一个常见的说法是，洪述祖知道妖魔化国民党要人的方法行不通后，便于三月六日密电应桂馨，暗示他对宋教仁“乘机下手”。十三日更以“毁宋酬勋位”为诱饵，嗾使应桂馨杀害宋教仁。应桂馨欲以低价收购国债作为报酬，洪述祖则回应“债票特别准”。
应桂馨得到承诺后，收买凶手武士英，于一九一三年三月二十日制造了宋教仁案。三月二十四日，应桂馨在迎春坊妓女李桂玉家中被英捕房逮捕。在审判期间百般抵赖，至七月二次革命爆发之际，他趁乱越狱，藏身青岛德国租界。
据称，二次革命遭镇压、袁世凯就任正式大总统后，应桂馨致电政.府，称自己杀“贼”有功，请求平冤昭雪。袁世凯政.府并无反应，他便亲自入京邀赏。在北京期间，每晚在八大胡同纵情声色。
一九一四年一月十七日，应桂馨在嫖娼并吸大烟时遇到军警查拿。军警不知他为应桂馨，他却高声对军警说：“我乃民国首功，又杀宋教仁之功首，现在政.府将予我上将，并酬勋位及国库证券百万，今我逸兴遄发，乐此以消永夕，于汝何事？”遂将军警轰走。
两天后的一月十九日下午，应桂馨就在津京快车上遇刺身亡，主使者一般认为是袁世凯。
对于涉及到自己的电报，赵秉钧辩称：“程都督、应民政长宣布宋案证据，其涉及秉钧者，惟手书两件，然一为发给密码，一为请领津贴，均属因公”。
宋教仁案的另一个重要嫌犯是国府的内务部秘书洪述祖。
洪述祖，原名洪熙，字荫之，号观川居士，出生于江苏常州一个名门望族之家。他的先祖是清代赫赫有名的大文豪洪亮吉。其名述祖，有继先祖功业之意。不过，洪述祖一生行迹与乃祖之行，南辕北辙。
洪述祖九个月大时，太平军攻陷常州，其父洪彦先死于巷战，家属十七人投河。唯洪述祖与其母张氏被人所救。后依靠叔父洪彦哲生活，并在其门下受学。
光绪四年（1878年）考取秀才，但其后八年间屡试不第，于是以游幕为生。先后佐理江西学政陈宝琛、江西巡抚潘霨、钦差大臣督办福建军务左宗棠和台湾巡抚刘铭传之幕府。
光绪十四年（1888年），洪述祖被刘铭传派去英国，验收台湾商务局在英国订造的“驾时”、“斯美”两艘快船。事后刘铭传弹劾洪述祖私吞公款，遂被革职并下淡水县狱。
光绪十九年（1893年），洪述祖出狱，北上天津投奔同乡津海关道盛宣怀。不久甲午中日战争爆发，洪述祖被派往朝鲜，负责电报事务，并在那里结识了袁世凯、唐绍仪。战后洪述祖回江苏谋生，从此其名由洪熙改为洪述祖，并入余联沅之幕府。
光绪二十八年（1902年）秋，清廷重新起用洪述祖，以候选知县分发湖北。在汉口任职两年多，历任汉口清丈局坐办、汉口厘局交涉文案兼办鄂中洋务交涉、汉阳府夏口厅发审委员、汉口警察第二局总办等职。
光绪三十一年（1905年）春因与江汉关道继昌不和，洪述祖辞职，重返上海，协助李经方办理安徽铁路事宜。
光绪三十三年（1907年）被选拔到直隶任职，历任全省水利总局会办、洋务局会办、印花税局会办、度量权衡局会办等多个差使。一年试用期满后，直隶总督杨士骧给他的评语是“精明干练，颇知大体，堪为优等”，奏请留省补用。
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