在之前的旅程中，小智、艾莉丝、天桐以及星海等人一同在伊苏地区展开了充满惊喜与挑战的冒险。他们见识了各种各样的宝可梦，也经历了无数次精彩的对战和有趣的故事。星海作为一名博士，虽然不参加联盟赛事战斗，但她凭借着自己强大的宝可梦和丰富的知识，在旅途中发挥着独特的作用，她的红色暴鲤龙、裂空座、喷火龙等宝可梦都有着令人惊叹的实力 ，也和小智等人结下了深厚的友谊。
而在杰可罗拉群岛的一系列冒险中，他们先是遇到了小椿。小椿来到这里是为了收服颜色不同的赤面龙。在寻找赤面龙的过程中，火箭队搞出了不少乱子，他们用能发出音波的工具逼迫洞窟里的宝可梦出来，成功引出了赤面龙，却也激怒了它。赤面龙触发逆鳞后不分敌我地攻击，火箭队被轻易打飞。关键时刻，小椿凭借着和小智相处学到的“莽式收服法”，成功感化了赤面龙并将其收服，这也让艾莉丝回忆起自己与龙系宝可梦的缘分起源。
结束了与小椿的相遇后，小智一行人来到了杰可罗拉群岛中某一个岛，准备观察“乌地多彗星”。据说彗星出现的时候，宝可梦会聚集在山上，并会有不可思议的行动。他们和三色堇一起前往山顶，到达山顶之后，发现了勇者乌地多曾经在此展开无数战斗的对战区遗迹。他们在阴暗的通道前进，而火箭队早已在前面埋伏。只见武藏得意地笑着说：“嘿嘿，这次你们可跑不掉了，皮卡丘马上就是我们的了！”小次郎也在一旁附和：“没错没错，今天就是你们的倒霉日。”喵喵则在一旁摩拳擦掌。
小智见状，立刻站出来，一脸坚定地说：“火箭队，你们又来捣乱，我是绝对不会让你们得逞的！”说着，他派出了皮卡丘，皮卡丘也斗志昂扬地叫了一声，身上闪烁着电光。艾莉丝和天桐也纷纷派出自己的宝可梦，准备战斗。星海虽然不参与直接战斗，但她在一旁认真观察着火箭队的动向和周围的环境，思考着应对之策。
战斗一触即发，皮卡丘率先发动攻击，使出了十万伏特，强大的电流向着火箭队冲去。武藏连忙指挥滚滚蝙蝠使用空气斩抵挡，空气斩与十万伏特碰撞在一起，发出了剧烈的声响，产生了一阵烟雾。在烟雾中，小次郎派出了哭哭面具，哭哭面具飘向皮卡丘，想要用奇异之光干扰它。小智连忙喊道：“皮卡丘，快躲开，然后使用电光一闪！”皮卡丘灵活地避开了奇异之光，以极快的速度冲向哭哭面具，一下子撞了上去，哭哭面具被撞得摇晃了几下。
这时，武藏让滚滚蝙蝠朝着皮卡丘俯冲而下，准备发动突袭。星海在一旁看到后，急忙对小智喊道：“小智，注意滚滚蝙蝠的动向，它的速度很快，皮卡丘可以利用周围的地形来躲避！”小智听后，眼睛一亮，对皮卡丘喊道：“皮卡丘，跳到旁边的石头上！”皮卡丘依言跳上石头，滚滚蝙蝠扑了个空。
接着，天桐派出了花椰猴，花椰猴使用飞叶快刀攻击火箭队的宝可梦。艾莉丝的龙头地鼠也从地下钻了出来，使用挖洞技能，突然出现在哭哭面具下方，将它顶到了空中。小智抓住机会，让皮卡丘使用伏特攻击，直接命中了哭哭面具，哭哭面具失去了战斗能力。小次郎心疼地收回了哭哭面具，喊道：“可恶，还没完呢！”
然而，火箭队毕竟不是小智一行人的对手，在激烈的战斗后，他们再次被打飞，只留下一句“我们还会回来的”。解决了火箭队后，小智一行人继续前进，终于到达了山顶，等待着乌地多彗星的出现。当彗星划过夜空的那一刻，周围的宝可梦们果然开始有了奇妙的反应，一些宝可梦兴奋地跳跃着，还有一些宝可梦身上似乎闪烁着特殊的光芒，这神奇的一幕让大家都惊叹不已。
在接下来的旅程中，小智遇到了骑着坐骑山羊的训练家，看到坐骑山羊那独特的能力，小智十分感兴趣，他和这位训练家交流了许久，还让皮卡丘和坐骑山羊进行了一场小小的切磋。皮卡丘凭借着速度和电力，与坐骑山羊打得难解难分，最终虽然没有分出胜负，但这场切磋让小智对宝可梦之间的对战有了新的认识。
而星海在研究宝可梦的过程中，发现了一些关于伊苏地区宝可梦进化的特殊线索。她带着自己的耿鬼和路卡利欧，深入到一片神秘的森林中进行探索。在森林里，她们遇到了各种奇特的宝可梦，耿鬼凭借着它的幽灵属性能力，帮助星海避开了一些危险。路卡利欧则利用波导之力，感知周围的环境，寻找着线索。经过一番努力，星海终于找到了她想要的资料，这些资料对于她研究宝可梦进化有着极大的帮助。
与此同时，电飞鼠的出现引起了一阵小波澜。这只可爱的电属性宝可梦一开始对火箭队产生了兴趣，甚至加入了他们。火箭队本以为得到了一个强大的助力，十分得意。但电飞鼠在和火箭队相处的过程中，渐渐发现他们的行为并不正当。在一次火箭队企图抢夺其他训练家宝可梦的行动中，电飞鼠终于意识到自己的错误，它决定离开火箭队，回到真正热爱宝可梦的人们身边。
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