中和四年甲辰，公元八八四年
六月壬辰日，东川留后高仁厚上奏朝廷，称郑君雄斩杀杨师立后献城投降。高仁厚率军围攻梓州许久，始终无法攻克，于是写了一封劝降信，用箭射进城中，信中开导城中的将士说：“我不忍心让城中的将士和百姓一同丧命，特意为各位暂缓攻城十天，让你们能亲手完成诛杀叛贼的功业。如果十天之内还不献上杨师立的首级，我就把现有的兵力分成五轮，轮番昼夜攻城，这样我军能养精蓄锐，而你们必定会陷入疲困。要是五天后依旧无法攻克，我军就从四面同时进攻，到时候破城是必然的事。各位好好考虑吧！”过了几天，郑君雄在军中大声呼喊：“朝廷要诛杀的，只是首恶杨师立一人而已，其他人一概没有牵连！”将士们齐声高呼万岁，鼓噪着冲进节度使府衙，杨师立被迫自杀，郑君雄带着他的首级出城投降。高仁厚将杨师立的首级及其妻小押送到皇帝行宫，陈敬瑄下令将杨师立的儿子钉死在成都城北。陈敬瑄的三个儿子出城观看行刑，那个被钉在木架上的人大声呼喊：“这种事很快就会轮到你们，你们以后等着领受吧！”陈敬瑄的三个儿子吓得骑马飞快返回。朝廷任命高仁厚为东川节度使。
甲辰日，武宁将领李师悦与尚让率军追击黄巢，一直追到瑕丘，将黄巢的军队击败。黄巢的部众几乎伤亡殆尽，只好逃到狼虎谷。丙午日，黄巢的外甥林言斩杀黄巢及其兄弟、妻子的首级，准备拿去献给时溥，路上遭遇沙陀博野军，首级被夺走，沙陀军还斩杀了林言，将他的首级一并献给时溥。
蔡州节度使秦宗权放纵手下军队四处出击，侵犯吞并邻近的藩镇。天平节度使朱瑄麾下有三万兵马，他的堂弟朱瑾，勇猛善战，在军中无人能及。宣武节度使朱全忠遭到秦宗权的攻打，形势十分窘迫，向朱瑄求救，朱瑄派遣朱瑾率军前往救援，在合乡击败秦宗权。朱全忠感念他的恩德，与朱瑄结拜为兄弟。
秋季七月壬午日，时溥派遣使者献上黄巢及其家人的首级，还有他的姬妾，皇帝亲临大玄楼接受献俘。皇帝当面质问那些姬妾：“你们都是功勋贵族的女儿，世代蒙受国家的恩惠，为什么要追随叛贼呢？”站在最前面的那名姬妾回答说：“黄巢这个狂贼凶残暴戾，朝廷出动百万大军，尚且失守宗庙，导致陛下流亡迁徙到巴蜀之地；如今陛下却因我们无力抵抗叛贼而责备一群女子，那朝中的王公大臣、将帅们，又该置于何地呢！”皇帝不再追问，下令将这些姬妾全部在街市上处死。百姓们争相给她们递酒，其他人都悲痛恐惧，喝得酩酊大醉，唯独站在最前面的那名姬妾，既不饮酒也不哭泣，到了行刑的时候，依旧神色镇定。
朱全忠率军攻打秦宗权，在溵水将秦宗权击败。
李克用回到晋阳后，大力整治兵器铠甲，派遣榆次镇将、雁门人李承嗣带着奏表前往皇帝行宫，亲自陈述道：“我立下攻破黄巢的大功，却遭到朱全忠的暗算。部下将官及随从人员三百多人，连同印信兵符全都损失，无一生还。朱全忠还在东都洛阳、陕州、孟州一带张贴告示，谎称我已经战死，部下军队溃散，命令各地拦截剿杀我的残部，务必斩尽杀绝。我的将士们都哭喊着申诉冤屈，请求报仇雪恨。我认为朝廷最为公正，应当等候皇帝的诏令，因此安抚约束部众，让他们返回本道。恳请朝廷派遣使者调查此事，发兵讨伐朱全忠，我的弟弟李克勤正率领一万骑兵在河中待命。”当时朝廷因为刚刚平定黄巢大寇，正一心推行姑息政策，看到李克用的奏表后，大为恐慌，只派遣宦官带着褒奖的诏书前去劝解二人和解。李克用前后总共上了八次奏表，声称：“朱全忠嫉妒他人功劳、忌惮他人才能，是阴险狡诈的奸贼，将来必定会成为国家的祸患。我只求朝廷下诏削去他的官爵，我亲自率领本道军队讨伐他，不需要朝廷从国库调拨粮草军饷。”皇帝多次派遣杨复恭等人传达旨意，说：“我深知你的冤屈，当前事务繁杂，姑且顾全大局吧。”李克用始终郁郁不平。当时藩镇之间相互攻伐，朝廷不再为他们分辨是非曲直。从此藩镇之间互相吞并，只凭武力强弱说话，完全没有了对朝廷的敬畏之心。
八月，李克用上奏请求将麟州划归河东管辖，又上奏请求任命弟弟李克修为昭义节度使，朝廷都准许了。从此昭义军被分割为两个藩镇，朝廷晋升李克用的爵位为陇西郡王。李克用上奏请求撤销云蔚防御使，将其辖区依旧划归河东，朝廷依从了他的请求。
九月己未日，朝廷加封朱全忠为同平章事。
朝廷任命右仆射、大明宫留守王徽兼管京兆尹事务。皇帝因为长安的宫殿被烧毁，所以长期留在蜀地没有返回。王徽招抚流亡离散的百姓，户口逐渐回归，又修缮整治宫殿，各个官府部门大致有了头绪。冬季十月，关东的藩镇纷纷上表请求皇帝返回京城长安。
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