在结束了之前一系列的冒险后，小智、艾莉丝和天桐继续踏上前往桧垣市参加合众联盟的旅程。同行的还有星海博士，她带着自己那几只强大的宝可梦，虽然不参加联盟赛事，但对合众地区的宝可梦生态研究兴致勃勃。一路上，小智满脑子都是即将到来的联盟大赛，他不断地和皮卡丘以及其他宝可梦进行对战训练，眼神中充满了对胜利的渴望。
众人来到了一个小镇，这里正在举办一场小型的宝可梦对战比赛。小智一听到有比赛，立刻来了精神，毫不犹豫地报名参加。在比赛中，他遇到了各种各样的训练家，有的训练家擅长防御战术，有的则以速度见长。
小智的第一场对战，对手是一个有着坚固防御型宝可梦的训练家。对方派出的大岩蛇凭借着坚硬的岩石皮肤和出色的防御技能，将小智的水水獭的攻击一次次挡下。
小智并没有慌乱，他观察着大岩蛇的动作和防御模式，发现大岩蛇在转身防御时会有一个短暂的破绽。于是，他指挥水水獭使用水枪攻击大岩蛇的眼睛，趁大岩蛇躲避视线的瞬间，让水水獭绕到其身后，使用贝壳刃给予大岩蛇重重一击，成功赢得了这场比赛。
而星海博士则在一旁观察着比赛中宝可梦的战斗数据，她手中的记录仪器不断闪烁，记录下各种技能的威力、使用频率等信息。她的红色暴鲤龙安静地待在她身边，时不时发出一声低沉的吼叫，仿佛在为比赛中的宝可梦加油。
在比赛的休息时间，小智遇到了一位曾经在其他地区有过一面之缘的训练家。这位训练家告诉小智，合众联盟的竞争非常激烈，不仅有来自合众地区的优秀训练家，还有其他地区前来挑战的强者。他提醒小智要做好充分的准备，尤其是对于各种属性宝可梦的应对策略。小智认真地点点头，将这些话牢记在心。
离开小镇后，众人在前往双龙市的途中，发现了一处神秘的宝可梦遗迹。遗迹的墙壁上刻满了古老的宝可梦图案和奇怪的符号，周围弥漫着一股神秘的气息。星海博士立刻被吸引住了，她迫不及待地拿出各种探测仪器，开始对遗迹进行研究。
小智和艾莉丝、天桐也好奇地在遗迹中探索。突然，一只神秘的宝可梦从遗迹深处冲了出来，它的身体闪烁着奇异的光芒，速度极快。小智下意识地派出皮卡丘，皮卡丘立刻进入战斗状态，全身积蓄着电力。神秘宝可梦发出一道能量波，皮卡丘灵活地跳起来躲避，然后发射出十万伏特进行反击。神秘宝可梦轻松地避开了十万伏特，再次发动攻击。
星海博士通过仪器分析，发现这只神秘宝可梦的属性非常特殊，似乎融合了多种属性的特点。她告诉小智，要小心应对，不能按照常规的对战思路。小智点点头，他观察着神秘宝可梦的攻击节奏，发现它每次攻击前都会有一个轻微的身体颤动。于是，他指挥皮卡丘在神秘宝可梦颤动的瞬间进行闪避，并寻找机会发动攻击。经过一番激烈的战斗，神秘宝可梦似乎对小智等人失去了兴趣，转身消失在了遗迹深处。
星海博士在遗迹中还发现了一些关于古代宝可梦文明的线索，她兴奋地记录着这些发现，准备回去后进行深入研究。而小智则更加期待在合众联盟中遇到更多强大而神秘的宝可梦。
终于到达了双龙市，这里充满了龙属性宝可梦的气息。小智听说双龙市有一位非常强大的龙属性训练家，他决定去挑战一下，以此来检验自己的实力。
来到训练家的对战场地，对方派出了一只强大的双斧战龙。双斧战龙挥舞着锋利的斧头，发出阵阵咆哮，气势十分强大。小智派出了藤藤蛇，藤藤蛇优雅地站在对战场地，身上的叶子微微摆动。
双斧战龙率先发动攻击，它以极快的速度冲向藤藤蛇，挥舞着斧头进行劈砍。藤藤蛇灵活地躲避着攻击，同时使用藤鞭进行反击。双斧战龙的攻击力非常强大，藤藤蛇的藤鞭被它轻易地砍断。小智没有退缩，他鼓励藤藤蛇继续战斗。藤藤蛇集中精神，使用寄生种子，种子迅速附着在双斧战龙身上，不断吸取它的体力。双斧战龙感觉到体力在流失，变得更加暴躁，它发动了全力一击——逆鳞。
逆鳞状态下的双斧战龙攻击力和速度都大幅提升，藤藤蛇陷入了危险之中。小智心急如焚，他大声呼喊着藤藤蛇，让它振作起来。就在双斧战龙即将攻击到藤藤蛇的瞬间，藤藤蛇突然进化成了君主蛇，它的身体变得更加修长，身上的叶子也变得更加锋利。君主蛇巧妙地避开了双斧战龙的攻击，然后使用叶暴风，强大的风力夹杂着锋利的叶子，将双斧战龙吹得连连后退。最终，双斧战龙体力不支，倒在了对战场地。
小智高兴地跑过去，和君主蛇紧紧相拥。星海博士也走过来，对小智和君主蛇的精彩表现表示称赞。这场胜利让小智对合众联盟更加充满信心。
从双龙市出发，众人来到了艾莉丝的家乡——龙之乡。这里是龙属性宝可梦的圣地，有着悠久的龙属性宝可梦训练传统。艾莉丝非常兴奋地向大家介绍着龙之乡的一切，她带着小智等人参观了龙之乡的训练场地和宝可梦培育中心。
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