虽已亲政，手握帝国的最高决策权，但年轻的皇帝并未因此而刚愎自用，独断专行。相反，在面对那些关乎国家命运、影响深远的“重大决策”时，他总是保持着足够的审慎与谦逊，“必”然会亲自前往丞相府，或召李斯入宫，郑重地向这位“仲父”“咨询”意见。这已成为亲政后朝政运行中一条不成文的规矩，也是朝野上下心照不宣的一种默契。每一次轻车简从驾临相府，或于宣室殿深夜召见，都不仅仅是一次简单的问对，更是一种姿态的宣示：皇权虽已独揽，但对老成谋国之士的倚重与对历史经验的敬畏，从未稍减。
这些需要咨询李斯的“重大决策”，涵盖了帝国的方方面面，其影响深入帝国的肌理，关乎长治久安。
其一，关乎军事战略与边防大事。例如，北疆主帅蒙恬送来密报，言及侦得匈奴残部有重新集结迹象，似有袭扰边郡之意。蒙恬在奏报中详细陈述了边军态势，请求增加边郡驻军粮饷，并谨慎询问朝廷方略：是固守城池，加强警戒，还是可审慎主动出击，进行有限度的威慑性扫荡，以挫其锐气？皇帝接到这份八百里加急奏报后，并未立即批示，而是命中书令将奏报副本及详尽的北疆边防地图、粮草转运图册一并紧急送至丞相府。次日午后，皇帝便轻装简从，亲临丞相府。在李斯那间堆满简牍图册的书房中，君臣二人对着地图，闭门商议良久。李斯结合自己对匈奴习性、作战特点的深入了解，细致分析了帝国目前府库的财政状况、粮草储备，以及北疆复杂的地缘政治格局。他条分缕析，将主动出击的潜在收益（如震慑匈奴、巩固防线）与巨大风险（如劳师远征、补给困难、可能陷入泥潭），以及按兵不动、加强守备的利弊得失一一剖析明白。不仅如此，他还提出了增兵要害关隘、派遣小股精锐部队进行巡逻侦察、加强边境烽燧预警等几种备选策略，并预判了每种策略可能引发的连锁反应。皇帝凝神静听，不时发问。在充分听取了李斯抽丝剥茧般的分析后，皇帝综合权衡，最终做出了决策：准予增拨部分粮饷，命蒙恬加固防御工事，加强巡逻，但暂不进行大规模主动出击，以避免战略冒进。皇帝还亲自给蒙恬手书一封长信，详尽阐述了朝廷的通盘考量，使前方主帅既能体会中枢的谨慎，亦能明确自身的职责。
其二，关乎重大工程与财政支出。有官员上书提议，为了进一步加强关中与巴蜀这两大核心区域的联系，促进商贸流通，保障兵员调动，应在秦岭古道之外，另选险峻之处开凿一条新的栈道。此议若成，确为功在当代、利在千秋之壮举。然而，工程预计耗时五年以上，所需民夫以十万计，耗费钱粮巨万。年轻的皇帝对此等彰显国力、惠泽后世的宏大工程颇为动心，但在落笔朱批之前，他再次于一次宫廷晚宴后，单独留下李斯咨询其意见。李斯并未直接反对，而是借着灯火，从容不迫地帮皇帝算了一笔极为精细的账目：征调如此巨量民夫，对关中、巴蜀两地当前农业生产将造成多大影响？这些民夫的口粮、工械、赏赐，国库当前能否独立支撑，是否需要加征赋税？新栈道建成后，其预期的商贸收益能否覆盖巨大的修建和维护成本？接着，他话锋一转，提醒皇帝，当前帝国虽表面安定，然统一未久，六国遗民心思各异，帝国根基实则未固。在此形势下，是否应将有限的财力、民力优先集中于更为紧迫和基础的领域，如兴修关键水利设施以防旱涝，扩展官学体系以培养吏员、教化百姓，抚恤军功子弟以稳固根基？皇帝听着李斯将宏伟蓝图背后的沉重代价一一道来，最初的热情逐渐化为冷静的思考。他深感李斯之言老成谋国，切中要害，遂将此议暂时搁置，批曰“其议甚善，然国力未充，宜待来时”，留待日后国力更加强盛时再行商议。
其三，关乎重要律法修订与制度改革。随着天下一统，社会情势变迁，原为战时和统一初期制定的部分秦律条款，在施行中已显滞后或出现不尽合理之处，各地司法实践中也遇到了一些新问题。锐意进取的皇帝深感律法需与时俱进，有意对律法进行一定程度的修订和补充，使其更合乎时宜，更能收教化惩戒之效。然而，律法乃国之重器，牵一发而动全身，一字之改可能影响千家万户。在启动修订之前，皇帝显得尤为谨慎，他曾多次于便殿召见李斯，屏退左右，探讨修律的根本原则、大致方向以及可能遇到的阻力。李斯以其对秦律精髓的深刻理解、参与制定律法的丰富经验以及对各地政务的熟稔，为皇帝梳理了当前律法体系中最需修订的关键点、可能遇到的既得利益群体的阻力，以及如何平衡严刑峻法与宽仁教化之间的关系。他建议采取“小步慢走、逐步完善”的审慎策略，先集中精力针对司法实践中反映最突出、朝野共识度最高的问题进行修订，出台试行条例观察效果，避免因大刀阔斧的改革而引起不必要的误解和动荡。皇帝对此深以为然，完全采纳了李斯的建议。不久后，皇帝下诏成立了一个专门的律法研讨小组，由德高望重的李斯挂名总指导，实际则由数名精通律法、思维缜密的官员负责具体条文的斟酌拟定，务求稳妥、周密，稳步推进律法的完善工作。
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