支持秦夙的几位蛊医官则据理力争：“张大人！传统方剂若能奏效，病人何至于此？‘金石煞气’虽微，却如灯油中之杂质，不除则灯焰难明！噬金蛊目标明确，直指病根，正符合《净雪蛊经》所言‘微疴需用微引，滞涩当以活络’之理！此乃‘精准祛邪’，何来凶险之说？”
“精准？以虫豸为刀兵，谈何精准！医者仁心，当以草木之温和，调人体之偏颇，岂能效仿蛮夷巫盅，行此诡奇之道？”另一位擅长妇科，德高望重的老太医也加入了张太医的阵营。
“诡奇与否，当以疗效论断！北境万千将士性命，难道也是‘诡奇’所能挽救？”蛊医官们搬出了最有力的例证。
“北境是北境，寻常病症是寻常病症！岂可一概而论？若天下疾病皆以蛊术应对，还要我等研习经典何用？”
争论迅速从这例采石匠的病例扩散开来。太医院内，平日共同研习、看似和睦的同僚，无形中分成了界限渐明的两派：
一派以张太医等资深传统医官为首，坚守传统医学理论，对蛊医的许多理念和方法持怀疑甚至否定态度，认为其“违背医理”、“过于凶险”、“可能埋下未知隐患”，尤其对“活蛊入体”这一核心手段极为排斥，视其为对医学纯洁性的玷污。他们并非全然否认蛊医在某些特定领域（如解毒、驱瘴）的有效性，但坚决反对将其作为普适性的医疗手段，尤其反对在“天下设堂”的体系中，让蛊医占据主导地位，担心会导致传统医学的式微和医学伦理的滑坡。
另一派，则以孙仲景院令（虽力求中立，但其支持蛊医发展的立场众所周知）和蛊医科的医官们为核心，积极为蛊医辩护。他们强调实效，列举大量成功病例，论证蛊医理论的独特价值和针对性优势，认为传统医学与蛊医并非对立，而是互补，应当取其精华，融会贯通，共同发展。他们指出，医学的本质是解除病痛，拯救生命，不应固守门户之见，拒绝新的可能性。
还有数量不少的医官，则处于中间观望状态。他们或许对蛊医的某些神奇疗效感到惊奇，但也对其理论基础和潜在风险心存疑虑。这场突如其来的公开争论，让他们陷入了深深的思考，难以轻易做出判断。
太医院的议事厅，往日是商讨医案、制定章程的肃穆之地，如今却成了学术交锋的战场。几乎每日，都会有或大或小的辩论在此发生。争论的焦点主要集中在几个方面：
其一，药性理念之争。
传统医官认为，万物皆具药性，然其性有寒热温凉，味有酸苦甘辛咸，升降浮沉，各归其经。用药讲究配伍，以平和纠偏为要。
蛊医官则提出，药性之外，更有“蛊性”。“蛊性”更侧重于能量层面的引导、信息层面的干预、以及特定物质（如毒素、异种能量）的靶向清除。例如，噬金蛊的“药性”并非其本身，而是其“吞噬特定金石微粒”这一行为所带来的治疗效果。这种理念，在传统医官看来，近乎“玄学”，难以用现有的药学理论框架理解和验证。
其二，病理认知之争。
传统医学对疾病的认知，多从阴阳失调、气血津液失常、脏腑功能紊乱、外邪入侵等宏观、系统角度出发。
蛊医则引入了更多微观、具体的“致病因子”概念，如特定的“蛊毒”、“瘴气”、“能量淤积点”、“信息紊乱”等。例如，对采石匠的诊断，传统医官看到的是一系列症状组成的“证候”（如少阳枢机不利，心神失养），而蛊医官则试图寻找导致这些证候的“元凶”（金石煞气微粒）。这种认知差异，直接导致了治疗思路的根本不同。
其三，伦理与安全之争。
这是争论最激烈、也最触及根本的地方。传统医官反复强调“活蛊入体”的不可控性和潜在风险。“蛊虫终究是活物，非死物药剂可比！其入体后，是否会变异？是否会繁殖？是否会留下难以察觉的隐患？甚至……是否会受人控制，成为害人之物？”张太医在一次争论中，直接抛出了这个最尖锐的问题，“《净雪蛊经》虽有禁忌，但人心难测，若此术流传开来，被心术不正者掌握，后果不堪设想！此非杞人忧天，实乃前车之鉴！”（他暗指历史上与巫蛊相关的祸乱）
蛊医官们则强调《净雪蛊经》中严格的心性考核、培育控制手段以及安全规程。“任何医术皆有被滥用的可能，岂独蛊医？菜刀可切菜亦可伤人，难道因此便禁止天下人用刀？关键在于引导与规制！我蛊医之道，首重德操，所有蛊虫培育、使用皆有严格法度，确保其可控、安全、无害化！”
争论日趋白热化，甚至影响到了太医院的日常运作。一些传统医官开始有意无意地避免与蛊医科合作，对蛊医科提出的会诊请求反应冷淡。而蛊医科接诊的病人，若病情稍有反复，便会引来传统医官们的格外“关注”和质疑。
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