这些确实是热心的控诉者，但是，他们的指控苍白无力。
种族屠杀和战争不能归咎于科学思维模式，后者也没有威胁到我们国家的道德和精神健康。甚至可以说，在所有人类关注的领域，包括政治、艺术，还有对生命的意义、目的和道德的探求中，科学思维模式都是不可或缺的。
“科学主义”这个词的意思根本不清晰，与其说它是任何一致性原则的标签，不如说是一个蔑称。有时它被等同于某些疯狂的状态，比如“科学就是一切”，或者“科学能解决所有的问题”。有时它被解释为“过于简化的”、“天真的”和“世俗的”。定义上的真空，使得我可以模仿同性恋激进派对“酷儿”的炫耀，为被贬损的科学主义一词正名。
从好的角度来讲，科学主义并不是一种信念——那些被称为“科学”的职业协会里的成员都特别的睿智和高贵。正相反，科学以实践为标志，包括公开辩论、同行评议、双盲方法，这些都是明确设计出来用以规避科学家作为人类常常会犯的错误和过失的。科学主义并不是说所有的科学假设都是正确的，绝大多数新的假设都不正确，假设与反驳的循环正是科学的生命之源。科学不是一种企图占据和消灭人文学科的霸权主义驱动力，而是为人文学科的知识工具提供更加丰富和多样化的可能。科学不是主张实体是唯一存在的教条。科学家自身存在于飘渺的信息媒介中，包括数学的真相、理论的逻辑，还有引导他们事业的价值观。在这个概念中，科学与哲学、理性、启蒙人文主义都有一丝关联。科学的与众不同之处在于，它明确承诺两个理念，这个两个理念正是科学主义试图输出给其他智能生命的。
第一个理念：世界是可以认知的。
我们所经历的现象或许能被比现象本身更普适的原理所解释。而这些原理又可能被更加基础的原理解释，如此发展下去。要使我们的世界有意义，理解我们的世界，就会有一些场合下我们不得不同意“就是这样”、“这是魔法”或者“因为我是这么说了。”相信世界的可知性并不是一种蛮信，而是随着世界上越来越多的事物能被科学解释而逐步自证的。比如生命的过程，在过去被归因于一种神秘的生命活力；现在我们知道，这是复杂的分子之间的物理和化学反应所驱动的。
妖魔化科学主义的人经常把可知性同一种被称为还原主义的谬误混淆。用更深层的原则去解释复杂的事物，并不意味着要抛弃事物本身的丰富性。思维正常的人都不会尝试用物理、化学、生物的语言去解释第一次世界大战，而反对使用1914年欧洲领袖们用以解释见解和目标的、更为清晰明了的语言。同时，一个好奇的人会合理地提问，为什么人类思想会倾向于产生这种见解和目标，包括族群制、自负感、和在那个特殊的历史时期陷入死亡困境时产生的荣誉感。
第二个理念：知识的获得是艰难的。
这个世界不会自己揭示它的运行法则，即使它会这样做，我们的感知也倾向于产生幻觉、谬误和迷信。大多数信念的传统原因是信仰、启示、教条、权威、感召力，人生智慧、主观确定性焕发出的光彩，这些是错误的根源，而不应被当做知识的来源。为了理解世界，必须依据人的认知极限来培养解决方案，包括怀疑的态度、公开辩论、合规的精度、和实证测试，通常需要非凡的独创性。任何自称为“科学的”活动，如果拒绝提供机会来证伪其自身信念（最明显的就是谋杀或囚禁持异见者），它就不是一个科学的活动。
那么，科学是用什么方法来阐明人类事务的呢？让我从最宏大的命题、那个最深奥的问题开始：我们是谁，我们从哪里来，我们生命的意义和目的是什么？这本属于传统宗教的领域，宗教的扞卫者往往也是科学主义最激进的批评者。他们喜欢引用斯蒂芬·杰·古尔德（Stephen Jay Gould）在他最烂的一本书《时代之岩》中提出的分割反案，即正确对待科学和宗教的方式是：将它们归属于“非重叠的教权领域”。让经验的世界归科学，对道德意义和价值的探索归宗教。
不幸的是，这种约定根本经不起审视。任何有科学素养的人——没有被原教旨主义蒙蔽的人——的道德观和世界观都必须同宗教的理念和价值观决裂。
首先，科学发现表明，世界上所有的传统宗教和文化的信仰体系——他们关于生命起源、人类发展和社会构成的理论——都是存在事实错误的。
我们知道，人类是属于非洲灵长类的一个单一物种，在它们历史的晚期发展出了农业、政体和文字，但我们的祖先不知道这一点。我们知道，生命起源于40亿年前的化学物质，在包含了所有生物的系谱树上，我们的物种只是一个微不足道的小分支。我们知道，我们生活在一颗行星上，这颗行星围绕着一颗恒星旋转，这颗恒星只是我们星系中数以千亿计的恒星之一，而我们的星系是一个有138亿年历史的宇宙中的数千亿个星系之一，我们的宇宙也可能只是众多宇宙中的一个。我们知道，我们对空间、时间、物质、和因果关系的直觉无法匹配和测量现实中尺寸极大和极小的事物。我们知道，支配物质世界的自然规则（包括事故、疾病、和其他不幸）根本不在乎人类状况的好坏。不存在诸如命运、天意、因缘、符咒、诅咒、占卜、天谴之类的事，也不存在应验的祈祷——虽然概率法则和人的认知作用之间的差异或许能解释为什么人们相信它们的存在。我们还知道，我们并不是总这么清醒，每个时代、每种文化中那些被钟爱的信仰或许会被断然篡改，毫无疑问也包括我们今天依旧信仰的那些。
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