1944年夏，美军在太平洋战场的西南和中部取得连续胜利，也让战争步步进逼离日本本土——当时的美军轰炸机已经可以直接轰炸日本了。此时，美军参谋长联席会提出了两种不同的方案来打击日本：一是麦克阿瑟上将提出的先重占菲律宾、再占冲绳并用作为进攻日本本土的跳板；海军上将尼米兹认为应绕过菲律宾、直接攻占冲绳和台湾并用作集合点，同时可成为以后进入中国大陆和攻击日本南端岛屿的跳板。 双方最后吵到联席会议马歇尔那里，麦克阿瑟向马歇尔陈述意见，指出：绕过菲律宾直接进攻台湾是不可取的，台湾不同菲律宾，已经在日本统治下将近半个世纪，当地人未必会像菲律宾人那样支持美军，而且美国在道义上有义务解放1700万亲西方的菲律宾人民和关押在巴丹半岛的数万名美军俘虏。他强调：如果绕过菲律宾就等于承认革命军散布的关于美国已经抛弃菲律宾，不愿牺牲美国士兵的生命来解救菲律宾人民的谣言，这对美国在远东地区的声望和影响将是极其不利的。
马歇尔认为麦克阿瑟这么强烈要求进攻菲律宾的一个重要原因是为了实现他在1942年撤离菲律宾时所许下的一定要重新夺回菲律宾的誓言，因此提醒他，不要让个人感情超越早日结束战争的战略目标，并表示绕过菲律宾并不是抛弃菲律宾。
虽然路线有所不同，但两种方案里都不约而同的出现了贝里琉岛的名字。而美军海军陆战队第1师业已被任命为进攻部队。为了平息分歧，美国总统罗斯福亲自飞赴珍珠港与两位指挥官见面，一同探讨进军方案。罗斯福此行的真正目的是为了在日益临近的大选前夕，笼络被很多美国人认为是英雄的麦克阿瑟，为大选赢取得分。经过与麦克阿瑟上将和尼米兹上将的磋商，最终确定在进攻台湾之前先占领整个菲律宾。罗斯福返回美国之后发表了简短的讲话，宣称与麦克阿瑟将军的意见完全一致。这个信号再明白不过，菲律宾战役为时不远了。但就在麦克阿瑟准备重占菲律宾之前，为了确保右翼的安全，美军决定把帕劳群岛——特别是贝里琉岛和昂奥尔岛——定为必须攻克的战略要点。这种想法在发动贝里琉岛战役之前就遭到很多人的质疑，而后来的一些人甚至认为攻占贝里琉岛完全没有必要。
德军在库尔斯克战役失败的消息传来，日本大本营里一片焦虑，参谋本部里日军海军与陆军将领更是互相指责乱成一团，海陆互相指责一通后，总算又坐了下来，开始研究下一步的行动部署，一致认定，1944年情况下稳定太平洋战线的任务是日本的作战重点，日本的作战已经完全指望不上别人了，只能依靠自己的力量去完成。因此，陆军要立即结束关岛特别演习，抽出兵力加强本土与太平洋地区作战力量，预防美军在南洋地区的全面反扑以及对本土的袭击，日军决定从满洲关东军抽回足够22个会战的弹药量加强本土防御，并抽出一些精锐部队回防，加强本土的新部队编成能力；对太平洋战场，日军决定在1943年底-1944年下旬以前向太平洋战场增兵100万，并提供太平洋战场足够的弹药、兵器以及其他作战物资。
由于日本陆军兵力实际并不足够抽出那样多的精锐部队去太平洋战场，日本海军也没有足够的护航力量护送那样多的运输船只满载部队弹药南下，日军只得采取分批分重点运输方式向太平洋战场派兵，日军把太平洋战场战区分成3个防卫圈，外环防御圈是重点防御圈，尤其以特鲁克岛、拉包尔、荷属东印度群岛东部为重点中的重点，向该地区派遣的部队为齐装满员携带重型武器的精锐部队，至于中环防御圈，派遣轻型部队给予加强，部队的重型武器以及兵力都给予精简。至于内环地区主要派遣只有象征性重武器由新兵与若干老兵骨干组成的架子部队去加强。这样派遣太平洋的大部分日军部队，由于并不需要重型装备与大量作战物资就大大节约了船只的需求量，减轻了海军的护航压力以及海运能力的压力。例如、日军输送到外环的精锐部队，1个师团连同装备物资至少需要45艘运输舰输送，而输送到中环的1个轻装师团只要12-16艘运输舰就够了，至于输送到内环的1个架子师团连人带装备竟只要6艘运输舰就可以完成。
日军的如意算盘是，用外环精锐部队重创美军，并使美军在印度尼西亚以及拉包尔陷入长期大战，使海军与后方的陆军获得充分休整的机会。日军确信，在1944年以前，美军都无法完全攻陷外环中的重点区域，这样日军就有充分的时间加强中环，经过一段时间后，即可以由中环派遣强力部队增援外环作战，也可以使外环部队收缩到中环建立军更强的防御线，而内环的部队经过这些时间，缺乏训练的新兵也成了老兵，架子部队也成了充实部队，可以作为预备决战部队，给予经过外环重大消耗的美军致命一击。自然在本土，日军利用留在本土的精锐部队以及大量重型武器做骨干，有一定时间就可以武装出成群的新精锐师团，而海军的舰队经过充分的休整就又了再次决战决胜的把握，这样日本就可在很难被击败的地位，美国将会动摇继续战争的决心，从而让日本得到一个有利的战争结局。
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