帝的期望。我劝导兄弟们，也是希望大家能有同样的志向，这样等我去世的时候，就没什么遗憾了。可没想到，到老了我的想法还是不被听从，真是死不瞑目啊！”马廖等人连忙推辞，希望只当关内侯，皇帝没有答应。马廖等人没办法，只好接受封爵，但同时上书请求辞去官职，皇帝同意了。五月丙辰日，马防、马廖、马光都以特进的身份回家闲居。
甲戌日，朝廷任命司徒鲍昱为太尉，南阳太守桓虞为司徒。六月癸丑日，皇太后马氏去世。皇帝从小被马太后抚养长大，一直把马氏当作自己的外家，所以贾贵人虽然是皇帝的生母，却没有被尊为太后，贾氏家族的人也没有因此得到恩宠和荣耀。马太后去世后，皇帝只给贾贵人加赐了王赤绶，赏了一辆安车、二百名永巷宫人、两万匹杂帛、一千斤黄金和两千万钱。
秋天七月壬戌日，朝廷安葬明德皇后（马太后）。
校书郎杨终建议：“汉宣帝曾广泛召集众多儒者，在石渠阁讨论并确定《五经》的内容和解释。现在天下太平，学者们有条件专心研究学问，但有些只注重章句训诂的人，反而破坏了经典的整体思想。应该像石渠阁会议那样，重新统一对《五经》的解释，为后世树立标准。”皇帝采纳了他的建议。冬天十一月壬戌日，皇帝下诏给太常：“让将军、大夫、博士、郎官以及各位儒者，到白虎观集合，讨论《五经》内容和解释的异同。”皇帝让五官中郎将魏应代表自己提出问题，侍中淳于恭负责将大家的讨论结果上奏，最后由皇帝亲自作出决定，并整理成《白虎议奏》。当时的名儒丁鸿、楼望、成封、桓郁、班固、贾逵，还有广平王刘羡都参与了这次讨论。班固，是班超的哥哥。
建初五年（公元80年）
春天二月庚辰初一，发生了日食。皇帝下诏，要求举荐敢于直言进谏的人。
荆州、豫州等地的军队讨伐漊中蛮人，打败了他们。
夏天五月辛亥日，皇帝下诏说：“我一直盼望着能得到正直的人才，渴望听到新奇独到的见解。那些最先来上书进言的人，已经抒发了心中的想法，我也大致了解了你们的志向。我想把你们留在身边，随时询问意见、采纳建议。光武帝的诏书中说过：‘考察臣子要通过实际工作，不能只看言辞和文章。’现在很多地方官职空缺，你们都可以去补任。”
戊辰日，太傅赵熹去世。
班超想要彻底平定西域，就上书请求朝廷增派兵力：“我看到先帝一心想打通西域，所以向北攻打匈奴，向西派遣使者，鄯善、于阗很快就归服了汉朝。如今拘弥、莎车、疏勒、月氏、乌孙、康居又愿意归附，他们想和我们一起合力消灭龟兹，打通通往汉朝的道路。要是能拿下龟兹，那么西域还没归服的地方就只剩百分之一了。以前大家都说：‘收服西域三十六国，就好比斩断匈奴的右臂。’现在西域各国，从太阳落山的西边开始，没有不向往汉朝教化的，无论大国小国都满心欢喜，不断向朝廷进贡，只有焉耆和龟兹还没有归降。我之前带着三十六名下属出使这极其偏远的地方，历经艰难险阻，独自坚守疏勒，到现在已经五年了。我对西域各国的情况比较了解，问他们对汉朝的看法，他们都说依靠汉朝就像依靠上天一样。由此可见，只要我们行动起来，就能打通葱岭，讨伐龟兹。现在应该封龟兹在汉朝做人质的王子白霸为龟兹王，派几百名步兵和骑兵护送他回去，再联合其他西域各国的军队，用不了多久就能擒获龟兹王。用夷狄的力量去攻打夷狄，这是非常好的计策。我发现莎车、疏勒土地肥沃广阔，水草丰美，和敦煌、鄯善一带完全不同，我们在这里用兵，不需要从国内耗费大量物资，粮食就能自给自足。而且姑墨、温宿两国的国王，都是龟兹扶持上去的，他们不是当地人，相互之间矛盾重重，早晚会有人投降。要是这两个国家投降了，龟兹自然就不攻自破。希望陛下能考虑我的建议，如果真能成功，我就算死也没有遗憾！我深受皇恩，只希望自己还能多活些时日，亲眼看到西域平定，到时候陛下就可以举杯庆祝，到祖庙告慰先帝，再把这个好消息传遍天下。”奏章呈上后，皇帝觉得这件事能成功，就打算给班超派兵。平陵人徐干也上书，说自己愿意去帮助班超，皇帝任命徐干为代理司马，让他带领一千名缓刑犯和志愿从军的人去支援班超。
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