崇祯帝接到奏折后，心中犹豫不定。一方面，他希望李明远尽快消灭李自成；另一方面，他也担心李明远拥兵自重。此时，李明远派往北京的使者早已暗中联络了朝中的正直大臣，将东林党人散布谣言的证据呈给了崇祯帝。崇祯帝见状，勃然大怒，下令严惩了几名为首的东林党官员，同时下旨安抚李明远，同意他暂缓进军，稳定河南局势。
解决了朝堂的风波后，李明远专心整顿河南。他推行与陕西相同的改革措施，鼓励农民开垦荒地，减免赋税，发展手工业和商业；他整顿河南的吏治，严惩贪官污吏；他还将俘虏的闯军将士进行整编，愿意归降的编入秦军，不愿归降的则发放路费，遣返回家。经过半年的努力，河南的局势逐渐稳定下来，经济得到了恢复和发展，秦军的实力也进一步增强。
此时的李自成，逃到襄阳后，仅剩下千余名残部，早已不复往日的威风。他见秦军稳定了河南局势，实力日益强大，心中绝望，企图投奔张献忠，却被张献忠拒绝。最终，在秦军的追击下，李自成在九宫山被当地的乡勇斩杀，困扰大明多年的闯贼之患，终于被彻底平定。
平定李自成后，李明远并没有放松警惕。他知道，清军仍然是大明最大的威胁。他上书崇祯帝，请求朝廷派人与自己合力北伐，抗击清军。同时，他派出使者，前往江南，与江南的明军将领建立了正式的同盟关系，约定共同北伐。
崇祯帝此时对李明远已是深信不疑，下令调动全国的兵力，由李明远统一指挥，北伐清军。李明远制定了详细的北伐计划：兵分两路，一路由自己亲自率领，从河南出发，进攻山东、直隶，直逼北京外围；另一路由江南明军将领率领，从江南出发，进攻苏北、山东，与自己汇合。同时，他还派人联络了关外的蒙古部落，许以重金，让其出兵牵制清军。
北伐大军出发后，势如破竹，清军节节败退。秦军将士们作战勇猛，加之有河南、陕西作为后方，粮草充足，器械精良，很快就攻占了山东、直隶的大片土地，兵锋直指盛京。多尔衮见秦军势大，连忙率领清军主力回师盛京，与秦军展开决战。
决战之日，双方大军在盛京城外展开了激烈的厮杀。李明远凭借着超越时代的军事指挥才能，巧妙地运用战术，将清军诱入埋伏圈，然后下令全军出击。秦军将士们奋勇杀敌，与清军展开了殊死搏斗。经过一天一夜的激战，秦军大获全胜，歼灭清军主力五万余人，多尔衮率领少数残部逃回关外，再也不敢轻易入关。
北伐胜利后，大明的疆域恢复到了明末之前的规模。崇祯帝大喜过望，下旨加封李明远为太傅、魏国公，赏赐无数。李明远却并没有居功自傲，他上书崇祯帝，请求朝廷推行改革，整顿吏治，发展经济，增强国力，同时加强边防，防止清军卷土重来。
崇祯帝采纳了李明远的建议，在全国范围内推行改革。在李明远的辅佐下，大明的政治逐渐清明，经济得到了快速发展，国力日益强盛，百姓们安居乐业。曾经风雨飘摇的大明王朝，终于重新走上了复兴之路。
这一日，李明远站在紫禁城的太和殿外，望着万里无云的天空，心中感慨万千。从诏狱中的垂死之人，到如今的魏国公、大明的擎天柱石，他用自己的智慧和勇气，改变了孙传庭的悲剧命运，也改变了大明的历史进程。虽然前路仍有挑战，但他相信，只要君臣同心，百姓支持，大明必将重新走向辉煌。
夕阳西下，金色的余晖洒在紫禁城的琉璃瓦上，熠熠生辉。李明远转身，大步走向太和殿，他知道，还有更多的事情等着他去做，大明的复兴之路，才刚刚开始。
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