氰化物拥有令人生畏的毒性，然而它们绝非化学家的创造，恰恰相反，它们广泛存在于自然界，尤其是生物界。氰化物可由某些细菌，真菌或藻类制造，并存在于相当多的食物与植物中。在植物中，氰化物通常与糖分子结合，并以含氰糖苷(cyanogenicglycoside)形式存在。比如，木薯中就含有含氰糖苷，在食用前必须设法将其除去（通常靠持续沸煮）。水果的核中通常含有氰化物或含氰糖苷。如杏仁中含有的苦杏仁苷，就是一种含氰糖苷，故食用杏仁前通常用温水浸泡以去毒。
人类的活动也导致氰化物的形成。汽车尾气和香烟的烟雾中都含有氰化氢，燃烧某些塑料和羊毛也会产生氰化氢。
在发现HCN也存在于宇宙空间中的同时，据SMiller实验指出它是通过放电从甲烷、氨、水生成氨基酸时的中间产物，因此认为它是生物以前的有机物生成中的重要中间产物。实际上，通过以氨和水溶液加热而生成腺嘌呤，虽HCN在生物体内的存在并不多，但它可经苦杏仁苷酶水解而生成，能和金属原子形成非常好的络合物，因此易和金属蛋白质结合，常常显着地抑制金属蛋白质的机能，尤其是对细胞色素C氧化酶，即使10-4M浓度，也会强烈地抑制，因而使呼吸停止。在高浓度时，和磷酸吡哆醛等的羰基结合，对以磷酸吡哆醛为辅酶的酶的作用可抑制。还因作用于二硫键，使之还原（-S-S-+HCN→-SH+NC-S），所以也能抑制木瓜蛋白酶（papain）的活性。
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