林士弘受命，不负所托。他迅速整顿入城后略有散漫的军纪，将来自各方的义军重新编伍，选拔头目，申明号令。同时，他并未满足于困守豫章一城，而是派遣部将，四出攻略周边县邑，扩大控制区域，征集粮草，招募兵勇。在他的经营下，这支起于草泽的军队，开始显露出一些正规化的气象，势力如滚雪球般壮大。
消息传到江都，已是惊弓之鸟的隋炀帝杨广又惊又怒。河南李密、河北窦建德、江淮杜伏威已让他焦头烂额，如今连素来被视为后院的江南也起火，且一举丢了豫章重镇！他再也不能坐视，急令治书侍御史刘子翊为将，抽调江都及周边尚能调动的兵马，克日南下，讨伐操师乞、林士弘，务必收复豫章，平定江右！
刘子翊，关陇士族出身，进士及第，以文才知名，亦曾参赞军务，但独立统兵征战并非其长。然皇帝严诏之下，他只得硬着头皮，率领一支仓促集结、以江淮士卒为主的军队，号称两万，溯长江而上，转入赣水，直逼豫章。
战报传来，豫章城内气氛顿时紧张。操师乞闻朝廷派兵来剿，非但不惧，反而激起了更大的凶性。“来得正好！正要让江都那昏君看看，我江右好汉的厉害！”他主张倾巢而出，与刘子翊决战于赣水之滨。
林士弘却更为冷静。他仔细分析了敌我形势，向操师乞进言：“大王，刘子翊所部乃江淮精锐，挟官军之名而来，士气正锐，且船坚器利。我军新胜，然士卒未精练，且豫章新附，民心未固。若与之正面水战对决于大江，胜负难料。不若……主动后撤，放弃豫章。”
“放弃豫章？”操师乞瞪大眼睛，几乎要跳起来，“兄弟们流血打下的城池，岂能拱手让人？”
“非是拱手相让，乃是诱敌深入，以空间换战机。”林士弘指着地图上那片浩瀚的彭蠡湖，“我军根基，实在鄱阳，在水泽，不在豫章坚城。刘子翊远来，求战心切，若见我弃城，必以为我军怯战，定然挥师急进，追入彭蠡湖区。那里港汊密布，芦苇无际，正是我水军健儿用武之地！敌楼船大舰，入浅水则笨拙；我军小艇快船，出没无常。以我之长，击敌之短，何愁不胜？待击破刘子翊，豫章自然重回我手，届时江右诸郡，谁敢不服？”
这一番分析，着眼于全局，不计较一城一地得失，充分利用地形优势，显示出林士弘高出操师乞不止一筹的战略眼光。操师乞虽有不甘，但素来信服林士弘之能，且觉得此计确实更把握，最终咬牙同意。
义军遂佯装不敌，弃守豫章，携部分粮草物资，乘船退入彭蠡湖深处，化整为零，散布于星罗棋布的港汊、沙洲、芦苇荡中。
刘子翊兵不血刃“收复”豫章，果然大喜过望，认为贼众不过乌合，不堪一击。幕僚中有人提醒小心湖泽险地，恐有埋伏。刘子翊却颇不以为然：“贼寇已丧胆，窜入湖沼，正是瓮中捉鳖之时！岂能容其喘息，再成气候？”他留少量兵力守豫章，自率主力舰队，浩浩荡荡驶入彭蠡湖，追寻义军踪迹，意图一举荡平。
然而，一进入广阔的湖域，隋军便感到处处掣肘。大型战舰在浅水区行动不便，常担心搁浅；而义军的小型舟船神出鬼没，利用芦苇荡掩护，不时发动袭扰，射几支冷箭，放几把火，打了就跑，让隋军疲于应付，却又找不到主力决战。湖上天气也变幻莫测，时而风平浪静，时而骤起狂风，让不习水性的北方士卒晕船呕吐，苦不堪言。
刘子翊初时的锐气，在日复一日的搜寻、袭扰与恶劣环境消耗下，渐渐消磨。军队士气开始低落。
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