袁隆平对转基因技术秉持着积极且理性的态度，始终坚信其在农业未来发展中的关键地位。他曾明确表态：“转基因技术是农业未来发展的重要方向，绝不能因暂时的疑虑而被否定。随着科研的深入探索与技术的不断完善，其安全性与优势必将愈发清晰地展现。”
他以其敏锐的洞察力，深刻地察觉到全球人口如汹涌潮水般不断增长与耕地资源如稀缺珍宝般日益有限之间的尖锐矛盾。在他的眼中，转基因技术恰似一把神奇的钥匙，有望开启突破粮食产量瓶颈、雕琢作物品质的全新大门。例如，他曾满怀憧憬地提及将玉米高光效基因巧妙地转移至水稻之中，这一充满创意的设想犹如一颗希望的种子，有望在水稻田中绽放出大幅提升光合作用效率，进而实现产量跃升的绚丽花朵，充分彰显了他对转基因技术在增产领域所蕴含巨大潜力的深度认知与殷切期待。
主动携手张启发院士
回溯2010年，袁隆平主动与张启发院士开启了意义深远的合作。
当时，袁隆平承担的2008年国家启动的转基因生物新品种培育科技重大专项中的“高产转基因水稻新品种培育”项目正在推进且已建立产业化基地，张启发院士在转基因水稻分子育种技术与安全性评估方面经验丰富。基于共同的认知与优势互补，双方携手合作。人民网2010年的一则报道就称，“杂交水稻之父”袁隆平与“转基因水稻之父”张启发交流后表示，对转基因作物的研发和政府决策积极支持，两人领衔的团队将加强合作。
张启发院士在回忆文章中提及袁隆平的大力支持，在合作过程中，袁隆平凭借自身威望与资源，积极促进双方团队交流互动，鼓励张启发院士大胆探索转基因应用边界，他曾言：“只要秉持科学严谨，转基因研究定能造福农业。”这给予了张启发院士极大的鼓舞。
合作期间，张启发院士应袁隆平邀请在国家杂交水稻工程技术研究中心作《转基因作物的机遇与挑战》专题报告，深入剖析转基因与传统育种技术关联、国内外研究动态及转基因抗虫水稻安全性评价资料。袁隆平则就转基因抗虫水稻安全性实验细节、抗除草剂转基因作物作用机理等与张启发院士深入探讨，并坚定表示支持政府转基因研发决策，还自愿成为试吃转基因大米第一人以消弭公众疑虑。
此后，双方团队在信息共享、人才培养、项目联合攻关等多方面强化合作，致力于融合传统与现代育种技术，推动我国水稻科研事业迈向新高度，为全球粮食安全不懈努力。
袁隆平在转基因领域的研究成果在其学术论文中亦有体现。例如团队关于将玉米碳四基因转入水稻的研究，阐述了该转基因方式可提升水稻光合作用效率从而增产的理论依据与实验成果，彰显转基因技术在增产方面的巨大潜力。同时，他强调对于转基因食品尤其是抗病虫基因的食品需谨慎对待，需充分实验确保安全后才可投放市场，如2013年他表示抗病虫基因要慎重，需多实验确证无害方可推广。
隆平高科：出口转基因玉米技术到巴西
1999年6月30日，袁隆平作为主要发起人，联合湖南省农业科学院和湖南杂交水稻研究中心等科研和技术推广单位，发起设立了隆平高科。
由袁隆平院士直接担任顾问的隆平高科在转基因育种领域成绩卓着，组建了由常规育种人员、分子技术人员以及生物信息人员等构成的专业团队，培养了一批在转基因技术和育种领域的专业人才，为转基因水稻的研发提供了智力支持。
袁隆平的次子袁定江自2015年起担任隆平高科的最高负责人之一，用实际行动推动着转基因技术的发展和应用。
隆平高科在转基因技术研发上不遗余力，已经构建起一套完善且先进的育种技术体系。隆平高科通过投资布局的生物技术平台已获得瑞丰125、浙大瑞丰8、ncx-1、bfl4-2等9个玉米转基因性状的安全证书。此外，其参股公司杭州瑞丰生物科技有限公司的转基因玉米瑞丰125已在中国和美国获得专利。
据新闻报道，隆平高科研发的部分转基因水稻品种在产量与抗病虫害能力方面表现极为突出。如转基因水稻品种在严苛的国家品种审定试验中，展现出优良的农艺性状，产量相比传统品种大幅提升，且对特定病虫害具有强大的抵抗力，宛如农业生产的“守护神”，有力保障了粮食生产的稳定性与可持续性。
2019年，经过国家批准又成立了隆平生物，开启农作物抗虫、抗除草剂转基因性状研发。通过建立种业科学研究院和利用分子标记辅助育种等先进技术，不断推进种业领域的创新平台建设和重点品种的前沿性研究。其种业科学院生物技术团队运用基因编辑等技术，进行水稻资源创制和全基因组选择，提升了育种创新效率，为转基因水稻研发奠定了基础。
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