这些思想动摇的人纷纷背叛起义之后，首先弗兰科尼亚等地区的起义就被逐个镇压了下去，这一过程极为的血腥残忍，但这原本就是一个胜者为王的世界，输掉的人绝对就是错的，这才是我们这个世界至高的真理。最终闵采尔率领着被杀到只剩下八千多名的起义军，于一五二五年的五月份在缪尔豪森和封建主的五万大军展开了最后的决战。
面对兵力处于绝对优势的敌人，闵采尔毫不畏惧，率领着起义军一马当先的向敌人冲去。可是由于这个时候的起义军没有经过系统的训练，武器也非常落后，最后是寡不敌众，败于敌军。闵采尔被俘之后被处以极刑，起义至此宣告失败！人人平等的世界真理，战败了！至少这次就是这样的。
但是德意志农民的起义，这是从根本上动摇了天主教在德意志的统治地位，又是促进了整个欧洲宗教改革和文艺复兴运动的深入发展，推动了社会的前进。虽然这是以无数平民们的生命换来的，虽然最终还是失败了，虽然他们现在又再一次过上了食不果腹、衣不遮体的生活。
我们以上也了解了教会在这个时期，已经从根本性质被动摇，那么接下来我们就要看看目前教会内部的一些情况，看看这个时期的教会，在这种到处是农民起义的情况中，是要以暴力继续屠杀，进行暴力管理，还是采用别的手段呢？
加尔文，他是日内瓦的教皇。加尔文是出生于一五零九年，死于一五六四年。他是出生在法国北部皮卡迪的努瓦容，他的父亲曾经任命过主教的秘书，也是一座小教堂的辩护，颇有名望。他的母亲是一个旅店店主的女儿，不幸早逝。继母作风严厉，根据资料来说，继母的作风对于加尔文的忧郁个性形成有着很大的影响。
一五二八年，加尔文顺从他父亲的意思，进入了奥尔良大学学习法律。他的父亲是想让加尔文以后做个辩护行业，这样就可以养家糊口，而且也是一份非常体面的工作。但是加尔文这个时候却迷恋上了神学，受到了路德宗思想的吸引。一五三一年他的父亲去世之后，他这才拥有了自由，所以决定去巴黎大学专攻神学。而且加尔文如此想了，也是如此做了，所以他在巴黎研究了希腊文、希伯来文和拉丁文《圣经》，要求按照古代基督教的面貌改造罗马教会，这就导致加尔文逐渐倾向于宗教改革，因为加尔文他这个时候也看到了教会的真实世界。而为了这个梦想，到了一五三四年，加尔文成为了路德宗教的教徒。
由于加尔文他主张改革教会，所以这就变相的试图在损坏教会和高层的利益，故此遭受到巴黎高层的迫害，加尔文在一五三四年十月，因为害怕高层将他自己杀死，所以就逃到了瑞士的巴塞尔，化名为卡纽斯，继续研究路德宗的着作和《圣经》。到了一五三六年，他的《基督教要义》出版，此书出版的时候仅仅只有六章，到了一五五九年最后修订版时候达到了八十章，这是加尔文毕生研究新教和在日内瓦从事宗教政治活动的全面总结。
所以这本书成为了这个宗教改革时期中影响最大的百科全书。至此我们详细了解，一五三六年，加尔文的足迹遍延伸到了日内瓦，现在我们说个后话，其实这里就成为了加尔文之后进行宗教改革的大本营。
围绕着加尔文的思想，因为加尔文的思想是认为教皇是错的，目前基督教的教义也是错的，都是高层的人和教皇以上帝的名义进行的胡编乱造，所以很多人开始觉得加尔文的思想是正确的，所以这逐渐就形成了一个新的教会，加尔文教。
而且加尔文也是主张的信仰得救，还主张简化教会的组织，更是规定教职人员只能从教徒中进行民主的选举产生，从而就彻底的改革了教会组织。在加尔文教里，长老的地位是十分突出的，被称为是宗教改革的警察，因此加尔文教也称为长老会。一五四一年重回日内瓦后，加尔文这就开始了他自己的改革。
加尔文是首先将他自己的教会从罗马教皇制约下解脱了出来，就是宣布他的教会是独立的，不接受任何外来势力的操控，这就导致不再受制于罗马教皇，也不再受制于诸侯。由长老、市议员和市政官等等，组成的宗教法庭成为了日内瓦最高的行政机构。
加尔文他自己本人虽然不是宗教法庭的正式成员，但他也会经常出席法庭例会，是法庭的实际负责人。以此为基础，日内瓦这就发生了根本性的改变，成为了一个政教合一的神权共和国，国家的法律和宗教的纪律成为了约束人们的两条准绳，加尔文这个时候也成为了日内瓦高高在上的主宰。其实这个不是很难理解的，因为目前整个日内瓦根本不听罗马教皇的，更是教会和行政机构是一体，所以整个日内瓦发生了改变这是必然的。
至此在加尔文的这种改革之下，不论是城内的教会，还是行政高层都要拜服在他的法杖之下。日内瓦一下子成为了新教的罗马，而加尔文也成为了日内瓦的教皇。到了一五四零年，加尔文和一位穷寡妇意勒蕾结婚，生育有一子，但没有成年就夭亡了。一五四九年，意勒蕾也死了，此后加尔文就没有再娶。
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