1647年正月，朱以海在长垣誓师，在誓师会上，他向各路大军表明了“王业不偏安”的决心。朝政军队初步整顿就绪后，朱以海即着手收复失地，短短半年内，福建多个府县相继收复。七月，朱以海亲征，他广发檄文，号召各地绅民起事，共创大业。“解放区”不断扩大，建宁府以及建阳、崇安、松溪、政和、寿宁、连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地均被收复。同年十月，福宁州也被明军攻克，清朝在福建的统治陷入崩溃的边缘。
原隆武朝大学士朱继祚从北京回到原籍福建兴化，接受朱以海重任，在兴化城内号召起义，兴化总兵张应元被打得措手不及，带着残兵败卒乘夜逃跑。
往往在形势一片大好之时，内讧又开始了，郑彩想架空朱以海，进而取得实际大权。无缘无故击杀大学士熊汝霖，义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，指责郑彩说：“杀忠臣以断股肱，我活着还有什么用？”说罢就要跳河，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。
郑彩为什么要这样做，那是有原因的，前面说道形势一片大好，在这时大学士熊汝霖开始发号施令起来了，按着朝廷的架子行事了，美其名为，朝廷自有法度，凡事全部要经过朝廷同意，也就是说要先报给我等，有我们这些文官在朝堂议事即可，文贵武贱，日久渐渐生出许多龌鹾，可是郑彩就是一海盗，上了岸还是海盗，跟海盗讲法度，不就是对牛弹琴吗？结果可想而知，最后钱肃乐也有这毛病，不吐血才怪。
其间郑彩还跟郑成功双方火并，显然朱以海是待不住了， 赴厦门依靠郑成功。郑成功原为隆武政权的坚决支持者，不满朱以海大敌当前还与隆武帝自相残杀，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，还是以礼相待，安排他居住于金门。 由于郑成功与朱以海之间有所冲突，朱以海便自去监国称号，以张肯堂为大学士，由旧臣王忠孝、沈佺期等人照顾，决定回舟山。
在杭州的王德发得到消息后，既然朱以海去了监国称号回来，那就住在舟山吧，起码不用担惊受怕，目前蒋季就在宁波北仑港组建水师，在舟山驻有海军，就密令蒋季，把朱以海看管起来，这种人最会作幺蛾子，挡不住别有用心之人怂恿，再来一个拥立，又是一地鸡毛。
果然，张煌言听说朱以海回归舟山，就劝说王德发“拥立”，这一次王德发真的冒火了，被气的冷笑连连，王德发没少给张煌言讲过“拥立”之事，从朱由崧、朱聿键、朱聿鐭、朱由榔、难道接下去是朱以海吗？明朝已亡，为什么要去“拥立”？难道建立自己想要的政权不好吗？
王德发说道：“玄着啊，想听听我们对你的评价吗？这几年从朱由崧起，最杰出的政治家有两位，一位是堵胤锡，另一位是你。堵胤锡在永历朝廷中一直遭到何腾蛟、瞿式耜等人的排挤，无法展布他的雄才大略，终于赍志以殁；而你偏处浙江、福建海隅，得不到实力派郑成功的支持，也跟黎城理念不一，空怀报国之志。历史上常说“何代无才”，治世不能“借才于异代”，就南明而言又何尝不是如此。在史书上，人们习惯于把史可法、何腾蛟、瞿式耜列为南明最堪称赞的政治家，其实，他们不过是二、三流的人物，就政治眼光和魄力而言根本不能同堵胤锡、还有玄着相提并论，这就是当前对你的评价。”
最后王德发说了句重话：如果谁想害死他，就去“拥立”他吧。
张煌言听后脸色煞白，踉跄地出门，不日返归宁波鄞县老家而去。
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