周四，战役模式《机动战士高达NT》迎来最终一战，但是却因为前置剧情的改变，导致最终战也与原着有些不同。
随着佐尔坦-亚卡年的阵亡，新吉恩号二号机强行控制了乔纳-巴修塔和NT高达，玩家们的任务也变成了全力保卫氦-3储藏基地。
这也导致玩家们展开了史诗级合作，大马士革号和金鬃马号直接停靠在了一起，毕竟无论是菲尼克斯还是新吉恩号二号机，都不是任何一方能轻易对抗的。
新吉恩号二号机和菲尼克斯一路打到了氦-3储藏基地。玩家们如临大敌，战斗也从双方交战变成了集体打boss。
第一波攻击直接由战舰发起，两艘战舰的主炮齐射，目标是新吉恩号二号机。直接逼出了新吉恩号二号机的i力场。然后就是一波导弹连射，新吉恩号二号机的6门肩部大型MEGA粒子加农炮开始扫射，直接将大量导弹扫爆。
爆炸的光逐渐笼罩了一大片区域，所有人都希望这一击能直接新吉恩号二号机干掉，但是这显然是不可能的事。
菲尼克斯似乎感应到了什么，机体开始出现规律的颤抖。NT-D系统解放，菲尼克斯浑身笼罩着蓝色的光芒，然后对着爆炸光区就是一发马格南光束。
马格南光束直接将爆炸的光区切开，举着盾牌新吉恩号二号机出现在众人面前，整个战场都充斥着叹气声。
新吉恩号二号机的精神感应框架也开启了，40枚有线制御式大型浮游炮对准了一众玩家。一台机体打算两支战舰发起攻击。这就是boss级别的机体的自信。
面对密密麻麻的大型浮游炮，安绒直接担任起了战场指挥官的角色，面对拥有i力场的新吉恩号二号机，安绒将机体大致分为两队，拥有实弹武装的机体负责消耗新吉恩号二号机的耐久。
其余机体则是尽全力消耗这数量庞大有线制御式大型浮游炮。玩家们刚分好队，新吉恩号二号机的攻击就来了。
有线制御式大型浮游炮，肩部大型MEGA粒子加农炮，大型高能MEGA粒子加农炮纷纷发射。新吉恩号二号机肆意宣泄着足以匹敌一支舰队的火力。
玩家们只能纷纷逃窜，两艘战舰也不得不让开位置。这也导致了新吉恩号二号机直接引爆了部分氦-3储藏罐，直接引起了大爆炸。
这时候菲尼克斯看不下去了，双臂交叉然后猛的一挥。两道绿色的精神感应冲击波交叉着飞向新吉恩号二号机。顿时新吉恩号二号机的40枚有线制御式大型浮游炮就失效了。
玩家们趁机插上，将40枚有线制御式大型浮游炮全部清理了。新吉恩号二号机的火力瞬间下降了一个档次。
但是boss就是boss，始终存留着杀招。无数六边形模块出现，精神感应传导矩阵再次出现。与第一次出现时的威压盖世，让所有人无计可施不同，这一回众人都有了准备，尤其是菲尼克斯，直接用背后的双翼划破了刚刚成型的精神感应传导矩阵。然后就到了集体给新吉恩号二号机拆除护甲的阶段了。
新吉恩号二号机虽然失去了众多强有力的武器，但是自身属性还是凌驾于其他机体之上的。新吉恩号二号机的反扑还是非常凶猛的。直到一发马格南光束，直接打穿了新吉恩号二号机的护甲，直接让新吉恩号二号机威势大减。
一台ARX-014S银弹·镇压者正在更换着手臂，这是巴纳吉的新座驾。由于巴纳吉钟爱马格南光束步枪，所以把只有搭载了精神感应框架才能使用的武器装在了这台银弹身上，还特意加装了手臂更换系统，让这台银弹能多次使用马格南光束步枪。而这台银弹，也被米妮瓦赐名镇压者。
巴纳吉一击打穿新吉恩号二号机，众人也把目标放在了解救乔纳-巴修塔身上。随着新吉恩号二号机的分解。对NT高达的掌控也逐渐变弱。
乔纳-巴修塔的意识也逐渐回归，NT高达逐渐与新吉恩号二号机分离。但是新吉恩号二号机依旧放出精神力引导线和副臂想要拉住NT高达。
玩家们纷纷上前拦截新吉恩号二号机的副臂，但是却被一拳一个打飞了出去。菲尼克斯飞过来切断了精神力引导线。然后挡住了新吉恩号二号机打来的一拳，这时候一个银色的身影飞过，然后一把将NT高达从新吉恩号二号机的控制中拉了出来。
失去掌控的新吉恩号二号机开始暴走，整个机体直接撞向氦-3储藏基地。玩家们也开始集中火力，消耗新吉恩号二号机。
随着攻击的落下，新吉恩号二号机逐渐开始解体，机体各处的光芒也不在了。只剩下背后的两个狂飙推进器在运作。
这个时候两支战舰横在了新吉恩号二号机和氦-3储藏基地之间，想用战舰的舰体阻挡新吉恩号二号机。
哪怕是所有人火力全开，但还是阻挡不了新吉恩号二号机的庞大身躯，哪怕被打的支离破碎仍有一部分残片飞向氦-3储藏基地。
现在的氦-3储藏基地已经经历了一次爆炸，稍有碰撞就会引起连锁爆炸。众人都已经无计可施了，这时候一个类似于鸟鸣的声音从菲尼克斯机体里发出。
自打巴纳吉救出了乔纳-巴修塔之后，菲尼克斯就一直呼唤着乔纳-巴修塔。巴纳吉对这种情况再熟悉不过了。巴纳吉示意巴修塔去勇敢面对。
于是乔纳-巴修塔坐上了RX-0独角兽高达3号机·菲尼克斯，菲尼克斯直接觉醒，乔纳-巴修塔释放了自己和莉塔的精神能量。这股强大的能量直接将新吉恩号二号机吹飞。
氦-3储藏基地的危机解除，乔纳-巴修塔也被菲尼克斯从驾驶舱里吐了出来。正好被巴纳吉接到。
众人将新吉恩号二号机彻底破坏后再次把视线放在了菲尼克斯身上，菲尼克斯直接冲天而起，化作一道流光再次消失在众人的视野里。
自此战役模式结束，也给大家留下了很多未解之谜。比如得不到能源补给的菲尼克斯是如何一直飞翔在宇宙的。
NT高达为什么能和新吉恩号二号机结合使用。
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