刘劭自认为平时熟悉军事，对朝中大臣说：“你们只需帮我处理文书，不用关心军事；如果有敌人来犯，我自己就能应对，只怕叛贼不敢来呢。”等到听说各地起兵，才开始担忧恐惧，下令戒严，召集所有轮休的将领官吏，把秦淮河南岸的百姓迁到北岸，将所有王侯和大臣聚集在城内，把江夏王刘义恭安置在尚书省的官舍，把刘义恭的儿子们分别安置在侍中下省。
夏季四月初一（癸卯日），柳元景率领宁朔将军薛安都等十二路军队从湓口出发，司空中兵参军徐遗宝率领荆州军队随后跟进。初五（丁未日），武陵王刘骏从寻阳出发，沈庆之总管中军跟随。
刘劭立妃子殷氏为皇后。
四月初八（庚戌日），武陵王刘骏的檄文传到建康，刘劭拿给太常颜延之说：“这是谁写的？”颜延之说：“是颜竣写的。”刘劭说：“言辞怎么这么尖锐！”颜延之说：“颜竣连我这个老臣都不顾及，怎么会顾及陛下您呢！”刘劭的怒气稍微缓解了一些。他把武陵王刘骏的儿子们都软禁在侍中下省，把南谯王刘义宣的儿子们软禁在太仓的空房子里。刘劭想把寻阳、江陵、会稽三镇起兵将士的家属全部杀掉，江夏王刘义恭、何尚之都劝他说：“凡是举大事的人，都不会顾及家人；而且很多人是被逼迫参与叛乱的，现在突然诛杀他们的家属，只会让他们更加坚定反抗的决心。”刘劭认为有道理，于是下诏，对家属一概不追究。
刘劭怀疑朝廷里的老臣都不肯为自己效力，就优厚安抚鲁秀和右军参军王罗汉，把所有军事事务都交给他们；又让萧斌当主要谋士，殷冲负责文书工作。萧斌劝刘劭率领水军逆流而上，主动和叛军决战；如果不这样，就退守梁山（今安徽和县南）固守。江夏王刘义恭却认为，南边刘骏的军队仓促组建，战船简陋狭小，不擅长水战，于是献计说：“叛贼刘骏年纪轻，没打过仗，从远处赶来早已疲惫不堪，我们应该以逸待劳。现在如果远出梁山，京城就会空虚薄弱，东边随王刘诞的军队要是趁机偷袭，可能会造成祸患。如果分兵去应对南北两边，兵力就会分散，气势也会削弱。不如养精蓄锐，等待时机，按兵不动观察叛军的破绽。放弃秦淮河以南的区域，在石头城（今江苏南京西）设置栅栏封锁防线，这是前朝用过的有效办法，不愁打不败叛贼。”刘劭觉得这个主意好。萧斌却脸色严肃地反驳：“刘骏（南中郎将军）才二十岁，就能发动这样的大事，他的能力哪能小看！现在寻阳、江陵、会稽三镇叛军联合，占据上游优势；沈庆之精通军事，柳元景、宗悫又多次立过战功。形势都这样了，对方根本不是小股敌人。我们只有趁现在人心还没离散，全力打一场决战；要是死守台城（皇宫所在），怎么能长久支撑！现在主上和大臣们都没有作战的决心，难道是天意要亡我们吗！”刘劭不听。有人劝刘劭退守石头城，刘劭说：“古人之所以坚守石头城，是为了等各地诸侯出兵救援。我要是守在这里，谁会来救我！只有全力决战才有希望，不然肯定失败。”他每天亲自巡视军队，慰问将士，还亲自监督水军修造战船。四月初三（壬子日），刘劭下令烧毁秦淮河以南的房屋、河里的船只，把百姓全都赶到北岸。
刘劭立儿子刘伟之为皇太子。任命始兴王刘濬妃子的父亲褚湛之为丹阳尹。褚湛之是褚裕之哥哥的儿子。刘濬被任命为侍中、中书监、司徒、录尚书六条事（分管尚书省部分事务）；加授南平王刘铄开府仪同三司；任命南兖州刺史建平王刘宏为江州刺史。太尉司马庞秀之从石头城率先向南投奔刘骏，京城人心因此大为震动。刘劭又任命营道侯刘义綦为湘州刺史，檀和之为雍州刺史。
四月初四（癸丑日），武陵王刘骏的军队驻扎在鹊头（今安徽铜陵北）。宣城太守王僧达收到刘骏的讨伐檄文，不知道该投靠哪一方。他的门客劝他说：“现在刘劭弑父叛逆，罪恶滔天，从古到今都没见过这样的事。为您打算，不如响应义师的檄文，把消息转告附近各郡。只要有良心的人，谁会不响应！这是上策。如果做不到，您可以亲自率领愿意归附正义的人，选一条方便的水路或陆路，投奔南边的义师，这也算是中策。”王僧达于是从小路向南逃跑，在鹊头遇上了刘骏。刘骏当即任命他为长史。王僧达是王弘的儿子。刘骏刚从寻阳出发时，沈庆之就对人说：“王僧达肯定会来投奔义师。”有人问原因，沈庆之说：“我曾见他在文帝面前议论时眼界开阔、态度坚决；从这一点来看，他一定会来。”
柳元景因为战船不够坚固，担心水战吃亏，就日夜兼程赶路，四月初七（丙辰日），到达江宁（今江苏南京江宁区），从陆路登陆。他派薛安都率领精锐骑兵在秦淮河畔炫耀兵力，还写信给朝廷官员，向他们说明叛逆和正义的区别。
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