起于丁亥年（公元 687 年），止于辛卯年（公元 691 年），共五年。
则天顺圣皇后上之下垂拱三年（丁亥，公元 687 年）
春季，闰正月丁卯日，朝廷册封皇子李成美为恒王，李隆基为楚王，李隆范为卫王，李隆业为赵王。
二月丙辰日，突厥首领骨笃禄等人侵犯昌平，朝廷任命左鹰扬大将军黑齿常之率领各路军马讨伐他们。
三月乙丑日，纳言韦思谦以太中大夫的身份退休。
夏季四月，朝廷命令苏良嗣留守西京长安。当时尚方监裴匪躬负责查核京郊皇家园林，打算卖掉园中的蔬菜水果来获取利益。苏良嗣说：“从前公仪休担任鲁国宰相，尚且能拔掉自家菜园的葵菜、辞退家中织布的妇人，没听说过身为万乘之尊的君主还要卖蔬菜水果牟利的。” 于是阻止了这件事。
壬戌日，裴居道担任纳言。五月丙寅日，夏官侍郎京兆人张光辅出任凤阁侍郎、同平章事。
凤阁侍郎、同凤阁鸾台三品刘祎之私下对凤阁舍人永年人贾大隐说：“太后既然废黜昏君、拥立明君，何必还要临朝称制！不如交还政权，以安定天下人心。” 贾大隐秘密将这番话上奏太后，太后很不高兴，对身边人说：“刘祎之是我提拔起来的，竟然反而背叛我！” 有人诬告刘祎之收受归诚州都督孙万荣的钱财，又与许敬宗的小妾有私情，太后命令肃州刺史王本立审理此案。王本立宣读太后的敕令给刘祎之看，刘祎之说：“敕令不经过凤阁、鸾台审核发布，怎么能叫作敕令！” 太后大怒，认为他抗拒朝廷派来的使者；庚午日，赐刘祎之在家中自尽。刘祎之刚被关进监狱时，睿宗曾为他上书申辩，亲友们都来祝贺他，刘祎之说：“这恰恰是加速我死亡的原因啊。” 临刑前，他沐浴更衣，神色从容自若，亲自起草谢恩的奏表，很快就写了好几张纸。麟台郎郭翰、太子文学周思均赞叹他的文才。太后听说后，将郭翰降职为巫州司法，周思均降职为播州司仓。
秋季七月壬辰日，魏玄同担任检校纳言。
岭南地区的俚户过去只缴纳一半赋税，交趾都护刘延佑强迫他们缴纳全额，俚户拒不服从，刘延佑便处死了他们的首领。俚户的同党李思慎等人发动叛乱，攻破安南府城，杀死刘延佑。桂州司马曹玄静率领军队讨伐李思慎等人，将他们斩首。
突厥骨笃禄、元珍侵犯朔州；朝廷派遣燕然道大总管黑齿常之率军迎击，任命右鹰扬大将军李多祚为副将，在黄花堆大败突厥，追击逃窜的敌军四十余里，突厥人全部逃散到沙漠以北。李多祚世代担任靺鞨酋长，凭借军功得以入朝担任禁军宿卫。黑齿常之每次得到赏赐，都会分给手下将士；他有一匹好马被士兵损伤，下属请求鞭打这名士兵，黑齿常之说：“怎么能因为私人的马而鞭打朝廷的官兵呢！” 最终没有追究。
九月己卯日，虢州人杨初成谎称自己是郎将，伪造皇帝敕令在街市上招募人手，打算去房州迎接庐陵王李显；事情败露后，被处斩。
冬季十月庚子日，右监门卫中郎将爨宝璧与突厥骨笃禄、元珍交战，全军覆没，爨宝璧仅带着几名轻骑兵逃回。
爨宝璧看到黑齿常之立下战功，便上表请求乘胜追击残余敌寇。太后下诏让他与黑齿常之商议，遥相呼应。爨宝璧想独占功劳，不等黑齿常之出兵，便率领一万三千精锐士兵率先出发，出塞两千余里，偷袭突厥部落；到达目的地后，又事先派人告知对方，让他们做好严密防备，双方交战之后，爨宝璧的军队大败。太后处死爨宝璧；将骨笃禄改名为不卒禄。
朝廷命令魏玄同留守西京长安。
武承嗣又指使人诬告李孝逸自称 “名字里有个‘兔’字，兔子是月亮中的灵物，我应当有做天子的名分”。太后考虑到李孝逸曾立下战功，十一月戊寅日，减免他的死罪，削除名籍，流放到儋州，李孝逸最终死在那里。
太后打算派遣韦待价率领军队攻打吐蕃，凤阁侍郎韦方质上奏，请求按照旧制派遣御史担任监军。太后说：“古代贤明的君主派遣将领出征，将城外的战事全部委托给将领。近来听说御史担任监军，军中无论大小事务都要向监军禀报。以下级牵制上级，这不符合规章制度；况且又凭什么要求将领立下战功呢！” 于是废除了监军制度。
这一年，全国发生大饥荒，崤山以东、关内地区的灾情尤其严重。
则天顺圣皇后上之下垂拱四年（戊子，公元 688 年）
春季正月甲子日，朝廷在神都洛阳建立高祖、太宗、高宗三座宗庙，四季祭祀的礼仪和西京长安的宗庙一致。又设立崇先庙，祭祀武氏的祖先。太后命令有关部门商议崇先庙的殿室数量，司礼博士周悰请求设立七间殿室，同时建议将唐朝皇室宗庙的殿室缩减为五间。春官侍郎贾大隐上奏说：“按照礼制，天子的宗庙设七间殿室，诸侯设五间，这是历代帝王都不会更改的制度。如今周悰引用一些没有根据的议论，大加附会曲解经义，只是为了尊崇太后临朝称制的权宜之礼，而不遵循国家的常规制度。皇太后亲自承受先帝的临终托付，光大显扬治国的宏伟谋略，武氏崇先庙的殿室数量应当按照诸侯的标准设置五间，唐朝皇室的宗庙不应当随意变更。” 太后于是停止了缩减唐宗庙殿室的计划。
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