面见崇祯帝的过程，比李明远预想的要顺利得多。
崇祯帝穿着一身浆洗得发白的龙袍，脸上布满了疲惫和焦虑。见到孙传庭，他眼中闪过一丝复杂的情绪，有期待，有猜忌，还有一丝不易察觉的愧疚。毕竟，是他亲手将这位能征善战的名将关入诏狱长达三年。
“孙卿，朕知道，这三年委屈你了。”崇祯帝的声音带着一丝沙哑，“但如今国事艰难，闯贼势大，除了你，朕实在无人可用了。”
李明远心中冷笑，面上却不敢表露分毫。他知道，崇祯帝这话说得冠冕堂皇，实则还是把他当成了镇压农民起义的工具。但现在的他，必须隐忍。
“陛下言重了。”李明远躬身行礼，语气恭敬地说道，“臣蒙陛下隆恩，得以出狱效力，肝脑涂地，在所不辞。只是，闯贼如今势大，占据河南，兵锋正盛。秦军经过前几年的征战，早已疲惫不堪，加之臣入狱三年，军中将士人心涣散，粮草器械也多有缺失。若想讨伐闯贼，必须给臣足够的时间，整顿军队，补充粮草，否则，仓促出战，恐难取胜。”
崇祯帝皱了皱眉，显然是对“足够的时间”感到不满。他现在最缺的就是时间，李自成在河南攻城略地，如入无人之境，再拖下去，恐怕整个河南都会落入李自成手中。
“孙卿，时间紧迫，闯贼可不会给我们太多准备的机会啊。”崇祯帝语气急促地说道，“你能不能尽快整军，出兵河南？”
李明远心中一紧，知道崇祯帝的急功近利又开始作祟了。他必须坚持自己的原则，不能被崇祯帝的催逼打乱节奏。
“陛下，兵者，国之大事，死生之地，存亡之道，不可不察也。”李明远语气坚定地说道，“仓促出战，不仅难以击败闯贼，反而可能损兵折将，动摇军心，甚至让闯贼趁机扩大势力。臣恳请陛下，给臣三个月的时间。三个月内，臣必能整顿好秦军，补充足够的粮草器械，到时候，臣必亲率大军，讨伐闯贼，收复河南，以报陛下隆恩。”
崇祯帝沉默了，他盯着李明远看了许久，似乎在判断他说的是真是假。最终，或许是实在没有其他办法，或许是被李明远的坚定所打动，他点了点头，说道：“好，朕就给你三个月的时间。三个月后，你必须出兵河南，若再拖延，休怪朕无情！”
“臣遵旨！”李明远心中松了一口气，连忙躬身应道。
随后，崇祯帝又赏赐了他一些银两和衣物，任命他为兵部右侍郎、三边总督，节制陕西、甘肃、宁夏三地的军务。李明远谢恩之后，便急匆匆地离开了京城，赶赴陕西。
陕西，是孙传庭的老根据地，也是秦军的发源地。这里的百姓对孙传庭有着深厚的感情，秦军将士也大多是孙传庭一手提拔起来的。但经过三年的时间，一切都已经物是人非。
当李明远抵达西安的时候，迎接他的秦军将领们，脸上大多带着复杂的情绪。有欣喜，有疑惑，还有一些人，因为这三年来受到的打压和排挤，心中带着一丝不满和戒备。
第一个上前拜见的，是秦军的老将高杰。高杰是孙传庭的老部下，勇猛善战，对孙传庭忠心耿耿。看到孙传庭归来，高杰激动得热泪盈眶，跪倒在地，说道：“大帅！您可算回来了！弟兄们都盼着您呢！”
李明远连忙上前扶起高杰，拍了拍他的肩膀，说道：“元勋，辛苦你了。这三年，多亏有你在，才保住了秦军的根基。”
高杰哽咽着说道：“大帅，您不在的这三年，弟兄们受了太多的委屈。杨嗣昌那奸贼，处处打压我们，克扣军饷，抽调兵力，现在的秦军，已经不是当年的秦军了。”
李明远点了点头，他当然知道这些情况。历史上，孙传庭出狱后，面对的就是这样一支残破的军队。他沉声说道：“元勋，过去的事，就不要再提了。现在，我回来了，我们要做的，是重整旗鼓，恢复秦军的威风。从今天起，你还是我的副将，协助我整顿军队。”
“末将遵命！”高杰精神一振，大声应道。
接下来，李明远又召见了秦军的其他将领，如贺人龙、郑嘉栋、牛成虎等人。这些将领中，有的忠心耿耿，有的则首鼠两端，还有的甚至已经暗中与农民军有了联系。
李明远凭借着自己对历史的了解，很快就分辨出了这些将领的忠诚度。对于忠心耿耿的，他加以重用；对于首鼠两端的，他加以敲打和监视；对于那些已经暗中通敌的，他则暂时不动声色，等待合适的时机将其清除。
整顿军队的第一步，就是严明军纪。李明远知道，一支没有纪律的军队，再勇猛也成不了气候。他颁布了严格的军规，严禁将士欺压百姓、抢掠财物、克扣军饷。对于违反军规的，无论官职大小，一律严惩不贷。
有一次，一个千户因为醉酒后殴打百姓，被李明远得知。他当即下令将那个千户绑到校场，当着全体将士的面，重打五十大板，然后削去官职，贬为普通士兵。这一下，整个秦军都震动了，将士们再也不敢像以前那样为所欲为了。
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