希达发现了巴鲁的房里有一张“天空之城拉普达”的照片。这是巴鲁的父亲冒着生命的危险历尽艰险才拍到的真正的天空之城，但除了巴鲁之外，没有人相信他。于是父亲在郁郁寡欢中去世了。巴鲁发誓，一定要向他人证实，世上真的有天空之城存在！
嗅觉灵敏的海盗很快就找上门来了。
希达与巴鲁开始逃跑，在众人的帮助下，希达与巴鲁本来是成功的逃脱了海盗的追捕，却遇到了军人的围追堵截。
原来最开始囚禁希达的飞行船是军方。
最后二人在军方和海岛的双重抓捕下，一起掉入万丈深的矿井，希达戴的飞行石又一次发光，令他二人安全飘落。
矿井中，飞行石和井下的矿石发生共鸣，原来这里曾是开采飞行石原料的地方，但提炼飞行石的技术，传说只有拉普达人才掌握着。
二人在一个矿井底部的好心老矿工的带领下离开矿井。
但是刚出矿井，就被军队的人抓住了，希达和巴鲁被带往军方要塞。军方里面分成了两个阵营，一个将军阵营，一个穆斯卡阵营。
巴鲁被关了起来，而希达被一个叫穆斯卡的人带着看到了一个巨大的机器人，说是从天空之城掉下来的，凭当时的科技无法令它再启动，只有达普拉皇族的人才能将它启动。同时这个穆斯卡还告诉希达，希达就是达普拉皇族。
希达答应了穆斯卡，把巴鲁放走就启动巨大机器人。
巴鲁离开了，却被海盗给抓住了。海盗的头目就是一开始提到的那个老婆婆，老婆婆也是个有故事的人，老婆婆给巴鲁上了一课。
周围老婆婆颇有些手段，破译了军方的电报，得知了军方的行动。
巴鲁被老婆婆的话所触动，和海盗老婆婆结盟营救希达。
当天晚上，希达念起祖辈所流传的寻求帮助的咒语，飞行石发出光茫，令机器人再次活起来，整个要塞变成火的海洋。
机器人为了保护希达，自己被无数的炮火打成了碎片。
巴鲁趁乱和海盗达成联盟飞入军方要塞救出了希达。匆忙中被救了出去的希达丢失了飞行石，而穆斯卡得到了宝石，命军队按照宝石上圣光的指引，飞向天空之城。
另一方，海盗老婆婆从希达的描述中算出了天空之城的方位，带着希达二人乘海盗飞艇全速前进！
半路上海盗飞行船和军方飞行船相遇，差点被打沉。无奈希达和巴鲁只能以风筝的形式坐在一个飞行器上飘在云层上空，被海盗飞行船藏在云层里托着飞行器。
即将到达之时，忽然前方出现龙卷风，在龙卷风中又和和军方的飞行船狭路相逢，交战中巴鲁和希达的飞行器被卷入龙卷风里，二人失去了意识。
二人重新清醒过来的时候，发现他们已经来到了天空之城达普拉。
这儿是寂静的天堂，只有机器人值守的空中都市，植物和远古生物的家园。
另一方面军方抓住了海盗们，也来到了拉普达。
希达和巴鲁想要营救海盗，却是被军方抓走了希达。巴鲁一方面偷偷的救了出来海盗们，从海盗老婆婆的裙子底下得到了武器枪。
军方里面的穆斯卡离开将军的指挥单独行动，他迫使希达和他一起进入中央控制室，启动黑石碑上的文字，即将开始他称霸世界的野心。穆斯卡首先要做的就是除掉所有的军方成员。
巴鲁拿着从海岛老婆婆那里得到的枪，找到了希达，抢回飞行石，为了阻止穆斯卡，她和巴鲁一起念起毁灭一切的咒语。拉普达解体，邪恶的人和助纣为虐的武器系统一同化为大气层的火球坠入海中，而使拉普达的核心生命巨树借助漂在空中的巨大飞行石结晶，上升到天空的尽头。
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