在东宫之中，庾文君始终保持着谦逊有礼的态度，对待宫女和太监都十分和善，因此赢得了东宫上下的一致好评。她还时常劝说司马绍要虚心听取大臣的意见，尤其是王导的建议，因为王导不仅是东晋的开国功臣，更是稳定江东局势的关键人物。司马绍听从了庾文君的劝说，与王导保持着良好的关系，这为他日后顺利即位奠定了基础。
永昌元年（公元 322 年），王敦以 “清君侧” 为名，在武昌起兵反叛，率军进攻建康。晋元帝司马睿惊慌失措，连忙召集大臣商议对策。此时的东宫之中，气氛也十分紧张。司马绍看着忧心忡忡的庾文君，安慰道：“你放心，王敦虽然势大，但他叛乱的行为不得人心，我们一定能够平定叛乱。” 庾文君点了点头，她知道现在不是慌乱的时候，于是开始协助司马绍处理东宫的防务，安抚东宫的人心。
王敦的军队很快就攻占了建康的外城，晋元帝被迫任命王敦为丞相，都督中外诸军事，王敦的叛乱暂时得以平息。但经过这场叛乱，晋元帝的身心受到了巨大的打击，不久便一病不起。永昌元年闰十一月，晋元帝病逝，皇太子司马绍即位，是为晋明帝，庾文君被册封为皇后。
成为皇后的庾文君，站在巍峨的宫殿之上，看着下方跪拜的大臣，心中百感交集。她知道，自己肩上的担子更重了，不仅要辅佐丈夫治理国家，还要应对朝堂上的各种危机。而此时的东晋王朝，依然面临着内忧外患的局面，王敦的叛乱虽然暂时平息，但他依然手握重兵，对朝廷构成了巨大的威胁；北方的少数民族政权也在不断侵扰东晋的边境，百姓生活苦不堪言。庾文君暗暗下定决心，一定要帮助丈夫稳定局势，让东晋王朝能够在乱世中生存下去。
晋明帝司马绍即位后，面临的首要问题便是如何处理王敦的势力。王敦在叛乱后，虽然退回了武昌，但依然控制着长江中游的大片地区，并且不断扩充自己的势力，对朝廷的命令阳奉阴违。晋明帝深知王敦不除，东晋的政权就无法稳固，于是开始暗中谋划平定王敦之乱。
庾文君作为皇后，虽然不能直接参与朝政，但她却在背后默默地支持着丈夫。她利用自己与江东士族女眷的良好关系，收集各种情报，然后转达给晋明帝。有一次，庾文君从一位士族夫人那里得知，王敦正在暗中联络江东的一些豪强地主，打算再次起兵反叛。她立刻将这个消息告诉了晋明帝，晋明帝根据这个情报，提前做好了防备，避免了一场危机的发生。
除了收集情报，庾文君还十分注重协调朝廷内部的关系。当时，朝廷中的大臣分为两派，一派以王导为首，主张与王敦和解，维持朝廷的稳定；另一派则以郗鉴为首，主张坚决讨伐王敦，消除隐患。两派大臣争论不休，晋明帝也陷入了两难之中。庾文君看出了丈夫的为难，于是劝说他：“王导虽然与王敦是兄弟，但他始终忠心于朝廷，我们不能因为王敦的叛乱而怀疑王导。郗鉴将军忠诚勇敢，是讨伐王敦的合适人选。我们应该重用郗鉴将军，同时也要安抚王导，让他继续为朝廷效力。”
晋明帝听从了庾文君的建议，他一方面任命郗鉴为安西将军，都督扬州、江西诸军事，让他负责防备王敦的叛乱；另一方面，他又亲自召见王导，向他表明自己对他的信任，让他继续担任丞相一职。王导深受感动，更加坚定了辅佐晋明帝的决心。在庾文君的帮助下，晋明帝成功地团结了朝廷内部的力量，为平定王敦之乱做好了准备。
太宁二年（公元 324 年），王敦果然再次起兵反叛，他亲自率领大军从武昌出发，进攻建康。这一次，晋明帝早有准备，他任命王导为大都督，率领军队抵御王敦的进攻。庾文君在宫中也没有闲着，她亲自组织宫女和太监，为前线的士兵赶制棉衣和粮草，还时常到寺庙中为前线的将士祈福。
在战争期间，晋明帝一度想要亲自率军出征，庾文君得知后，连忙劝阻道：“陛下是国家的根本，不能轻易冒险。前线有郗鉴将军和王导丞相坐镇，他们一定能够平定叛乱。陛下应该留在宫中，稳定朝局，为前线提供支持。” 晋明帝听了庾文君的话，觉得十分有道理，于是放弃了亲自出征的想法，留在宫中处理朝政，为前线提供后勤保障。
王敦的军队虽然来势汹汹，但由于晋明帝早有防备，加上王导在朝廷内部策反了王敦的一些部将，王敦的军队很快就陷入了困境。不久，王敦病逝，他的军队群龙无首，很快就被朝廷军队击溃，王敦之乱终于得以平定。
平定王敦之乱后，东晋王朝的局势逐渐稳定下来。晋明帝开始着手整顿朝政，加强中央集权。庾文君也积极配合丈夫的工作，她时常提醒晋明帝要体恤百姓，减轻百姓的赋税负担。在庾文君的影响下，晋明帝颁布了一系列有利于百姓的政策，如减免赋税、鼓励农耕等，江东地区的经济逐渐得到恢复和发展。
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