晋纪三十六，从公元405年（乙巳年）到公元408年（戊申年），共四年。
义熙元年（公元405年，己巳年）
春天正月，南阳太守扶风人鲁宗之起兵，去偷袭襄阳，桓蔚抵挡不住，逃到江陵。正月己丑，刘毅等各路大军开到马头。桓振挟持着皇帝，出城驻扎在江津，还派使者来，说要割让江、荆二州，送回皇帝，刘毅他们没答应。正月辛卯，鲁宗之在柞溪把桓振的将领温楷打得大败，接着进军驻扎在纪南。桓振留下桓谦、冯该守江陵，自己带兵去和鲁宗之交战，结果又被打得落花流水。刘毅等人在豫章口打败了冯该，桓谦一看形势不妙，弃城逃跑。刘毅他们顺利进入江陵，抓住卞范之等人，砍了脑袋。桓振往回赶，远远看见江陵城里起火，知道城已经被攻陷，手下的兵一下子都跑光了，他自己逃到涢川。
正月乙未，皇帝下诏，把重大事务都交给冠军将军刘毅处理。
正月戊戌，宣布大赦天下，改年号，但桓氏家族不在赦免范围内。不过因为桓冲对晋朝皇室一直忠心耿耿，所以特别赦免了他的孙子桓胤。朝廷任命鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，都督益、梁、秦、凉五州诸军事，毛璩的弟弟毛瑾为梁、秦二州刺史，毛瑗为宁州刺史。刘怀肃追到石城，把冯该给杀了，桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷这些人都逃到后秦去了。桓怡是桓弘的弟弟。
后燕的慕容熙去攻打高句丽。正月戊申，进攻辽东。眼看城就要被攻破了，慕容熙却命令将士们：“谁都不许先登城，等把城墙铲平了，朕和皇后坐着车进去。”就因为这，城里的人得到机会加强防备，最后慕容熙没攻下城，只能灰溜溜地回去了。
秦王姚兴把鸠摩罗什尊为国师，像敬神一样供奉他。姚兴亲自带着大臣们和和尚们，去听鸠摩罗什讲解佛经，还让鸠摩罗什翻译西域的《经》《论》三百多卷。又大规模修建塔寺，坐禅的和尚常常有上千人。从公卿以下的官员都信奉佛教，州郡的老百姓受影响，十户里面有九户都信佛。
乞伏乾归去攻打吐谷浑的大孩，把他打得大败，俘虏了一万多人回来。大孩逃跑的时候，死在了胡园。视罴的大儿子树洛干，带着剩下的几千户人逃到莫何川，自称车骑大将军、大单于、吐谷浑王。树洛干减轻徭役和赋税，赏罚分明，吐谷浑又兴盛起来，沙、漒等地的各少数民族都归附了他。
西凉公李暠自称大将军、大都督，兼任秦、凉二州牧，宣布大赦天下，改年号为建初，还派舍人黄始、梁兴走小路，带着奏表去建康。
二月丁巳，留台准备好皇帝出行的车驾，到江陵去迎接皇帝。刘毅、刘道规留在夏口驻扎，何无忌护送皇帝往东回朝。
当初，毛璩听说桓振攻陷了江陵，就带着三万人马顺流东下，准备去讨伐桓振。他让弟弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗从外水出发，参军巴西人谯纵、侯晖从涪水出发。蜀地的人本来就不想跑那么远去打仗，侯晖到了五城水口，就和巴西人阳昧商量着造反。谯纵这人性格温和谨慎，蜀地的人都挺喜欢他。侯晖和阳昧一起逼谯纵当头儿，谯纵不答应，还跳到水里想躲开。他们把谯纵拉出来，拿着兵器逼他上车，谯纵又趴在地上，拼命磕头推辞。侯晖没办法，就把谯纵绑在车上。然后他们转头回去，在涪城偷袭毛瑾，把毛瑾杀了，推举谯纵为梁、秦二州刺史。毛璩行军到略城，听说出了事，赶紧往回跑回成都，派参军王琼带兵去讨伐谯纵，结果被谯纵的弟弟谯明子打得大败，士兵死了十有八九。益州的营户李腾打开城门，放谯纵的兵进城，把毛璩和他弟弟毛瑗都杀了，毛家就此灭门。谯纵自称成都王，任命堂弟谯洪为益州刺史，谯明子为巴州刺史，驻守白帝。这一下蜀地大乱，汉中地区兵力空虚，氐王杨盛派他哥哥的儿子平南将军杨抚去占领了汉中。
二月癸亥，北魏主拓跋珪从豺山回宫，撤销了尚书的三十六曹。
三月，桓振从郧城出发，偷袭江陵。荆州刺史司马休之没打过，逃到襄阳，桓振就自称荆州刺史。建威将军刘怀肃从云杜带兵赶紧去支援，和桓振在沙桥交战。刘毅又派广武将军唐兴去帮忙，唐兴在河边把桓振给杀了，再次夺回江陵。
三月甲午，皇帝回到建康。三月乙未，大臣们都到皇宫请罪，皇帝下诏让他们官复原职。
尚书殷仲文觉得朝廷的音乐还不完备，就跟刘裕说，得整治一下。刘裕说：“现在哪有时间搞这个，而且我对音乐也不感兴趣。”殷仲文说：“感兴趣了自然就懂了。”刘裕说：“就是怕懂了就感兴趣，所以才不接触。”
三月庚子，任命琅邪王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，刘裕为侍中、车骑将军，都督中外诸军事，同时还兼任徐、青二州刺史。刘毅为左将军，何无忌为右将军，都督豫州、扬州五郡军事，兼任豫州刺史，刘道规为辅国将军，都督淮北诸军事，兼任并州刺史，魏咏之为征虏将军，兼任吴国内史。刘裕坚决推辞，不肯接受这些职位。朝廷又加封他为录尚书事，他还是不接受，还多次请求回到自己的封地。皇帝下诏让大臣们去劝他，还亲自到他家里。刘裕吓得赶紧又到皇宫去陈述请求，最后皇帝才答应他回封地。朝廷任命魏咏之为荆州刺史，接替司马休之。当初，刘毅曾经在刘敬宣手下当宁朔参军，那时候有人觉得刘毅是个英雄豪杰。刘敬宣却说：“真正有非凡才能的人有自己的行事风格，哪能随便就说他是英雄呢！刘毅这个人，表面宽厚，内心猜忌，喜欢自我炫耀，还瞧不起别人。要是哪天他得势了，肯定会因为冒犯上级招来灾祸。”刘毅听说这话，心里特别恨刘敬宣。等刘敬宣被任命为江州刺史，刘敬宣推辞说自己没什么功劳，不应该比刘毅他们先得到任用，刘裕没答应。刘毅就派人跟刘裕说：“刘敬宣没参与讨伐桓玄的谋划。那些猛将和功臣，正等着论功行赏呢。像刘敬宣这样的，应该往后排。要是您念着往日的交情，给他个员外常侍就行了。听说已经让他当郡守了，实在是太优待他了。现在又让他当江州刺史，这就更让人惊讶和惋惜了。”刘敬宣听了，心里越来越不安，就上奏请求解除自己的职务。于是朝廷把他召回，任命为宣城内史。
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