由于路途遥远，几年以后朱元璋才知道自己派出去的使者都被爪哇人杀了，龙颜大怒的朱元璋却也拿爪哇国没有办法。最终只能“留其（爪哇）使月余，将加罪，已，遣还，赐敕责之”，结果造成了“使臣商旅阻绝，诸国王之意遂尔不通”。
可以说这时候没有一支强大的海军，使得朱元璋的宏图伟业无法实现，连皇帝也必须受气，忍气吞声。
朱元璋在吃了海军实力弱小的亏之后，便开始着手建设一支强大的水师。但是这支强大的水师直到他去世前也没有建设完毕。建文帝跟朱棣争权的四年又耽误了大明海军的建设，等到了朱棣顺利登基之后，大明海军才步入了建设的正轨。
永乐年间，大明国力日渐强盛。在这一时期内，朱棣开始着手重组远洋巡防舰队。其实远洋巡防舰队早在洪武七年春正月就开始组建了，朱元璋死后，明朝陷入长达四年的靖难内战之中，在内战当中这支新生的远洋巡防舰队随即覆灭。
朱棣登基后便下令重建远洋巡防舰队，到了永乐六年十二月底的时候，朱棣完成了远洋巡防舰队的重建工作，并从编制体制上强化了对沿海各省海警卫舰队的控制和管理，明朝水师恢复了“远洋—近海—岸基”的三层防御体系。
实战是检验战力的唯一标准，远洋巡防舰队第一次大展神威是发生在与安南的对战当中。当时的安南权臣黎季犁在诛杀前国王后自立为王，公开与明朝武装对抗，试图摆脱藩属国的地位而独立。为了打击安南的嚣张气焰，朱棣一方面委任张辅为为征讨安南的总兵官，率领数十万明军去征讨安南；另一方面则是派遣郑和率领强大的舰队远下南洋。
南下的郑和舰队，首先到了占城给予占城国王强大的军事支持，迫使原本在北部抵抗张辅的安南士兵南下。陷入南北作战的安南在几年之后便再一次被纳入了中国的版图，而郑和继续踏上了南下的道路。
永乐四年六月郑和舰队到达爪哇岛，当得知在爪哇岛明朝官兵受到了爪哇西王的伏击，170人被杀，郑和立即组织大部队前去救援，并准备讨伐西王。
宽宏大量的朱棣知道这件事后，“赐敕切责之，命输黄金六万两以赎。六年再遣郑和使其国。西王献黄金万两，礼官以输数不足，请下其使于狱。帝曰：‘朕于远人，欲其畏罪而已，宁利其金耶？’悉捐之。自后，比年一贡，或间岁一贡，或一岁数贡。”
自知不敌大明远洋海军的爪哇国王，选择了归顺明朝，从而丧失了对南洋、西洋地区的贸易垄断地位。
以郑和为首的大明远洋海军，所取得的成就还不止这些。在旧港，郑和消灭了海盗陈祖义集团，设立旧港宣慰使司，成为明朝在南洋地区的最高行政机构。
永乐六年，郑和第二次南洋，在锡兰山与其国王亚烈苦奈儿发生了武装冲突。在冲突平息之后，亚烈苦奈儿及其妻子官属被明军俘虏，锡兰士兵向明军投降。
永乐十年，郑和第三次南洋，在苏门答剌遭到了与苏门答剌新国王敌对的苏干刺军队的袭击。郑和指挥明军还击，大败苏干刺并将其活捉，最终凭借着这支强大的海军，朱棣实现了自己与父亲重建朝贡体制的战略目标。
无敌是最寂寞的，没有对手之后，大明朝政策禁海，就没有必要维持这么一支强大的水师了，大明水师日渐荒废，取消了远洋舰队，不过他们依然是这一区域最强的
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