紧跟着凌波跳到了井底，费劲消灭了使徒。
三人来到山下，碇真嗣感叹到如果没有灯火星星会非常明亮。
绫波丽却说人类正是因为害怕黑暗才使用火焰赶走了黑暗从而生存下来。
美里看着自已的伤疤，想起了第二次冲击父亲死亡的事情。
大家都在家里为美里升职举行来庆祝仪式。
而这个时候碇真嗣却在南极由于第二冲击南极完全是另外一幅模样。
就在这个时候竟然在天空中发现形势图，使徒开始攻击，不断的更改攻击位置最终目标是据点。
由于使徒释放了干扰，无法通知。
超级电脑做出的决定是全体撤退。
临时负责人美里西大了撤退命令。
随后找到了碇真嗣等弱
电梯中碇真嗣问明日香为什么要驾驶EVA。
明日香回答是为了显示自已的存在。
她反问顶针，碇真嗣却回答不知道。
使徒开始向地面降落，三人驾驶着EVA抵达预定地点。
他们使用足底啊的AT立场，徒手接下了下落的使徒。
明日香驾驶的二号机用离子刀花开屏幕和碇真嗣一起将使徒击杀。
事后，父亲夸奖了碇真嗣，让他有些吃惊。
他告诉美里，他终于明白了自已为什么要驾驶EVA，那就是获得父亲的赞扬和鼓励。
三人开始不借助战斗服直接用很提来进行同步测试。
三个人感觉到和平时测试不同，这个时候零号机出现了暴走。
赤木开始用激光攻击零号机，结果出现了AT立场。
原来又一使徒来袭击而这种使徒竟然是细菌形态。
紧接着使徒入侵了据点，他最终目标是引爆据点。
一台主机被污染做出了其他。
使徒开始继续入侵。
赤木紧急下令更改了逻辑模式以15秒为单位，人为降低了超级计算机的运算速度。
想要彻底消灭使徒唯一办法就是同归于尽，随后请求下令销毁超级电脑。
这一提议遭遇到赤木的拒绝，她认为毁灭掉超级计算机就等于毁灭掉据点。
并且决定自已来承担这个责任，她想要利用剩下的唯一电脑来和使徒专选。
随后赤木带着美里来到内部，她告诉美里，据点的计算机是人格一直到，是她母亲开发的系统。
三个系统其实分表代表欧木清作为科学，母亲和女人的三种人格。
超级计算机就是母亲本人，赤木阻止自爆。
她的程序会加速使徒的进化，但一切进化的重点就是毁灭。
而有智商的使徒也会理解这一点进而会选择和超级计算机共生。
此时第二胎计算机被占领距离自爆还有8秒，终于在最后一秒制止了自爆。
使徒的入侵停止了，而超级计算机也回复了正常。
绫波丽和碇真嗣开始了机体互换实验，在初号机的凌波，同步几率和零号机几乎完全相同。
而碇真嗣有些紧张在同步机地狱平时不过可以接受。
赤木提出傀儡系统可以拿出来了。
实验还在进行碇真嗣脑海中却出现了绫波丽的影子。
紧跟着神经脉冲异常，零号失去控制，最终备用电源耗尽停止了行动。
碇真嗣在医院醒来，头顶上是陌生的天湖北。
阿亮来到了京都，在仓库和来人叹气了关于马尔杜克机关的事情。
马尔杜克是搜寻EVA的驾驶员来人表示阿亮的工作是暗中调查NERV。
原来阿亮的身份是双重间谍。
美里在酒吧喝多了酒，被加持送回了家。
在路上，美说自已自从失去服气那以后就开始在其他人身上寻找影子。
之前和阿亮在一起也是因为这样，感到很对不起她。
阿亮说他被与欧冠拿到钱。
美练说只有是一个只想要利用男人的女人，不配拥有爱情。
明日香一直喜欢阿亮，看到美里晚归，她感觉无聊想找碇真嗣大法时间。
明日香嘲讽碇真嗣是大小鬼。
第二天就醒来后的美里找到了阿亮。
美里面发现了他的双重间谍蛇粉。
阿亮告诉美里，赤木和父亲也想她尹莽了许多事情。随后带领美里来到地下，发现被顶在十字架上的亚当。
大家开始常规才是，美里发现碇真嗣的错是结果，在三个人中最好，夸奖了他。
明日香有点不爽，此时又一使徒来袭击这次使徒是一个漂浮在空中的球体。
通过接触使徒没有出现AT立场。
茨木断定是新型使徒。
初号机抵达现场，明日香建议同步第一的碇真嗣担任先锋，但是真实答应了。
碇真嗣攻击使徒，结果对方小时，然后初号机正下方的地面出现了巨大阴影。
碇真嗣陷了进去。
随后阴影吞没了初号机，此时明日香脚下也出现。
她爬到街上，发现整栋楼都开始陷落。
美里命令俩人退了回来。
随后往外想要拉回机体，如果碇真嗣不操控初号机，就会丢掉生命。
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