洪武二十四年（1391年），捕鱼海之战后，有大批降人居大宁都司，因边将市马，拂其所欲，即叛而去。
洪武二十五年(1392年)三月，以周兴为总兵官，进讨也速迭儿，追至彻彻儿山。这次远征塞北，搜捕残敌，大败之，“弭绝边患”，自是不敢进边牧马者十余年。
除了北伐外，朱元璋亦陆续平定中国其他地区。
在徐达、常遇春北伐的同时，朱元璋派胡美由陆路进入福建，汤和和廖永忠所带的水军从海上进攻福建和广东，降服割据势力陈友定、何真等，接着攻取广西。
洪武二年（1369年），徐达从东面进入山西，击败扩廓帖木儿，年底平定陕西。
洪武四年（1371年），汤和、傅友德等灭明夏，取四川。
洪武十五年（1382年）傅友德、蓝玉等取云南，消灭元梁王把匝剌瓦尔密，降服大理段氏。
洪武二十六年（1393年），明朝确立了对整个河西走廊的统治。
朱元璋在位期间，下令农民归耕，奖励垦荒；大搞移民屯田和军屯；组织各地农民兴修水利；大力提倡种植桑、麻、棉等经济作物和果木作物、他还徙富民，抑豪强；下令解放奴婢；减免赋税，严惩贪官；派人到全国各地丈量土地，清查人口等等。
朱元璋深知灾荒给农民造成的痛苦，即位后常常减免受灾和受战争影响的地区的农民的赋税，或给以救济。
多次在全国范围内实行大型的租税蠲免。
洪武二年是明初第一次大规模地蠲免赋税。
之后的三年、四年、九年，也曾在应天、河南、北平、山东、江西、两浙等地陆续蠲免赋税。
到洪武二十四年统计时天下田土，已达到3，874，746顷。
经过洪武时期的努力，社会生产逐渐恢复和发展，史称洪武之治。
朱元璋还十分爱惜民力，提倡节俭。在朱元璋措施的推动下，农民生产热忱高涨。
明初农业发展迅速，元末农村的残破景象得以改观。
农业生产的恢复发展，促进明代手工业和商业的发展。朱元璋的休养生息政策巩固了新王朝的统治，稳定了农民生活，促进了生产的发展。
洪武十三年（1380年），朱元璋以图谋不轨之名诛杀丞相胡惟庸，屠灭三族，连坐其党羽，株连了一万五千多人。
以后又几兴大狱，使“胡惟庸狱”不断牵连扩大。
到洪武二十三年（1390年），功臣太师李善长等人也以与胡惟庸“交通谋反”被赐死，家属成年者七十余人被杀。
着名儒臣宋濂只因受孙子连累，全家被贬到四川，他也病死于途中。
此案延续了十年之久，前后被株连的几十家王公贵族，共三万多人。
洪武二十六年（1393年），锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，朱元璋随即令人将其拿下，并由吏部审讯。
三天后，朱元璋将蓝玉处死，而后是大规模的清洗和株连。
蓝玉下狱后，狱词称同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反。
受此案株连被株连的人，仅列入《逆臣录》的就有两万五千人。
“胡蓝之狱”后，明太祖意尚未足，过了年余，颍国公傅友德，奏请给怀远田千亩，非但不准，反将他赐死。
定远侯王弼，又奉诏赐死。
宋国公冯胜亦被赐死。
经过几次党狱，明初的功臣大量被杀，间接导致了明太祖死后靖难之役中朝廷无可派之将。
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