尽管战时大本营条例通过调解试图平息海军的不满，但甲午的胜利使得海军开始有了向陆军挑战、向正府抱怨的勇气，陆海对等的呼声在朝野上空不断响起。
在双方军事大臣的上奏下，天皇最终做出裁决，对战时大本营条例进行修改，规定参谋总长及海军军令部长为各自参谋之长，参与最高统帅部军事机密事务的处理，这一修改使得陆海军队在战时保持了相互独立、对等的地位，避免了双方之间的强制联合。
但是这种陆海二元制的形成，最终在当下数年中导致了日本军队在战场上发生了许多特殊事件！
由于日本在当下采用了陆海二元制，使得陆军和海军在战场上保持了相对独立的地位，这导致了一系列奇葩事件的发生，这种制度上的分割使得两个军种在策略、战术和协同作战方面存在明显的困难和不协调。
正如1938日本华北方面军调集军队进攻青市，同时日本海军也派遣了一个海运基地建设队前往青市，计划在那里建立一个陆军基地，以便于后续运输兵员和战略物资，然而尚未抵达建设队，海军就提前登陆青岛，迅速控制了青市境内的重要建筑和资源，并张贴了“海军管理”的标志。
这一行动导致日本陆军方面一路急行到达青岛后发现自己被排挤在外，海军已经将青市的军事物资和战略地点全部掌控！
因此双方就青市的归属权问题发生了争执，甚至闹到了东京大本营。
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