太子太师就是皇太子的老师，林毅不可能放下兵马到京师，给崇祯皇帝的儿子当老师，教他习文练武，教他为人处事，教他怎样当太子，显然这是一个虚衔儿。
因为圣旨上写的非常明白，林毅虽然被加封为太子太师，但是仍然是总兵，总兵就是带兵打仗，这是他的本职工作，而不是去京师交什么太子，就是崇祯皇帝让他去，他也不愿意干这样的活儿，因此这至多是应一个虚名而已。
崇祯皇帝之所以下这一道旨意，显然是为了抬举林毅，为了证明皇恩浩『荡』。
虽然是个虚衔儿，但是能给皇上的儿子当一回老师，尽管是名义上的，也是一种无上的荣宠，太子太师位居三公（三孤）之列，位极人臣，其尊贵规程度自不必说。
因此林毅非常高兴，接旨之后，司礼监秉笔王承恩，阁部大人杨嗣昌等人立即向林毅表示祝贺，并且口称太师了。
传完旨意之后，王承恩走了。
收拾完了李自成，接下来当然应该收拾张献忠了，杨嗣昌就想让林毅入川作战。
林毅提出要就地休整兵马，眼下也入冬了，四川的张献忠连吃败仗，郑崇俭和丁启睿率领的官军也占上风。天子龙颜大悦他，因此这位杨阁部不也不着急了，准许林毅就地休整兵马。
从这一天开始，李自成的人马就住在南阳城外，开始整顿练兵，又收编了李自成的几百人马。林毅练他的大刀，各营人马开展大练兵。
这不是林毅第一次练兵了，手下的将领轻车熟路，按照林毅的练兵套路，如火如荼的开展。
这一练就是三个月，也就是1640年的整个冬季，到了1641年开春的时候，大明朝的形势发生了重大变化，或者说叫恶化。
首先是张献忠开始逆转了。郑崇俭和丁启睿之所以能够打胜仗，主要依仗两个人，就是左良玉和贺人龙。但是这两个人的人品实在不怎么样，都是利欲熏心，无利不起早的人。
同样是剿匪的功臣，他们看到林毅一路升官发财，而他们只得到崇祯的一个口头升赏承诺，此前杨嗣昌和郑崇俭答应给他们的什么平贼大将军的职衔也落空了。
因此这两个人心怀不满，开始不好好干了。左良玉圆滑，贺人龙嚣张，他们的不满被张献忠的探子的发觉并告诉了张献忠。
张献忠很会用兵，立即就感觉到属于他的春天来了。
他跟李自成不愧是齐名的绝代枭雄，二人不但同岁，而且是同乡，战斗经历也大致相同，现在连用兵方法也大体相同了。
李自成能想到的招数，张献忠自然也能想到，他立马就用李自成用过这一招来对付左良玉与贺人龙，那就是用金银贿赂使用反间计，这一招在南阳城外，李自成就对林毅用过。
但是李自成失败了，张献忠却胜利了，因为左良玉和贺人龙毕竟不是林毅。
结果左良玉与贺人龙，开始对郑崇俭阳奉阴违了，杨嗣昌的命令更是不听，这就相当于对抗朝廷。但他们也不是大张旗鼓的对抗，那就是造反了，而是按兵不动，怀私观望，找各种理由搪塞。
这一下让张献忠反过手来了，首先是四川巡抚邵婕春兵败，累及忠贞侯秦良玉也吃了败仗，神弩将张令战死，官军一败涂地，被张献忠牵着鼻子在大山中跑。
此时郑崇俭也有些粗心大意，认为这张献忠覆亡是个时间问题，没想到他又崛起了，一看赶紧调集兵力围追堵截，但是左良玉和贺人龙不给他卖力了。
因此官军连吃败仗，张献忠节节胜利。一下子就打破了官军的封锁，到了1641年正月，这位八大王又杀出四川，跑到湖北折腾去了，而且得到了在湖广折腾的老回回革左五营的支援，后来马守应等人干脆投降了张献忠，几大股巨匪合在了一块，声势浩大，势如破竹，兵锋直指鄂中，连克当阳、襄阳、樊城、郧阳等湖北重镇，威胁到了随州。
大明朝野再次震动，四川湖北一带的地方官告急的文书，像雪片一样飞到了京师。
这时官外的辽东战场也传来了失利的消息，清军两路大军猛攻锦州，锦州城外的松山塔山和杏山，相继失陷。然后宁远城也收到了攻击，锦州被困，宁远告急。
然后朝中的言官御史开始相互弹劾攻击，主要是东林党人，太监们也不甘寂寞，以提督东厂的大太监曹化淳为首，与东林党人，纵横捭阖，吵闹得朝野上下乌烟瘴气，但是就是没有干实事的。
崇祯皇上气得把龙书案拍得啪啪山响，对高起潜和洪承畴，严旨切责，两个人也害怕了，纠集了八镇总兵，一共13万大军开到了宁锦一带，与皇太极决一死战，以解锦州和宁远之危。
然后崇祯皇上又给杨嗣昌和郑崇俭、傅宗龙下了死命令，你们三个总督，挂着兵部尚书的衔，拿着朕的尚方宝剑，整天是干什么吃的？全力剿贼，务必全歼。再有差错，提头来见！
三个总督都害怕了，压力最大的就是杨嗣昌，因为剿贼方略是他一手定下的，这边刚把李自成按住，那边张献忠又起来了，这位年逾50的阁部大人，在鞍马劳顿和心理压力的双重打击下，已经染上了痨疾，有时候一咳嗽就吐出血来。
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