材料学： 物质属性、金属与非金属、性能测试与改良。
陆仁解释道：“此五学，乃探究万物运行之根本规律，是格物之灵魂。需设专门研究所，深入钻研。”
第三层：应用之技（分流）
机械工程： 蒸汽机、传动机构设计。
土木工程： 建筑、桥梁、铁路、水利。
冶金工程： 炼铁、炼钢、合金制备。
化工工程： 制碱、制酸、药物提纯、材料合成。
“此乃将核心之理应用于实际之途径，是格物之手足。学员可根据兴趣与天赋，择一专精。”
此外，陆仁还提出了“交叉学科”的概念，如“生物格物”（需显微镜）、“天文格物”（需望远镜）等，为未来留下了接口。
这幅知识树状图，逻辑严密，层次分明，将看似杂乱的格物之学，整理得井井有条。唐寅等人看得目眩神迷，他们第一次如此清晰地看到知识的全貌与关联。
王阳明更是久久凝视，喃喃道：“格物……竟有如此堂奥……由器入道，脉络分明……”
体系建立后，陆仁雷厉风行地开始进行组织架构调整。格物学院下，正式成立了数个专业研究所：
理论算学所： 由沈默兼任主事，不仅负责教学，更开始向学员介绍“变量”、“函数”等更抽象的数学思想，引导他们思考无限分割与求和的问题。
材料究理所： 李振亲自主抓，系统研究各种矿石、金属、燃料的特性，建立档案，并尝试不同的冶炼、热处理工艺，目标直指强度更高、重量更轻的新材料。
动力机巧所： 集中最优秀的机械工匠和学员，专职改进蒸汽机，并开始根据陆仁提供的极其粗略的原理图（近乎概念描述），尝试理解“内燃之理”（提及可能的高效燃料）和“电生磁、磁生电”的奇妙现象。
学员们被要求必须打好数理基础，然后根据考核和兴趣，进入不同的核心理学院学习，最后再分流到应用工程学院。学习方式也强调理论与实践紧密结合，实验室和工坊的使用频率大大增加。
在这一系列令人眼花缭乱的改革铺垫之后，在一个月色皎洁的夜晚，陆仁将王阳明、李振、唐寅、沈默等最核心的五六人，再次召至静室。
他郑重地取出一卷精心绘制的绢帛，在桌案上缓缓展开。
这不是地图，而是一幅充满想象力的《大明格物百年发展构想图》。
图的起点，是“蒸汽时代”的火车、轮船。接着，箭头指向“钢铁时代”，描绘了更大规模的铁路网、钢铁巨舰。然后是“飞天探空”的热气球、飞艇，旁边标注着“星辰大海”四个小字。图的最后部分，则是一片留白，只有一行字：“格物无穷，未来无限”。
这幅图，超越了时代，近乎神话。
李振、沈默看得目瞪口呆，呼吸急促。唐寅手中的茶杯微微颤抖。
就连一向沉静的王阳明，也仿佛被一道闪电击中，怔在原地，目光死死盯着那“星辰大海”四个字，胸膛剧烈起伏。
陆仁的声音低沉而充满力量，仿佛来自遥远未来的回响：“此非戏言，亦非妄语。此乃我格物之学，穷极天地之理后，必将抵达之远方。铁路、蒸汽机，不过是蹒跚学步之始。我等今日所做一切——建立体系、培养人才、钻研根本——皆是为了积蓄力量，为了有朝一日，我华夏子孙，能真正驾驭风云，深入汪洋，乃至……触碰那片天空！”
他环视众人，目光灼灼：“前路漫漫，荆棘密布。然心有所向，行必能至。愿与诸君，共辟此路，为我大明，开万世之新天！”
静室之内，鸦雀无声，唯有窗外秋风掠过松涛的呜咽。
一种混合着震撼、使命感、乃至一丝恐惧的激荡情绪，在每个人心中疯狂滋长。
他们明白，从这一刻起，他们不再仅仅是为了造出更好的机器或修通一条路，而是在参与一项前所未有、恢弘壮阔的伟大事业。
西山的灯火，在这个秋夜，似乎比以往任何时候都更加明亮。
它照耀的，不再只是一片工坊和学院，而是一条通往不可知未来的、充满奇迹与挑战的漫长征途。
体系的基石已然奠定，百年的宏图悄然展开。
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