直到同年12月22日，第6师团奉命回到安徽南部进行“清剿作战”，该师团在南京的暴行才得以停止。
据统计，被谷寿夫及其师团官兵杀害的华夏平民和战俘至少达5万人，他的第6六师团在南京大屠杀中残杀华夏人民的数量，仅次于中岛今朝吾的第16师团。
其后，日本大本营为避免受到世界舆论的谴责，于同年12月27日调任谷寿夫本土防卫军担任任中部军司令官的闲职，把第6师团的师团长换成了现在的稻叶四郎中将。
历史上，1947年2月16日下午，南京审判战犯军事法庭对谷寿夫进行的第二次审判。
当审判长宣布开庭之后，问被告对公诉书中所列举的犯罪事实有何申诉。
谷寿夫故作镇静，为他的犯罪事实厚颜无耻地进行狡辩：“当日军攻克上海，南京处于战争状态之时，你们中国政府为什么不早作撤退准备，在双方交战炮火纷飞的情况下，有些非战斗人员不幸为流弹所中，这也是战争中不可避免的现象，本人对此感到抱歉。”
面对着证人席上陈放的从“南京万人坑”里掘出的穿有洞孔或划有伤痕的头骨，他抵赖说：“你们凭啥说这是日本士兵的刀枪穿刺的呢？”
面对着许多出席作证的被日军屠杀幸存者和被害家属的血泪控诉，他恶狠狠地说：“你们在堂堂国际法庭上，不要带上民族感情来对我审讯，这是不符合法律原则的，是不公道的。”
最后还强辩说：“军人以服从为天职，我是奉命来华作战，执行任务的，战争责任不在我谷寿夫身上。”
也就是谷寿夫回国回的早，当时的独立军实力又过于弱小，甚至还没有公开打出抗战的旗号，要不然，以凌寒的为人，绝对不会放任这老家伙安然回到日本本土的。
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