有个魔法少女肖美燕在化身杀毒软件杀毒的时候，无意间让身为魔女午夜圣殿的分散的字符数据进入了同样身为网络数据的魔法少女的身体里，让这位魔法少女拥有了魔女化的能力。
而魔女化之后的这位魔法少女还短暂的保留着自己身为人类的理智，在与魔女午夜圣殿的战斗中，居然吸收了魔女的数据，险些彻底变成了第二个最终魔女。
林慕媛在危机时刻召集了所有的魔法少女们，将肖美燕身体里的最终魔女的数据都给分离了出来并且分散开来到了所有的魔法少女的身体里。
自此之后，所有的魔法少女都知道拥有了魔女化的能力，并且每消灭一个魔女，都会吸收掉这个魔女。
林慕媛必须要不停的增加新的魔法少女来平衡不停新出现的魔女
终于时间来到了2130年。
第一个由可魔女化的男性魔法少女辛优卓和可魔女化的女性魔法少女游紫茜的孩子出生了。
他就是我们的主角，辛依。
辛依虽然是男孩子，但是个男生女相的可爱的蓝孩纸。
他天生就是个魔法少女，天生就拥有魔女化。他在他婴儿时期完全不能控制的时候，频繁的魔女化造成了很多麻烦，虽然最后都解决了，但辛依也被彻底封印了起来，作为一个普通的男生女相的蓝孩纸来生活。辛依他自己完全不知道，因为辛依的父母以及林慕媛完全把他保护了起来，主角辛依是林慕媛的重要研究和保护的对象，直到辛依16岁生日。
林慕媛变成了和辛依同岁的少女，成为了与辛依同在一所学校的校花。
某天放学路上，一只丘比找上了辛依。
……
“结局呢？”辛依看完了这一大段，立刻就问道，“你这根本就是没写完吧~~”
“下一个~~下一个文件！”
……
（一）：开局：
辛依变身魔法少女，进入网络中除掉网络中作恶的魔女，为了就是把校花追到手，在网络中真的变成魔法少女也愿意。
（二）：发展：
辛依逐渐的升级，获得新的能力，不停的在游戏中和各个其他的无限流世界里消灭魔女分散的数据，逐渐的到了60级瓶颈。而魔女午夜圣殿却似乎拥有无数条命，怎么也死不了，甚至于辛依都见不到魔女午夜圣殿的真身。辛依逐渐的感到了沮丧，但是为了把校花林慕媛追到手，辛依继续努力。
（三）：转折：
校花林慕媛被魔女午夜圣殿掳走了，辛依为了救校花林慕媛，顺着林慕媛留下的踪迹找到了魔女午夜圣殿的真身。辛依得知了校花就是丘比，并且知道了丘比和魔女午夜圣殿的性命是相连的，杀死魔女午夜圣殿，丘比也会死，并且杀死魔女午夜圣殿的魔法少女也会继承丘比的力量成为新的丘比，无尽的循环下去，唯有打破宿命。辛依得知丘比林慕媛一直都在研究一个真正的办法，魔法少女魔女化，但是魔女化之后即使除掉了魔女午夜圣殿，也有可能变成新的魔女。
（四）：高潮：
我早就知道辛依那小子喜欢我，但是我是丘比，注定和辛依他无缘，我又怎么可能回应他的告白了。
我知道媛姐姐是丘比变得，可那又如何，我就是喜欢，为了媛姐姐，我无论如何也会苦练魔女化。万一，万一我失败了，媛姐姐杀了我，也比我杀了魔女午夜圣殿，从而间接杀死媛姐姐然后我再接替媛姐姐成为新的丘比要好。
（林慕媛的心感动了）呵呵，傻小子，傻小子，姐姐看着你出生，看着你长大，姐姐怎么可能舍得杀掉你。
那我失败了怎么办？
不知道，但姐姐无论什么时候都和你在一起陪着你。
……
随着从魔女午夜圣殿的身上吸收的魔力越来越多，林慕媛惊讶的注意到了魔女午夜圣殿开始有了人类的智慧。
同时，圣杯午夜也在这个时候冒了出来，绝对的理智中，隐藏着的最初的愿望，让午夜圣杯告诉了林慕媛真正的真相，魔女午夜圣殿被从根源上吸收走了全部的魔力，就有可能恢复人类身份，1000年的恩怨就有可能彻底终结。
同时林慕媛也从圣杯午夜的身上得知另一个真相，那就是2100年的时候，魔女午夜圣殿是被圣杯午夜亲自放出来的，因为圣杯午夜的绝对理智，他在发现丘比林慕媛不想积极工作，而且情绪非常的消极，并且多次封印松动而不管不顾，根据理智的分析，发现是因为徐媛媛把丘比的故事搬上了电视，让人们开始反感丘比，林慕媛的召集魔法少女的工作进行的极其缓慢，最后干脆放弃了召集新的魔法少女，圣杯午夜的绝对理智开始分析解决办法，那就是让魔女午夜圣殿进入网络中，那么林慕媛就可以自己独自一人战斗了，之后魔女午夜圣殿消失，也是圣杯午夜把魔女午夜圣殿临时禁锢在了网络的某处，之后等林慕媛做好了准备，才把魔女午夜圣殿放出来。
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