凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，奏过送兵部奏请定夺。后行奏俱改属兵部。
正德年间，武宗通过宠幸武将江彬、设立两官厅的办法打压兵部的地位，但是随着武宗的驾崩，这一切努力都化为泡影。
嘉靖年间，五军都督府仅剩的管理军户屯田的权力被收归户部，五军都督府成为了一个可有可无的部门，五军都督府的左、右都督成为了武将的荣誉职衔，此后，凡遇征战，武将都由挂兵部职衔的巡抚或总督节制。
明军也正式的弱到任由倭寇欺压的地步，俺答汗也突入了长城，横扫北直隶，以前是战略对峙，现在是战略守卫，给了建奴崛起的机会。
如果不是米柱出现，打压住了建奴，二十二年之后，大明就灭亡了。
秦汉以后的历朝历代并没有严格划分过武将和文官，统治者对大臣最为看中的其实是文武兼备，唐代甚至还有边帅立功后要入朝为相的惯例，这种情况下，本朝的五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起是不会出现任何问题的。
但问题是宋代以后，为了防止藩镇割据局面的出现，才有了明确的文官和武将的划分，但是，文官看待战争更多的是从政治的角度出发，武将看待战争更多的是从军事的角度出发，并且在宋代文官的改造下，武将的培养单纯强调武勇而轻视谋略，这种情况下，五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起就会出现问题。
像宋代文官那样从政治的角度看待战争的明代文官统领武将们作战时，往往会出现一种尴尬的现象：武将领兵快速投入战斗会被文官指责为轻敌冒进、好勇嗜杀；武将选择等待有利时机再出战会被文官指责为畏敌避战、养寇自保。
这种情况下，武将就成了朝廷的战争机器，完全失去了战争中的主动权，如果统领武将的文官具有良好的军事素养还好说，一旦文官像杨镐那样，等待明军的就是萨尔浒那样的惨败。
此外，为了防止武将势力抬头，文官们还拒绝一切有助于提高军队战斗力的建议，比如万历时期戚继光和俞大猷都曾提出过整训明军的计划，结果被掌管国家的文官否决，大明从而错失了最后一次提升军队战斗力的良机。
更加严重的是，五军都督府的权力削弱和兵部地位的崛起又产生了一个新的问题：文官轻视武将、武将对文官阳奉阴违。这种情况下，文官和武将在战争中离心离德就成了一种必然，还有一个专用名词呢？叫抚督不和。
正是由于五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起，大明这十几年出现了军事形势由文官的军事素养决定的局面，当出现了像戚继光、李成梁这样的猛人时，尚能稳位，这些将帅不在，建奴和蒙古人就乘机崛起了。
所以五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起就成了压垮大明的第一根也差不多是最后一根稻草，也是轻文轻武政策的核心。
其实只要皇帝脑子不被门夹到，肯定知道这种问题的弊端，那一个皇帝没有努力过，但面对强大的士大夫文官势力，皇帝也退避三舍呀！
这势力有多大，正德朱厚照无子，驾崩传位于嘉靖朱厚熜，他想让自己死去的老子兴献王朱佑杬也当皇帝，生母为兴国皇太后，可是和大臣们激烈博斗了三年才如愿。
至于万历帝，更是让大臣们教他做人，想立自己心爱的儿子为太子，不行，必须立那私幸宫女所生那一个。
想来万历是相当泪奔，心中上万匹草泥马呼啸践踏而过，祖宗家业要传给“私生子“，这是一夜情呀！一时兴起，根本没有爱呀，男人一时管不住下半身付出了惨重代价，这代价也太惨重了吧？
这表面上呢？是祖法之争，但其实是皇权与仕权的角逐，仕权成功将皇权压缩在紫禁城之中。
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