离开迷雾山谷的第七天，星海一行人在途经枯叶市时，被市中心那座百年钟楼吸引了注意。钟楼顶端的铜钟早已锈迹斑斑，却在正午时分突然发出一声沉闷的嗡鸣，钟摆的影子在地面上扭曲成奇怪的螺旋状——明明是晴空万里，钟楼周围却飘起了细碎的金色光点，像被揉碎的阳光。
“那是什么？”星海让喷火龙降低高度，发现光点落在地上竟不会消失，反而像水洼般泛起涟漪。路卡利欧突然按住她的手腕，蓝色波导在掌心急促闪烁：“有时间波动，很混乱。”
沙奈朵的裙摆轻轻颤动，它指向钟楼顶端：“那里有块晶体在发光，和迷雾山谷的共生晶石很像，但能量更……不稳定。”
正说着，钟楼的大门“吱呀”一声自动敞开，里面涌出带着铁锈味的冷风。耿鬼好奇地飘进去探查，几秒后突然从星海影子里钻出来，手里抓着片半透明的羽毛——羽毛上的纹路竟在缓慢倒退，像是在倒放生长过程。
“进去看看。”星海将羽毛收进标本盒。钟楼内部比想象中宽敞，盘旋的石阶上布满灰尘，却有几串新鲜的脚印通向二楼。走到楼梯转角时，路卡利欧突然停下脚步，骨棒指向墙壁上的挂钟——钟面上的指针正逆时针旋转，而钟摆却静止不动。
“时间在这里是乱的。”星海摸了摸钟面，金属触感冰凉，“你们看，这钟显示的是十年前的日期。”
二楼的景象更诡异。一间摆满古董钟的房间里，有的钟快得像在赛跑，有的钟慢得几乎停滞，最中间的落地钟钟摆上，竟悬浮着块拳头大小的菱形晶体，正是沙奈朵看到的发光物。晶体周围的空气在扭曲，几只被卷入的飞虫时而清晰时而透明，甚至出现了“倒着飞”的诡异景象。
“是时间碎片！”星海突然想起在图书馆看过的古籍，“传说时空裂缝会残留这种晶体，能影响周围的时间流。”她刚想靠近，晶体突然爆发出刺眼的光芒，整个房间的时钟同时响起，指针疯狂转动——星海瞬间感到一阵眩晕，等她站稳时，发现身边的路卡利欧竟变成了幼年卢卡里奥的模样，正歪着头用小爪子碰她的裤腿。
“路卡利欧？”星海惊得后退一步。更让她头皮发麻的是，原本趴在窗台上的喷火龙，此刻竟成了刚孵化的火恐龙，正笨拙地扇着小翅膀，尾巴上的火焰弱得像根火柴。
沙奈朵的声音带着惊慌传入脑海：“是时间回溯！晶体把我们的宝可梦变回幼年期了！”它自己虽然没变化，但超能力波动明显紊乱，周围的时钟开始不受控制地摇晃。
耿鬼倒是没变小，却在原地不断闪烁，一会儿是现在的样子，一会儿又变成刚收服时的鬼斯，最后干脆缩成一团光球瑟瑟发抖。只有水池里的暴鲤龙因为没跟着进钟楼，暂时没受影响，此刻正隔着窗户用头撞玻璃，发出焦急的低吼。
“必须让晶体稳定下来！”星海强迫自己冷静。她想起古籍里说时间碎片怕“同时存在的多种能量”，赶紧从背包里翻出四天王送的信物——希巴的格斗绑带、科拿的冰樱花、菊子的解毒符、渡的流星碎片，将它们按东南西北四个方向摆在晶体周围。
奇妙的是，当流星碎片接触到晶体散发的金光时，碎片突然浮起，表面浮现出星图；冰樱花则释放出寒气，在空气中凝结出冰晶般的时间轨迹；格斗绑带渗出淡淡的汗水痕迹，竟与晶体的光芒产生了共鸣；解毒符燃烧起来，灰烬在空中组成古老的符文。
四种能量形成的屏障慢慢包裹住时间碎片，晶体的光芒弱了些，幼年路卡利欧身上闪过一道白光，变回了成年形态，只是还带着些迷茫。但好景不长，晶体突然剧烈震动，房间里的时钟全部炸裂，碎片飞溅中，星海眼前闪过无数画面——有古代人铸造钟楼的场景，有四天王年轻时在这里训练的样子，甚至有她自己小时候第一次见到红色暴鲤龙的画面。
“它在吸收周围的时间记忆！”星海恍然大悟。她看向窗外的暴鲤龙，突然有了主意：“沙奈朵，用超能力把暴鲤龙的水属性能量导进来！”
沙奈朵立刻展开精神强念，将暴鲤龙从水池中引出的水流化作水箭，精准地射向晶体。水箭接触到晶体的瞬间，竟化作无数水滴悬浮在空中，每滴水里都映着不同的时间片段。暴鲤龙趁机撞碎窗户冲进来，庞大的身躯挡在星海面前，红色鳞片在金光中泛起涟漪——它的体型竟在慢慢变大，鳞片上浮现出远古暴鲤龙的斑纹，像是被时间碎片唤醒了血脉记忆。
“原来如此，它需要的是‘流动的时间’！”星海让喷火龙（已经变回原样）喷出温和的火焰，与暴鲤龙的水流交织成水火龙卷。当龙卷包裹住时间碎片时，晶体突然发出清脆的响声，裂开的缝隙里涌出金色的液体，像融化的时间在流动。
这时，房间外传来熟悉的声音：“星海？你在这里吗？”
是渡！他和希巴、科拿、菊子竟然也来了。原来他们离开山谷后没走远，察觉到钟楼的时间波动就赶过来了。希巴一进门就被幼年形态的火恐龙（喷火龙又被影响了）绊了一跤，哭笑不得地把小家伙捧起来：“这是……喷火龙？怎么缩水了？”
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