明朝中期，下门设立了一个海关检查站，以便监管进出海澄港的船舶，由于厦门地处泉-漳两府交界处，它往往成为两地官员抢夺的一块肥肉。从行政上来说，厦门属于泉州府管辖。但是另一方面，由于占据了九龙江口的战略位置，它被形容为漳州府的咽喉。
漳州的官员们充分意识到厦门的有利位置，就商量着要设法将这个岛屿吞并，让它归漳州府管辖。在设立海澄县时，这一想法被提出来讨论。泉州的官员反对这一规划。因为他们坚称厦门离同安县的大陆部分只有一英里，比起漳州的门户，它更是同安的咽喉，这一争议并未持续下去。万历三十年，漳州方面派出一个小分队去巡逻这个岛屿，泉州的官员们视之为对他们的权力的侵犯，他们力争保持对这个岛屿的控制，但并未立即奏效。
与此同时，泉州的官员试图从漳州那里刮走海运收入的油水，并期望把下门提升为一个独立的海运贸易中心。
万历三十一年，他们提出了一个划分泉州和漳州贸易范围的方案，前者只去东洋（吕宋、马鲁古、苏禄、文莱等），而后者去西洋（其它南洋国家，如暹罗、马六甲、柔佛、爪哇、巨港等。按照这种方案，台湾、琉球和日本也被划分到第一类。如果这一方案被采纳，下门将代替海澄成为海关机构的所在地。这一谋划意在增加泉州的海运收入。漳州官员们理所当然地断然拒绝了他们同僚的方案。
他们担心这一主张无疑会危及漳州在海上贸易中的主导地位，并抽走他们长久以来所享有的海关收入，由于官员们的强烈反对，这一计划无法实施。
为了断绝泉州官方的念头，漳州一位叫王智聪的专门负责海关监督的同知建议将下门的检查站移至厦门和海澄之间的鸡屿岛，王驻于海澄，他本人是漳州府的官员，自然希望将检查站从厦门移出。
在厦门他无权指挥地方官员，这让人备感尴尬。当岛上隶属泉州的民政和军事官员挑战他的权威时，情况变得更糟了，他声称鸡屿作为检查站的位置更好，因为它更靠近海运中心海澄。更为便利的是，它处于后者的管辖之下，朝廷批准了这一迁移。
尽管检查站被移走，在万历四十五年，泉州官方终于成功地接管了厦门城寨，并在上面驻扎了军队，但是长久以来的争夺并未结束。两年后，漳州官方再次提出吞并下门的主张。这次就连岛上的士绅也强烈反对，因此行政变更并未发生。
在现在，尽管下门作为没有行政建制的城镇藉藉无名，只有军事功能为人所知，但它在泉漳贸易群落中已崭露头角。它是附近为国内外走私者提供庇护的恶名昭彰的岛屿之一。
在海澄于1567年升格为行政区之后，厦门由于派驻官员稀少，格外受到走私者的青睐。在海澄贸易必须办理官方手续，这正是行政设置变更的目地所在。贸易商们难免陷入各种繁杂的手续当中，因此他们更愿意在远处的海岛上做生意。对于商人们来说，海上巡查队是一种便利，而非麻烦，因为辑查员大多从当地招募，依例在贸易中占有股份。在海防官员们心照不宣的保护和关照下，贸易商们较少受到骚扰，更容易得到放行。
在16世纪期间，当地、日本和葡萄的走私者和海盗在浯屿和中左所颇为活跃。一旦他们对贸易规模或者地方当局的压制感到不满，就会大肆劫掠这些岛屿，在上面建立自己的走私巢穴，以便深入大陆，尤其是同安和海澄，其后荷兰人也如法炮制，为了与福建人贸易他们开始打中卫所的主意。
厦门地名的来源，当为下门（位于海门的下方）的雅化，大厦之门，应该是一个美丽的误会。
这是一块宝地，不但引来荷兰人的觊觎，连米柱也引来了。
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