最后工作人员找到了碇真嗣，将他带回据点。
碇真嗣觉得自已已经没有自由了。
反正除了驾驶初号机自已就无事处。
这个时候美里告诉他，马步谣考虑别人想法，想别人高兴不高兴。
开不开初号机是你自已来决定。
回到学校，阿东让碇真嗣打回去，他觉得这样就可以扯平了。
碇真嗣打了他一拳以后，俩人和好成为了朋友。
在同一个学校的绫波丽是EVA的第一个适任者。
当年据点制造零号机的时候由绫波丽担当驾驶员。
一次实验中零号机时空实验被迫中断。
父亲拉开了灼热的门，救出了里面的绫波丽。
从此以后零号机被冻结，但是现在为了最佳战斗力不得不重新启动零号机。
碇真嗣发现父亲面对绫波丽时有说有笑，对自已却常常不屑一顾，十分费解。
有一次据点安排碇真嗣将身份卡将交给绫波丽。
他一个人来到绫波丽家里发现房间有许多药品和绷带，而桌子上放着服气你等眼镜。
这个时候凌波洗完澡出来走上来拿走了眼镜。
碇真嗣慌张的解释。
而绫波丽只是面无表情地将眼睛收好，在去据点的路上，碇真嗣向绫波丽说起父亲的事情。
他对爸爸表示强烈的不信任。
这个时候绫波丽扇了碇真嗣一巴掌。
突然又一使徒来袭，碇真嗣驾驶初号机前去迎战。
使徒在他还未来得及行动时，发射了光束重创了初号机。
在持续红炸的高温下，碇真嗣心脏骤停，初号机勉强维持完整。
美里只好强制回收了初号机。
并且紧急对碇真嗣送去急救中心抢救。
因为地下的据点有四层装甲，使徒预计十个小时就可以抵达据点。
经过作战回忆，美里做了个机会接收全部城市的建立，然后让EVA使用秘密研制的电子炮进行远程聚集。
碇真嗣醒来以后，绫波丽将作战计划告诉了踏
但是碇真嗣不想出站，美里拉着碇真嗣来到了最底层，这里封印着第二使徒莉莉丝。
美里说如果其它使徒抵达这里就会引发第三次冲击人类会灭亡。
只有你可以拯救人类，如果碇真嗣失败了所有人都会死。
所以碇真嗣不是一个人在承担风险大家会跟你一起面对。
最后碇真嗣同意驾驶初号机，因为同步几率比较高，碇真嗣驾驶初号机担任炮手。
而绫波丽的零号机为防御。
作战开始的前夜，碇真嗣询问绫波丽自已会死吗？
绫波丽说不会，因为我会保护你。
全城市为了启动武器而停电，待机时碇真嗣问凌波为什么要开EVA。
绫波丽说是为了和大家的羁绊，除此之外自已一无所有。
说完，绫波丽站起阿里对他说了再见。
作战开始，美里智慧队伍进行佯攻吸引使徒的注意力。使徒的光束轻易摧毁了战斗机。
而炮火又被AT立场格挡。
初号机埋伏在远处瞄准了使徒，所有城市的电力汇聚在狙击炮上，一炮贯穿了AT立场。
但是对方很快就修复好了，并且对着初号机的方向开始发射光束。
融化了大半座山，所幸EVA和狙击炮号发巫山。
碇真嗣在巨大心理压力下差点哭了出来，在他重新握住操纵杆回到了聚集点，距离第二次充电还需要一点时间。
使徒很快发现了初号机，继续朝着初号机的方向攻击。
而这个时候绫波丽开着出号拿着盾牌挡在初号机面前。
但是充电完成之前，盾牌就支撑不住了。
零号机失去了盾牌依然站在那里，充电终于完成，碇真嗣立刻扣动扳机，这一次成功打碎了使徒的核心将其击杀。
而零号机已经伤痕累累，碇真嗣操控初号机拆掉了零号机的北部装甲，将门打开以后徒手打开了里面。
终于见到绫波丽。
碇真嗣说不要再说自已一无所有了，分别时候也不要说再见这样的话。
然后他忍不住哭了起来。
绫波丽不知道碇真嗣为什么会哭。
她对碇真嗣说对不起我不知道这个回收该用什么表情。
碇真嗣说只要微笑就行了。
绫波丽略微有些惊讶，露出了微笑，向他伸出手。
使徒终于再次被组织，而就在此时，月球上一个白发少年醒来了，他看着天空准备出发去寻找碇真嗣。
美里和赤木博士来到了D失参加发布会。
这次发布会的目的要召示展示会最新研发的东西。
发布会上主持者提到JA是内置引擎，可以保证持续150天的作战。
由远程人为操控，不需要驾驶员。
博士对安全性提出质疑，主持者表示JA比起EVA五分钟的行动时间要安全得多。
随后主持者开始JA的启动试验在指挥中心的操控下，JA开始狐啊怒汉前进，但是没过多久JA体内的反应堆上是哪个，并且朝着指挥中心而来。
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