第三季中额外引用了大世界观下的“灰色城镇”（其实是个小国），其特工队伍“零队”特地来此调查，不过并没有能成功打入核心，“他”也开始关注起了其小国的动向。
第三季上旬（众矢之的）结束，引出下文全面的开战（赤色洪潮）
赤色洪潮便是紫金帝国全面入侵的开始，在不同的世界，不同的时空，他们立下了一座座高塔。（就像是发一枚宇宙飞船去其他星球，只不过他们做的更多，能跨时空与世界。）高塔本身隐匿于世，本地人很多都拿这些没有办法，而紫金的野心也在此刻开始膨胀。远航虽说是去调查，但是不论怎么找都找不到，因为高塔落下后就会光学隐身。不过好在功夫不负有心人，其中的一座塔被发现了，他联合了当地的人们摧毁了这座。不过，谁又能说好未来呢？
暗线：这一季度没有剧场版，全篇都是直白的形式讲述经过，但是事实全是被隐藏的。同时，所有本季度章节（除最终章前），皆为两字章节名，多于两字的便是关键章节，讲述真实世界与虚拟的交互。
季度末端时，紫金的首领也不再隐藏，让其两人能真正的进入现实的世界，虽说是拟造的机器人，但其实就是戴在头上的脑部操控装置。这也是这一季度的核心，那座塔所发射的目的就是控制其他国度与时空。（可以想象成红警里面的心灵控制塔）
在现实中，他们其实是救了被关押在此的调查人员，而在拟造的现实中，他们找到了邬遐。大世界观中，深蓝帝国陨落（总统被控制）。后面他们与刘静宸的结束是很奇怪的，就像是不了了之一般，随着时间的推移，牛仔很奇怪的将其解决了，但是牛仔本身就不是什么大人物，所以这个漏洞应该很容易被发现。
剧情推入最后一个季度，合宿的夏季。
季度开始便说明了情况，一切演算都将结束，此刻世界中的人开始变得极为稀少（为了节省算力）。其实如果不缩减剧情，这是在远航三十岁发生的事情，但是缩减后的剧情也会在日后谈的剧场版出现，这里只是将故事主线与前一季度融合了。
此季度讲了远航为了备战众星杯做了决定，他们将住在一起一个夏季，天天训练和联系配合来迎接即将到来的比赛。但是故事现实与科幻参半，远航的思想一直将一切往现实拉，而演算的未来更偏向于异我世界。正如其中几个章节的名字：人造的未来/被规划的未来。可惜的是，星妍没有留到最后，因为AI自动默认星妍非必要，其他的两位：玥玥和剑客也逐渐远离。最后的比赛也只是他们三人完成的。
直到一切推演结束，算力达到了极限，远航也在此刻醒来，等待着他的是“他”给的选择：
重新开始生活/永驻于虚拟中
（伏笔回收：远航有复活币）
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