五月二十日至二十三日，慈禧连续召开了四次御前会议，讨论剿抚和战的问题。在第一次会议上，太常寺卿袁昶认为义和团是乱民，不可信赖。慈禧反驳说，今日中国积弱已极，所倚仗的只有民心。如果失去民心，国家将无法立足。
五月二十一日，江苏粮道罗嘉杰的儿子面见荣禄，带来了一份据称是洋人照会的情报，内容涉及对中国皇帝的居住地、代收钱粮、代掌兵权以及勒令皇太后归政的要求。荣禄将这份情报呈给慈禧，慈禧看后悲愤交加，决心向列强宣战。当晚，慈禧在仪鸾殿召开第二次御前会议，宣读了洋人照会的部分内容，并表达了“一战而亡”的决心。会上诸臣纷纷表示愿效死力，载漪、溥良等更是极力主战。
五月二十二日，慈禧召开第三次御前会议，继续讨论和战问题。二十三日，慈禧得知罗嘉杰提供的情报是伪造的。然而，法国驻天津总领事杜士兰关于各国水师提督、统领要求清军于二十一日凌晨两点交出大沽口各炮台的照会，已由直隶总督裕禄奏报清廷。慈禧得知这一消息时，大沽口炮台早已落入联军手中。当天下午，慈禧在仪鸾殿召开第四次御前会议，决定正式向列强宣战，并命令许景澄等人通知各国使臣在二十四小时内离开北京。
五月二十四日，慈禧以光绪帝的名义发布宣战诏书，并改变了对义和团的方针，由剿灭改为招抚。为了加强对义和团的控制，慈禧派庄亲王载勋、刚毅统率京、津一带义和团，并派英年、载澜协同办理。
然而，慈禧的这一决定遭到了以刘坤一、张之洞为首的地方督抚的反对。他们联名电奏清廷，力主剿团乞和，并与列强订立条约，实行“东南互保”。在地方督抚的反对下，慈禧的决心开始动摇。五月二十九日，她电谕李鸿章、李秉衡、刘坤一、张之洞等沿海沿江各督抚，说明此次宣战并非“衅自我开”。当天下午，慈禧命荣禄前往使馆慰问各国使臣，并在北御河桥竖立木牌，表明“钦奉懿旨，力护使馆”。
六月初三日，慈禧在给各驻外使臣的谕旨中，虽然仍坚称此次兵端并非“衅自我开”，但将义和团从“义民”改称为“乱民”，并表示将设法惩办“乱民”。
在帝国主义列强的进攻面前，慈禧一方面继续坚持“断无即行议和之势”，要求各省将军督抚“务将和之一字先行扫除于胸中”，认真布置战守事宜。另一方面，她却分别致国书于俄国、英国、日本三国君主，请他们出面“排难解纷”。紧接着，慈禧调两广总督李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，为与列强谈判做准备。尽管慈禧仍然利用义和团，但她在此之前已经下令，对那些“结党成群，肆意仇杀”的义和团成员按照土匪章程惩办。
随着战局的发展，天津于六月十八日失陷。六月二十一日，慈禧分别致国书于德皇和美、法两国总统，请求他们“设法维持，执牛耳以挽回时局”。同时，慈禧下令荣禄停止攻打使馆，并令总理衙门给各使馆送去食物。然而，联军并没有停止进攻的步伐。七月十八日，八国联军攻陷通州，二十日进入北京。
七月二十一日凌晨，慈禧在仓皇中装扮成民间妇女，带着光绪帝、皇后、瑾妃、大阿哥及王公大臣十二三人，在两千余名兵勇的护卫下出逃。在出逃前，慈禧下令将请求让光绪帝留京的珍妃投入乐寿堂后的井中，并指定奕匡和李鸿章为全权大臣与帝国主义进行谈判。
八月十四日，慈禧一行到达山西崞县，正式发布谕旨，将义和团视为肇祸之由，并表示“非痛加除不可”。她试图将责任推给义和团，以此换取侵略者的谅解。然而，各国使臣要求慈禧归政，并惩处支持义和团的王公大臣，同时要求慈禧和光绪帝早日回銮。在侵略者的压力下，慈禧于闰八月初二日发布上谕，惩处了载勋、溥静、载濂、载滢、载漪、载澜、英年、刚毅、赵舒翘等主战或支持义和团的大臣。但对于回銮一事，慈禧不愿意回到北京，因为这意味着光绪帝可能会恢复自由，行使皇帝的权力，而她则不能再干预国政。因此，慈禧不仅不回銮，反而继续向西行进，于闰八月初八日离开太原，前往西安。
经过几个月的反复交涉，参与武装侵略的国家增加了比利时、西班牙和荷兰，共同拟定了“议和大纲”十二条草案。十一月初一日，奕匡、李鸿章从美国使馆抄得这份“议和大纲”，立即电告军机处，转呈慈禧。慈禧得知没有将她列为祸首，也没有要求她归政光绪帝，如释重负，当天就电复奕匡、李鸿章，原则上同意“议和大纲”。
光绪二十六年十二月二十六日（1901年2月14日），慈禧发布上谕，表示要“量中华之物力，结与国之欢心”。为了尽快达成和议，慈禧接受了帝国主义的所有条件。光绪二十七年七月二十五日（1901年9月7日），奕匡、李鸿章代表清廷与十一个帝国主义国家签订了丧权辱国的《辛丑条约》。
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