离开锡安后，尼奥立刻返回矩阵，开始寻找先知。在开门人的带领下，尼奥成功与先知见面。
双方展开一次交谈后，尼奥判断先知只是矩阵中的一个bug，从她口中得到了找到矩阵中枢的关键线索“开锁匠”。
开锁匠被一个名为“梅罗文基恩”的程序囚禁，所以他们将不得不从梅罗文的手中夺回开锁匠。
说完这些后，大boss史密斯便出现了。
史密斯告诉尼奥，自从上一次被他击败后，他获得了一些宛如被解放般的权限，以至于他可以无限地复制自己的个体。随后，尼奥立刻与成百上千的史密斯展开了战斗。
在一番激烈的交锋过后，尼奥终于从中逃脱，并将收集到的情报告知了墨菲斯。于是墨菲斯等人依照先知的情报找到了梅罗文，但是梅罗文却没打算把开锁匠交出来。
主角团一行人本打算就此离开，却意外获得了梅罗文的老婆波赛芬的帮助。
波赛芬带着主角团找到了被囚禁的开锁匠。就在墨菲斯等人打算带着开锁匠逃离的时候，梅罗文也带人赶了过来。
双方立刻展开了一番交战。尼奥在宅子里将梅罗文的手下击败，墨菲斯，崔尼蒂和开锁匠却和两个白衣人通过穿梭门打到了市区。
尼奥想去帮忙，可穿梭门已经关闭，无奈之下他只能飞往五百英里外的市区支援他们。
墨菲斯等人与白衣打手和市区警察展开了一系列精彩的高速路追车大战，最终在奈奥比的帮助下，他们撑到了尼奥到来，一行人总算带着开锁匠返回了据点。
主角团和另外两艘船制定了前往矩阵控制中心大楼的做战计划。奈奥比船队前去破坏电厂供电，而索伦船队则负责控制备用发电装置。
尼奥担心崔尼蒂的安全，没有让她参与行动。当计划开始实行的时候，原本负责控制备用电源的索伦船队在现实中遭到了哨兵的袭击，全军覆没。
如果保持着供电，那么开启控制中心的尼奥和墨菲斯都会因为失去连接而丧命。危机时刻，崔尼蒂决定进入矩阵支援。
沿途的阻击重重，史密斯的攻击又至，所幸的是崔尼蒂还是按时关闭了电源，尼奥也成功进入了指挥中心，见到了矩阵的设计者。
设计者说：迄今为止，尼奥所做的一切都是按照矩阵的程序进行的。无论是先知，还是开锁匠，全部都是引导尼奥走到现在的必然程序，尼奥的所有行动都是被控制的。
接下来机械哨兵将摧毁锡安，并且在此之前，这个事件已经重复了足足五次。
尼奥之所以是救世主，是因为他的任务不是打败AI，而是在锡安被摧毁后，带领幸存的人类重建锡安，然后发展壮大，最后再次被毁灭，一切周而复始，再来一遍，而这也是解决矩阵系统缺陷的必然结果。
与此同时，崔尼蒂被特工追杀，已经命悬一线。现在尼奥面临着选择，要么返回锡安拯救人类，要么去救援崔尼蒂，让人类就此毁灭。
以往的五代救世主都无一例外选择了前者，但尼奥却想结束这该死的轮回，于是他选择了拯救崔尼蒂。
他依靠着神奇的力量将崔尼蒂从鬼门关拉了回来，但是锡安的毁灭也成为了事实。
回到飞船后，尼奥把事实告诉了同伴们，可惜大家还没来得及想清楚现在应该做什么，就在哨兵的袭击下被迫弃船逃离。
途中，尼奥再一次爆发出强大的力量将哨兵击毁，随后他们被路过的飞船救起。
船长告诉墨菲斯，锡安已被摧毁，在机械大军的攻势下，锡安城无人幸免。
故事到这里就结束了，但是王喜乐的疑问却一点也没有减少。
想到这，王喜乐再次起身，将目光看向了无人问津的《黑客帝国》第三部上面。
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