王基认为：“毋丘俭等军队完全可以长驱直入，但其仍不进军，说明已露出诈伪的马脚，民众之心有所疑。我们这时候不赶紧声张威势，满足百姓的愿望，反而停军不前，修筑高垒，无异于显示我们的怯懦，这决不合用兵的道理。如果他们抢劫民众，并把各州郡兵士家属也抓来，则我们更丧失民心。为毋丘俭所威胁的人，觉得自己罪责深重，不敢再逃出。这里是乌合之众聚集之地，士兵并无战斗力，却可能成为奸宄之辈得势的温床。如果东吴军队趁机出兵，那淮南大片国土就该被敌人占据了。此后，谯、沛、汝、豫等地就日益危险，这是最大的失策。应快速占据南顿，南顿有大粮仓，足够军队吃上四十天的。驻守南顿坚城，借助大粮仓供应，造成先声夺人的气势，这是平定叛贼的首要措施。”王基反复请战，朝廷才让他占据濦水。抵达后，王基又上书说：“兵贵神速，不能拖延。而今外有强敌，内有叛臣，如果再不当机立断，将来后果就难以预知了。很多人认为指挥军队应持重一些。持重当然应该，但是停军不进就错了。持重决不是指按兵不动呵！如果能进军，就不可战胜。而今占据城关，壁垒森严，那边积蓄的粮食提供给敌人，而我们却要远道运粮，这是大错的呵！”
司马师想等各路军队到齐后再发兵，还是不听王基的劝谏。王基又说：“将军在外，君主的命令可以不接受。敌人得城，敌人得利。我得城，对我有利。这才叫争城，进军南顿城！”于是挥师占据南顿。毋丘俭等从项地发兵也想争夺南顿，走了十来里，听说王基已捷足先登，只好退回项地，当时兖州刺史邓艾屯兵乐嘉，毋丘俭派文钦率兵袭击邓艾。王基知道他们已分散了兵力，就率兵攻项地，毋丘俭失败。淮南二叛平定后，王基任镇南将军、都督豫州诸军事，领豫州刺史，晋封安乐乡侯。他上疏要求分自己的封邑二百户给叔父王翁的儿子王乔，并求赐王乔关内侯，用来报答王翁的养育之恩。朝廷特许。
甘露二年（257年），征东大将军诸葛诞在淮南起兵反司马氏。王基以豫州刺史身份行镇东将军，都督扬州、豫州军事。当时大军在项地，认为淮南军精良，让王基驻军修垒。王基反复上书请求讨伐。
这时，孙吴派大将朱异来援救诸葛诞，驻军安城。王基奉诏要他率军转移占据北山。王基对诸位将领说：“而今城垒已经很坚固了，兵马也都聚集在此，只须精修守备，等待敌人就是了，如果再移兵戍守险地，会使兵马处于涣散状态。再聪明的人也不能收拾这个局面了。”于是在适当的时候又上疏说：“今天我们与敌人对峙，应岿然不动，如果转移坚守险要之地则人心动摇，破坏既成的局势。各路军队各自据守深沟高垒，人心安定，不能动摇，这是统领军队的基本要领。”朝廷同意。
大将军司马昭屯兵丘头，分部围守，各有所统。王基都督城东城南二十六军，司马昭命军吏深入镇南将军部界，传令不得出兵。城中粮食吃尽，敌人昼夜攻垒，王基据城死守。进而择机反击，大破淮南军。
甘露三年（258年），魏军攻下寿春后，司马昭写信给王基说：“当初议者云云，要求移兵的人极多。当时我没有临阵，也听信他们的议论。将军阁下深算利害，意志坚定，奋力顶住众将压力，以至上违诏命；终于战胜敌人。古人所叙述的战事，也没有超过这次战事的。”司马昭想派将领率精锐部队深入战区，招迎唐咨子弟，乘此机会可以造成颠覆东吴的局势。王基劝谏说：“以前诸葛恪乘着东关的胜利，调动江左的兵力，包围新城。城没有攻下来，自己却死伤过半。姜维借洮上胜利之势，轻兵深入，军粮供应不上，结果大军在上络覆没。每当取胜之后，官兵上上下下轻敌。轻敌则考虑困难不深入。而今敌人刚刚在外吃了败仗。内患又未平息。因此，目前他们正戒备森严。再说，连年作战，人有归家之志。今俘获十万降兵，又杀了诸葛诞这个罪人，自从汉末有战事以来，还没有如今天这样大获全胜的局面呢！武皇帝（曹操）在官渡大败袁绍，自以为创下的收获已多，不再追剿，是怕受挫败。”司马昭听后于是罢兵。因为淮南地区刚刚平定，朝廷命王基为征东将军，都督扬州诸军事，晋封东武侯。王基上疏辞让，把功劳归给参谋和辅佐的下属。于是长史、司马等七人都得以封侯。
同年，王基的母亲去世。朝廷下诏对丧事保密，把王基的父亲王豹的遗骨迁到洛阳与王基的母亲合葬，追赠王豹为北海太守。
识破阴谋
甘露四年（259年），王基调任征南将军，都督荆州诸军事。
景元元年（260年），常贵乡公曹奂即位，为王基增加食邑千户，加上以前的一共五千七百户。
景元二年（261年），襄阳太守上表说吴贼邓由要求投降。王基接受命令，要在此时出兵东吴。王基怀疑其中有诈，于是派驿使快速向朝廷陈述情状，又说：“嘉平以来，内乱不断。当务之急，是如何使国家安定，百姓安宁，不应轻易兴师动众，向外族求取好处。”司马昭回信说：“和我共事的人，多是曲意逢迎，很少有人能与我明白地讲述事实真相。阁下诚感忠爱，常常有所规劝，就照着您所说的办理。”后来，邓由果然没有来投降。
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