后来朱棣起兵，对武将功臣又颇为优待。这种做法，客观上就造成武将的飞扬跋扈。巡抚还可以协调地方，镇压民变。无论什么职权，都是要帮助朝廷，治理地方。
巡抚制度也有它的弊端。巡抚掌管的地方，毕竟只有一个省份或地区，遇到战事连绵，就难以解决。明朝后来又设立总督制度，掌管几个地区或省份的军政事务，协调处理，总督上任时，也是由皇帝任免，朝廷中枢直接派出。
要将巡抚从京官推向地方官，必然有极大的限制，一方面，巡抚制度在明朝时，并没有那么完善。它的职权、辖区、任期等，都只是有一个大概的方向，缺少更为详细的规定。而且，这个变化，不只是简单把巡抚从京官变为地方官，在身份上的转变，背后更牵扯到一系列职称、待遇，乃至整个明朝体制的变动。
徐光启现在他管民不管军，看似边缘化了，但是他运作的空间更大，他在全面主持改军归流的事宜。
此时的辽镇，地域巨大，比之内地一省之地，也毫不逊色，但是他只是一个军屯镇，不能为朝廷提供赋税收入，还是一个巨大的包袱。
朝廷一直有计划在打服建奴和蒙古人之后，进一步的加强统治，设立三司衙门(设省)。这是将地方权力由各地卫所指挥使、总兵收回权力，归于三司衙门，在各卫所的基础之上设立府、县、镇等行政单位，这样的工作量，是巨大的，好处也是巨大的。
所以徐光启到地方即使不管军队了，工作量也是巨大的，忙得不可开交。
只是到了地方，这工作并不好开展，进度相当慢，他也只能在广宁、锦州、沈阳、辽阳、开原等地完成了试点。
因为辽镇与其它地方不同，它地域巨大，比一省之地还大，但是他只有指挥使司，没有布政使司，更没有提刑使司，所以以前的辽镇总兵李成梁，权力这么大，完全是一个土皇帝，至现在，是要将总兵权力分走，然后设布政使司和提刑按察使司，权力向他们过渡。
现任辽镇总兵，是贺世贤，但也兼着皇家陆军的差事，他由外地调入，没有在地方形成枝盘错节的利益关系，交权相当爽快，工作配合得相当好，算是在沈阳把三司使衙门的架子搭起来了。
至于其它地方的卫指挥使、总兵等将门家中获取权力，这可不是容易事，这夺人钱财，如杀人父母，如果不是许显纯帮忙，米礼义大军在旁镇压，只怕连几个试点都搞不成。
徐光启也明白了，要完成建省伟业，就必须以军事力量为前提，等把周边的游牧民族打垮了，利用他们势力消退期，建立一套完整有效的官府制度才可以做到建省。
徐光启转而全力支持米礼义的各项军事行动，所以才有开原之战的辉煌，其后备战旱天雷计划，也顺风顺水的瞒过了许多人，没有徐光启的支持，旱天雷计划是无法这么顺利推行的。
旱天雷计划启动，徐光启右春坊大学士、辽东巡抚之职随大军出征，参预军机，出谋划策，攻占白城后，他接手了民政和后勤方面的工作。
传国玉玺就是他找了不少资料和人证，这才最终确定，这就是造于始皇帝，历朝历代相传，被誉为国之重器，天命所归的传国玉玺，也只有他的才学见识，才敢作此判定，其它人虽然己知，但是嘴上没毛，是不敢作此判定的，也不具有说服力。
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