萧承烨的圣旨如一块投入湖面的巨石，在朝堂内外激荡起层层涟漪。“天下设堂”之策的最终确立，象征着皇权对皇后林晚夕及其所倡导的蛊医之道的最高背书，任何明面上的反对之声都不得不暂时蛰伏。然而，政治的妥协并不意味着思想的统一，更不意味着学术分歧的消弭。当外部的压力稍减，太医院内部，那潜流暗涌多时的学术理念冲突，终于无可避免地浮上了水面，并迅速升温，演变成一场公开而激烈的论战。
这场争论的根源，深植于两种截然不同的医学哲学体系。传统医学，源远流长，讲究阴阳平衡、五行生克、四诊八纲，用药遣方注重君臣佐使，强调循序渐进，固本培元。其理论体系宏大而精微，历经千百年实践检验，早已深入人心，成为医者奉行的圭臬。而蛊医之道，虽亦古老，却因长期被蒙上神秘、诡异甚至邪恶的面纱，其理论核心更偏向于“以奇制胜”、“以毒攻毒”、“以微澜引动洪流”，利用蛊虫、蛊植乃至更精微的“蛊”之概念（能量、信息）来干预人体，手段往往直接、迅猛，甚至在某些传统医者看来，近乎“霸道”而“险峻”。
《净雪蛊经》的颁行和蛊医科的设立，像一股清新的、却也带着刺骨寒意的风，吹进了太医院这座代表着帝国最高医学权威的古老殿堂。起初，碍于帝后的权威以及北境战事的辉煌成果，大多数传统医官选择了沉默观望，或仅限于私下议论。但随着“天下设堂”的推进，尤其是蛊医科开始接诊更多来自宫外、病情千奇百怪的病例，并取得一些令人瞠目结舌的疗效时，这种沉默被打破了。疑虑、不解、甚至是被挑战权威的恼怒，开始在一些资深太医心中滋生、蔓延。
争论的导火索，是由一例来自陇右道的奇症患者点燃。
患者是一名年轻的采石匠，在一次山体小规模滑坡后被救出，表面仅有些许擦伤，但归家后却日渐萎靡，食欲不振，夜间惊悸盗汗，浑身肌肉不受控制地轻微震颤，且体温异常，时高时低。当地郎中断为“惊悸伤神，邪客少阳”，用了安神定志、和解少阳的方子，却毫无起色，病人反而愈发虚弱。
病人被家人千里迢迢送入京城，经人引荐，最终辗转来到了太医院蛊医科。
接诊的是蛊医科一位新晋的年轻医官，名为秦夙，心思敏锐，对《净雪蛊经》中关于“瘴蛊”、“石精之异”等篇目颇有钻研。他仔细检查了患者，尤其关注其瞳孔反应、舌苔细微色泽变化以及脉搏中一种几不可察的、类似金石摩擦的奇异涩感。随后，他动用了一种名为“引脉蛊”的微小蛊虫——此蛊无色无味，能融入患者气血，感知其体内异常的能量淤积点。
引脉蛊最终在患者肝经与胆经的交汇区域，反馈出一种极其微弱但异常尖锐的“金石煞气”反应。秦夙结合患者职业与发病经历，判断其并非普通惊吓或外感，而是在滑坡时，无意中吸入或经由皮肤渗入了深埋地底、蕴含特殊“金石之毒”的微尘。这种毒素极其微量，传统诊断手段难以捕捉，却如附骨之疽，缓慢侵蚀人体元气与神经，故表现为种种怪诞症状。
秦夙的方案，并非用药石直接攻伐或补益，而是选用了一种名为“噬金蛊”的温顺蛊虫。此蛊以微量金属元素为食，对人体无害。他让患者服下精心培育的噬金蛊幼虫，辅以调和气血的温和汤药。噬金蛊入体后，便会循着那“金石煞气”而去，缓慢吞噬、分解那些异种微粒。同时，汤药滋养患者亏虚的元气，稳住根本。
治疗过程持续了七日。前三天，患者症状未见明显改善，甚至因蛊虫活动，偶尔感到被噬咬的轻微刺痒感。这引起了负责协同护理的一位传统太医学徒的担忧，将情况汇报给了其师——专精伤寒杂病、素以用药稳健着称的副院判，张太医。
张太医闻讯，亲往探视。他望闻问切一番，见患者形容憔悴，脉象虽虚但并无显着邪实之象，对秦夙所谓的“金石煞气”之说嗤之以鼻，认为纯属臆测。尤其对使用“蛊虫入体”这种方法，他更是勃然变色。
“胡闹！简直是胡闹！”张太医在蛊医科的诊室外，便忍不住对闻讯赶来的几位同僚斥道，“病人本就元气大伤，正气不足，岂能再引入异种虫豸入体？此非治病，实乃引狼入室！若蛊虫失控，反噬宿主，岂非雪上加霜？我太医院立世数百载，何曾用过如此凶险诡异之法？”
秦夙试图解释噬金蛊的特性与安全性，以及其针对性的疗效，但在张太医听来，不过是年轻后辈的强词夺理。争论迅速从个案上升到理论层面。
“尔等蛊医，动辄以‘蛊’为万能钥匙，全然不顾人体阴阳自和之大道！此症明明乃惊悸伤神，波及少阳，导致枢机不利，气血暗耗。只需重用镇惊安神、疏利少阳之品，佐以扶正之药，假以时日，必能痊愈。尔等却行此险招，置病人安危于何地？”张太医须发皆张，言辞激烈。
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