在充分肯定其彪炳史册之“功”的同时，李斯的笔触转向更加审慎、冷静，甚至带着沉痛反思的批判，详细剖析了始皇统治后期，尤其是晚年的种种“过”失。 这部分论述，显露出他作为亲历者和一定程度上的参与者，那份深刻的愧疚与历史责任感。
首过，在于“刚愎自用，骄奢专横”。 他结合自己的观察与遭遇，回忆道：“……陛下天纵英明，智慧超群，此毋庸置疑。然或许正因功业太过显赫，天下莫能与争，使其晚年之心境，渐生变化。自信渐趋于自负，乃至独断专行，难容异见。尤喜听颂扬阿谀之词，渐恶逆耳忠言。朝堂之上，群臣为求自保，大多噤若寒蝉，唯恐一言不慎，触怒天威。对于不同政见，往往视作对其无上权威的挑战，轻则厉声斥退，重则下狱治罪，乃至族诛。如此风气之下，正直敢言之士日渐凋零，围绕其身边者，多为曲意逢迎之辈。此刚愎之心，闭塞言路，实为决策失误之根源。加之其生活用度亦日趋奢靡无度，举全国之力，兴修阿房之宫，穷极土木之巧；营造骊山陵寝，欲求永世之安，不知耗费几多民脂民膏，使本已疲惫的民生更添重负。此骄奢专横之态，实为败德之始，亦为日后帝国根基动摇埋下了深重隐患。” 言辞之中，不乏惋惜与警示。
次过，在于“严刑峻法，刻薄寡恩”。 这是李斯反思最深、也最为后世所诟病，且自身亦负有责任的方面。他坦言：“……秦法本以严密苛刻着称，陛下用之，更有过之而无不及。轻罪而施重罚，连坐之法酷烈，使天下百姓动辄得咎，人人自危，以至于‘道路以目’，不敢交谈。严刑峻法固然在特定时期起到了震慑奸邪、强化统治的作用，然过于严苛，则失却法律‘惩前毖后、治病救人’的教化本意，徒增天下怨恨，使民心离散。陛下视民力几近无穷，征发无度，徭役繁重，筑长城、修驰道、建宫室、戍边关……无休无止，使天下黔首，疲于奔命，几无喘息之机。怨气积于胸臆，犹如干柴遍布，只待星火。日后陈胜、吴广之徒，于大泽乡振臂一呼，天下响应者云集，岂是天生反骨？实乃苛政逼迫所致，‘天下苦秦久矣’！斯当时身居丞相之位，于法家之术深信不疑，或曾觉其过峻，然或囿于见识，或无力劝谏，或以为非常之时需行非常之法，未能坚决阻止，反而某种程度上成为其执行者，思之赧然，亦有罪焉。” 这段反省，可谓痛彻心扉，充满了晚年的悔悟与自责。
再过，在于“追求长生，惑于方术”。 他以沉痛的笔调记载了始皇晚年对长生不老仙药的痴迷，如何使其理智蒙尘。“……陛下功业盖世，已达人生巅峰，便思永享无极，此亦位高权重者常有之欲念。然陛下于此道，过于痴迷执着，乃至理智尽失。宠信徐福、卢生等江湖方士，耗费巨资，屡次派遣其出海寻访仙山，求取不死之药。更因方士求药不得、惧罪逃亡，而迁怒于咸阳城内的儒生方士，酿成‘坑儒’惨案（虽主要针对欺诈的方士，然牵连甚广，众多儒生亦未能幸免）。此举不仅戕害数百性命，更严重堵塞言路，使士人寒心，文化蒙尘，朝野噤声，此实为陛下晚年最大之昏聩失德之举，亦使其英明形象蒙上难以抹去的污点。” 言语间，对帝王沉迷虚妄、祸及士林的批判之意，清晰可见。
最后，在于“继承人之失，遗祸深远”。 李斯从帝国长治久安的角度，指出了始皇在关乎国本的最大失误。“……陛下于长子扶苏，爱其仁厚聪慧，然又忧其性格过于宽仁，与己之严苛峻法政见不合，非但不能悉心调教引导，反因政见分歧而将其远派至上郡监军，使其远离权力中心。于幼子胡亥，则过于溺爱，纵其骄奢淫逸，未加管束引导。最为关键者，陛下于生前未能及早明确储位，妥善布置身后之事，遴选、任命可信赖的托孤重臣，以辅佐新君，稳定朝局。致使沙丘病重之际，身边仅有赵高、胡亥及斯等寥寥数人，终让奸佞赵高得以窥得间隙，勾结胡亥，胁迫于斯，行矫诏篡位之逆举，不仅逼死扶苏，更险些断送刚刚一统的帝国江山。此实为关乎嬴秦宗庙社稷存续之大过也，其后果之惨烈，令人扼腕叹息。” 此论直指帝国速亡的关键节点，充满了历史的沉重感。
通过这番详尽而力求公允的“详述始皇功与过”，李斯以其亲历者的独特视角和晚年沉淀的智慧，描绘了一个立体、复杂、充满矛盾与张力的秦始皇形象。他既是雄才大略、目光如炬、开创了前所未有之大一统格局的千古一帝，也是晚年刚愎自用、严酷寡恩、惑于虚妄、在关键问题上犯下致命错误的悲剧性人物。李斯的评价，既带有作为臣子对君主的敬畏与知遇之恩，作为亲密合作者对共同事业的追忆与理解，也融入了其晚年超脱于权力核心之后，基于更广阔的历史视野和深沉的血泪教训所进行的深刻批判与反思。这种不虚美、不隐恶，力图客观还原历史复杂性的记述，使得后世之人能穿透歌功颂德或全盘否定的简单化叙事迷雾，对这位对中国历史进程产生了决定性影响的传奇帝王，有一个更为清晰、深刻和全面的认识。
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