待到崇祯帝继位，局势骤变，新皇励精图治，铁腕肃清阉党势力，魏忠贤终遭清算。随着魏氏垮台，“红丸案”的真相再次浮出水面，冤屈得以昭雪。然而，历史并未因此安宁，崇祯帝驾崩之后，南明政权在风雨飘摇中成立，政治斗争再度上演，各方势力借由“红丸案”旧事重提，挑起新一轮的党派纷争。直至明朝江山倾覆，这个充满悬疑色彩的案件仍如影随形，伴随着王朝的终结，留下了永恒的谜团与遗憾。
在那弥漫着神秘与阴谋的年代，明光宗朱常洛的猝然离世引发了无尽的猜想与争议。坊间传闻，光宗是因服下一颗名为“红丸”的诡异药丸而不幸丧命，但也有人坚称其死因与红丸毫无关联，或认为是旧疾复发、或是疲于政事、亦或是被郑贵妃设局陷害。甚至有观点指出，是医药失误导致了这位年轻帝王的陨落。
对于李可灼进献的红丸，朝堂上下意见分歧严重。一部分朝臣主张赏赐李可灼以示肯定，认为他提供了有效的药方；另一部分则愤慨不已，提议对其严惩，削减其俸禄一年作为惩戒。还有人认为李可灼既非正式医官，又不通药理脉象，主张将他流放到边疆之地。然而，在天启五年，魏忠贤纂修《三朝要典》时，李可灼的遣戍之罚竟被取消，此事由此成为了天启年间党争的重要议题，旷日持久地持续了八年之久。
红丸的真实成分，更是引来了无数揣测。一种观点认为，李可灼进献的红丸实则是寻常的春药红铅丸，这类炽烈的药物对于虚弱不堪、体内阴阳失调的光宗而言，犹如火上浇油，或许李可灼不过是效仿前人陶仲文博取功名，却不幸时运不济。另一种看法则倾向于认为红丸是道教徒炼制的所谓“金丹”，若成功治愈重病患者，自然能够名利双收，若不幸失败，则可归咎于病情太过严重。历经三百多个春秋，历史学家们提出了各种假设与推论，然而至今仍未有一个解释能够完全说服世人，光宗之死与红丸的关系依旧是个谜团，等待着时光的揭晓。
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