民国元年（1912年）一月一日，中华民国在南京成立，宋教仁被任命为法制院院长，起草了宪法草案《中华民国临时**组织法》；四月二十七日，出任唐绍仪内阁的农林总长；七月，因不满袁世凯破坏《临时约法》，辞去农林总长之职；七月二十一日，当选为同盟会总务部主任干事，主持同盟会工作；八月二十五日，国民党成立，当选为理事，并被孙中山委为代理理事长。
民国二年（1913年）二月十三日，宋教仁自汉口沿江东下，二月十五日抵达上海，寄住在同孚路二十一号黄兴家中。在国民党选举胜利并且有望组织责任内阁的情况下，孙中山并没有与宋教仁就相关事宜进行直接磋商，反而经过与袁世凯中央**的密电协商，二月十日乘山城丸赴日本进行并不急切的考察访问。
二月十九日，宋教仁在国民党上海交通部发表演讲，明确地撇开孙中山发明的五权宪法而大讲他自己三权分立的宪政设想：“讨论宪法，行政、立法、司法三权应如何分配，中央与地方之关系及权限应如何规定，是皆当依法理，据事实，以极细密心思研究者”。接下来，他再一次以激烈言辞全盘否定袁世凯政.府当局的内政外交，认为只有国民党方面出面组织的议会政党责任内阁，才是救治“不良政.府”的“医生”；
三月，中华民国第一届国会选举基本结束，在宋教仁的主持经营下，国民党取得重大胜利。众议院议员五百九十六人，国民党得二百六十九议席，共和党得一百二十议席，统一党得十八议席，民主党得十六议席，跨党者得一百四十七议席，无党派二十六席。
参议院议员二百七十四人，国民党得一百二十三席，共和党得五十五席，统一党得六席，民主党得八席，跨党者三十八席，无党派四十四席。
国民党在参、众两院八百七十议席中占有三百九十二席，虽然没有超过半数，但由于共和、民主、统一三党加起来只有二百二十三席，国民党依然可以凭借其绝对优势影响操纵参、众两院。可以说，宋教仁等付诸努力的国民党组阁的目标已经达成。
国民党的选举胜利，进一步抬高了宋教仁的政权预期和政治热情。
一九一三年一月十日，袁世凯下达正式国会召集令，命令所有当选的参众议员，于同年三月齐集北京。三月十九日，袁世凯又通电全国，宣布于四月八日举行国会开会礼。
作为在大选中胜利的国民党代表，宋教仁应袁世凯之邀，从上海赴北京商议国家大事。
三月二十日十时，宋教仁及前来送别的国民党重要人物黄兴、于右任等到达车站。
十时四十分，当宋教仁在大家的簇拥下走向检票口时，一声沉闷的枪响过后，宋教仁捂住腹部，痛苦地说道：“我中枪了。”
整个站台顿时大乱。这时，只见一人拼命逃离站台奔向出口，其间连着摔了两跤，之后沿着车站铁栏向东逃脱。混乱中，黄兴等人护送宋教仁到车站外，拦住一辆车，由于右任送宋教仁到沪宁铁路医院，其余的人留下来希望能抓获凶手。
而此时，整个站台上竟没有一名巡警。
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