这个潜在的问题想要彻底根除是根本不可能的，但是减少因为派系造成的内耗而导致过大的损失发生，这还是可以做到的。只不过，现在还不是时间，所以陈文决定暂且不动声色。
除了这个问题，在南塘营强渡灵溪直到现在，陈文重新审视了他设计的那个锯齿阵，发现了其中存在着致命的问题，那就是一旦士卒损失过大，阵型根本没有自我恢复的能力。而阵型遭到了破坏，就意味着军队即将崩溃。
这个问题在强渡灵溪时表现得并不是很明显，主要是因为明军身处死地，一旦战败士卒们几乎很难活着逃离战场，还有就是地形的口子被明军扼守，督标营无法发挥兵力优势。这些对于清军来说并非没有办法解决，因为双方的兵力差距实在不小，车轮战完全可以把得不到替换的明军步兵拖垮。
若非李瑞鑫灵机一动的抽调了两门佛郎机炮加速了清军的崩溃，使其没有机会进行轮换的话，最终取得胜利的很可能是清军的督标营而非明军的南塘营。
之所以会出现这种问题主要还是因为他太过于迷信灵活的鸳鸯阵，却忽视了清军的应对。当下面对浙江清军，他的军阵缺乏的是厚重和密集，鸳鸯阵在局部密集方面很好，但是由于强调灵活的关系，厚重就显得不足了。
戚继光的办法是用车炮营来构建起临时的“城墙”，依仗火器来打散对手的军阵，再以骑兵和步兵突击，但是陈文面对的清军拥有大量的火炮，在坦克出现前，最好的办法还是依仗工事和士兵坚定的意志来进行防御、进攻，所以军阵就必须厚重起来，尤其是阵型的中部。而他则是在组建长枪阵杀手队的同时并没有发挥出其厚重的特长，还是过分依靠灵活的鸳鸯阵杀手队和火器队发起进攻，所以才会导致了现在两边都无法达成效果的尴尬处境。
既然如此，陈文打算将战兵营进行重新整编，所有长枪阵杀手队统一编入各营的第一局和第二局，鸳鸯阵杀手队则统一编入第三局和第四局。列阵时以厚重的长枪阵杀手队坐镇中军，灵活的鸳鸯阵杀手队扼守侧后，同时作为预备队存在，交战时按照情况通过变阵来进行调动，想来应该比现在有些不伦不类的锯齿阵要强。
阵法的修改，需要时间和训练进行磨合、适应，必须立刻开始改编。既然清军暂时避战，原本只对义乌营进行改编的陈文决定利用这段时间来分批次进行改编，其中各站兵营还要轮换回返金华府。除了补充外，那里还有更重要的事情需要战兵营的军官士卒们参与其间。
巡视了数日，陈文便回到了金华府城，而第一批轮换的部队则按照负责参谋们设计的时间表的安排进行。
没过数日，陈文便再度回到了府城，很是出乎金华府官吏士绅们的意料，不过听闻了清军暂时撤军的消息，一个个在稍微震惊了片刻后就连忙前来恭维陈文“虎威”震慑敌胆，陈锦摄于陈文之威连对战的勇气都没有。更有甚者还一口咬定别说是陈锦了，就算是金砺来了也是一样，不过却还是没人敢说满八旗军会害怕陈文，毕竟大伙都是文化人，拍马屁也要懂得分寸的说。
只不过，陈文对于这些恭维连给个耳朵的兴趣也没有。回到了府城，陈文便急匆匆的赶去军工司的作坊。
所谓军工司，就是原来的军器司，更遥远的大兰山营造司。陈文在平定叛乱后，军器司的文官小吏被清洗一空，工匠们迎来了新一批的领导，在得到陈文的许可后也把牌子换成了军工司，为的是和那些叛逆划清界限。
现在的军工司和曾经的军器司有着很大的区别，军器司改编自营造司，只是加入了一些俞国望带来的以及在金华府招募的工匠而已。相比之下，新的军工司中主要的行政官员换成了在叛乱中倾向于陈文的一些文官，同时再辅以几个识字的伤残军官进行监督，另外还挑选了几个手艺高明的工匠在各大作坊充当主管文官的副手，改变了原本的那种文官处于绝对领导地位的体制。
文官的权利受到限制，按照明朝的现实，遭受文官集团的抵制和反对几乎是必然会发生的。可是叛乱刚刚得到平息的当下，文官中职务最高的孙钰与陈文早有默契，下面的人面对提刑官们的屠刀也不敢跳出来触陈文的霉头，所以改革就这么无声无息的开始了。
当然，军工部门的问题不仅仅是体制，陈文在平定叛乱后通过和工匠以及士卒们的畅谈中也发现了一些其他的问题。
军工司的主要工作是制造军器，这是毋庸置疑的。但是现在军器司的工匠们还是老一套的手工打造，工匠们也都是匠户，若非大兰山的文官们在他们的老上司王翊、王江的监督中成长起来，还远没有堕落到明末工部衙门那般死猪不怕开水烫，估计陈文早就发飙了，也轮不到他们有机会附逆。
匠户制度是明朝自洪武朝就开始的，陈文利用募兵制和卫所制中间存在漏洞建立了金华镇和金华卫，将军户制度进行了有限的调整，但是直接改革匠户制度，他暂时还没有想好如何改良，所以改革的侧重点便在于提高工匠的工资待遇方面，这是曾经在现代做过销售的他所能够理解的。
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