两军战至日暮时分，佐渡一向一揆众彻底崩溃，被讨取达两千余人，其中在高立川之中溺死的更是不可胜数。先前主动投降佐渡一向一揆众的白井义延、井田寻直、南条隆景、山口光行、小泊元道、柳生则连等人见势不妙后皆选择了向越后上杉军投降，并希望复归羽茂本间家。然而上杉政虎却并不打算留着他们，直接以不忠不义为由勒令他们于国府川边切腹自尽，之后更是将他们的领地全部没收。其族人则是免除一死，全部分别发配至大须银山、鹤子银山、三川砂金山、相川金山等地充当矿工。
佐渡一向一揆众积尸数里，所搜刮佐渡三郡各地的粮草辎重、金银、军械等更是尽被丢弃在国分寺之中。下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人身旁仅剩下五十余骑。四面八方依然被越后上杉军重重包围着。眼看着己方已经大败，根本无法挽回战局，更不知还有何逃生之路。
忽然，下尾佐渡守决定率残部直捣密集如云的敌阵，竟然成功的杀出了越后上杉军所设下的重重包围。然而，下尾佐渡守、高阶师家、本间资久等人麾下幸存下来的二十余骑，无不浑身伤痕累累，惨不忍睹。但是，他们至中泽田川又被八条景定麾下的左控鹤军骑马武士所追及，一向一揆众再次大败。高阶师家、本间资久等人皆被八条景定所部先后讨取。
最后，下尾佐渡守更是孤身一人突围而走，他就只能继续向北不停的逃窜，打算逃往杂太郡北方的金北山藏匿，就此放弃了先前苦心设防的国分寺一带。
越后上杉军更是一路追击佐渡一向一揆众溃兵直至杂太城下，此战更是极大打击了本间总领家、久知本间家和佐渡一向一揆众的锐气。
据守在杂太城的本间泰高听闻高立川一战后佐渡一向一揆众全军覆没以及越后上杉军大军兵临城下消息后，惊惧不已，自知无法抵御上万越后上杉军袭来的他就只能急忙询问已经退隐数年的其父本间有泰（佐渡本间四天王之一）该如何应对。
而已经隐居多年的本间有泰此时此刻也想不出什么更好的办法来挽救大厦将倾的本间总领家，便只能选择带着本间总领家一族上下剃发并开城向越后上杉军投降。
本间有泰毕竟曾经与羽茂高季（本间高季，本间高信之父，佐渡本间四天王之一）一同收留过上杉政虎之父长尾为景，并且资助过一部分军势、钱粮、船只，让长尾为景东山再起。鉴于这样的情形，上杉政虎便不能对本间总领家处罚过重，只能免除本间总领家家中主战派本间泰高等人一死。但是，本间总领家位于杂太郡的四千六百石领地则是被越后上杉家尽数没收，其一门郎党也全部流放至越中新川郡，由庄田定贤、椎名景直（长尾景直，椎名康胤养子）等人负责看管。
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